Geri Dön

Otoimmün tiroid hastalıklarıyla ilişkili miRNA'ların in siliko yöntemlerle belirlenmesi

Determination of miRNAs related to autoimmune thyroid diseases by in silico methods

PDF İndir

  1. Tez No: 715723
  2. Yazar: MİZGİN BAL
  3. Danışmanlar: PROF. DR. TUBA YILDIRIM
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Amasya Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 201

Özet

Otoimmün Tiroid Hastalıkları (Autoimmune Thyroid Diseases-AITD), bağışıklık sisteminin tiroid bezine saldırdığı organa özgü en yaygın otoimmün bozukluklardır. Hem genetik (%80) hem de çevresel faktörler (%20), AITD'lerin başlamasına ve gelişmesine katkıda bulunmaktadır. Otoimmün hastalıklar, yaygın AITD'lerden olan Graves hastalığı (Graves' disease GD) ve Hashimoto tiroidi (HT) ile ilgili genlerin düzenlenmesinde farklı şekilde anlatım yapan birçok mikroRNA (miRNA) belirlenmiştir. miRNA'lar, gen anlatımını post-transkripsiyonel seviyede düzenleyen kısa kodlama yapmayan RNA dizileridir. Bu tez çalışmasında, otoimmün tiroid hastalıkları ile ilişkili genlerde yeni miRNA dizilerinin in siliko yöntemler kullanılarak tanımlanması amaçlanmıştır. Bu amaçla, miRBase veri tabanında bulunan insana ait olgun miRNA dizilerinin elde edilmesinden sonra bu dizilerle AITD ile ilişkili olduğu bilinen yedi gen (TNFSF4, BACH2, DIO2, SLC25A16, JAKMIP2, TG, ZFAT-AS1) arasında BLAST analizleri yapıldı. Elde edilen veriler, RNAfold Web Server programında kullanılarak pre-miRNA dizilerinin ikincil yapıları belirlendi. Pre-miRNA'ların hedef genleri ve hedef genlerin rol oynadığı metabolik yolaklar sırasıyla RNAHybrid ve BLAST2GO programlarıyla tanımlandı. Yukarıda belirtilen genler ile ilişkili toplamda otuz üç yeni miRNA dizisi ilk defa tanımlandı. Bu miRNA'lar; TNFSF4 için hsa-miR376, DIO2 için hsa-miR5010, TG için hsa-miR576, SLC25A16 için hsa-miR320, BACH2 için hsa-miR6780, JAKMIP2 için hsa-miR4458, ZFAT-AS1 için hsa-miR576, hsa-miR320, hsa-miR1321, hsa-miR2114, miR4640, hsa-hsa-miR6508, hsa-miR4458, hsa-miR4458, hsa-miR5011, hsa-miR581, hsa-miR4522, hsa-miR4522, hsa-miR361, hsa-miR511, hsa-miR122, hsa-miR147, hsa-miR337, hsa-miR7113, hsa-miR6886, hsa-miR6779, hsa-miR6779, hsa-miR6732, hsa-miR548, hsa-miR760, hsa-miR505, hsa-miR3156 ve hsa-miR4661 olarak sıralanmaktadır. Hedef genlerin; strese cevap, bağışıklık sistemi sürecinin pozitif düzenlenmesi ve inflamatuar yanıt oluşumu gibi farklı süreçlerde rol oynadığı belirlendi. Ayrıca, KEGG sonuçları da bu genlerin; otoimmün tiroid hastalığı, tiroid hormon sinyali, tiroid hormon sentezi, tirozin metabolizması ve tiroit kanseri gibi kırk birden fazla farklı metabolik yolakta yer aldığını gösterdi. Bu tez, AITD ile ilişkili olduğu bilinen yedi gen kullanılarak yeni miRNA ailelerinin ve onların hedeflerinin in siliko analiz ile belirlendiği ilk detaylı çalışmadır. Bu tezde elde edilen verilerin; hedefe yönelik moleküler temelli ilaç geliştirilmesine, bu hastalıkların tanılanmasında yeni biyobelirteçlerin keşfine, yeni tedavi protokollerinin oluşturulmasına ve gen tedavi çalışmalarına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

Özet (Çeviri)

Autoimmune Thyroid Diseases (AITDs) are the most common organ-specific autoimmune disorders, in which immune system attacks thyroid gland. Both genetic (80%) and environmental factors (20%) contribute to the onset and development of AITDs. It has been determined many microRNAs (miRNAs) expressed differently in the regulation of genes related to autoimmune diseases, Graves' disease (GD) and Hashimoto's thyroiditis (HT) which are the most common AITDs. miRNAs are small non-coding RNAs, regulating gene expression at post-transcriptional level. It is aimed to identify novel miRNA sequences associated with autoimmune thyroid diseases by in silico methods. For this purpose, after obtaining the human reference miRNA sequences from miRBase database, BLAST analyses were performed between seven genes (TNFSF4, BACH2, DIO2, SLC25A16, JAKMIP2, TG, ZFAT-AS1) known to be associated with AITD and reference miRNAs. The secondary structures of the pre-miRNA sequences were determined by using the obtained data via RNAfold Web Server program. Target genes of pre-miRNAs and metabolic pathways of these target genes were identified by using RNAHybrid and BLAST2GO programs, respectively. A total of thirty-three novel miRNA sequences associated with the above-mentioned genes were identified for the first time. These miRNAs are hsa-miR376 for TNFSF4, hsa-miR6780 for BACH2, hsa-miR5010 for DIO2, hsa-miR320 for SLC25A16, hsa-miR4458 for JAKMIP2, hsa-miR576 for TG, related to ZFAT-AS1 including hsa-miR576, hsa-miR320, hsa-miR1321, hsa-miR2114, hsa-miR4640, hsa-miR6508, hsa-miR4458, hsa-miR4458, hsa-miR5011, hsa-miR581, hsa-miR4522, hsa-miR4522, hsa-miR361, hsa-miR511, hsa-miR122, hsa-miR147, hsa-miR337, hsa-miR7113, hsa-miR6886, hsa-miR6779, hsa-miR6779, hsa-miR6732, hsa-miR548, hsa-miR760, hsa-miR505, hsa-miR3156 ve hsa-miR4661. It was determined that target genes play roles in different pathways such as stress response, positive regulation of immune system process and production of inflammatory response. Moreover, KEGG results also indicated that these genes play important roles in forty-one different metabolic pathways such as autoimmune thyroid disease, thyroid hormone signalling, thyroid hormone synthesis, tyrosine metabolism, and thyroid cancer. This thesis is the first detailed study in which novel miRNA families and their targets were identified by using seven genes known to be associated with AITD via in silico analysis.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    486977

    İnflamatuvar barsak hastalığı ve otoimmün tiroid hastalığı birlikteliği ve ınterlökin-17 ile ilişkisi

    Başlık çevirisi yok

    ABDULLAH EYVAZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    UZMAN BANU DEMET ÖZEL COŞKUN

  2. Tez No

    236495

    Ötiroid Hashimoto tiroiditli hastalarda makroprolaktin sıklığı

    Evaluation of the frequency of macroprolactin in patients with euthyroid Hashimoto thyroiditis

    GARİP BEKFİLAVİOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıOndokuz Mayıs Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKKI KAHRAMAN

  3. Tez No

    272553

    Otoimmün tiroid hastalıklarında tiroglobulin gen polimorfizmi ve HLA-DR3 ile yaygın tiroglobulin varyantları arasındaki ilişkinin saptanması

    Thyroglobuline gene polymorphisms in autoimmune thyroid diseases and detection of the association between HLA-DR3 and common thyroglobuline variants.

    E. SACİDE KOZAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    GenetikAfyon Kocatepe Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NECAT İMİRZALİOĞLU

  4. Tez No

    657243

    Hashimoto tiroiditi ile demodeks enfestasyonu ilişkili olabilir mi?

    Could hashimoto's thyroiditis and demodex i̇nfestation be related?

    AYŞE TOPÇU DURSUN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    DermatolojiKocaeli Üniversitesi

    Deri ve Zührevi Hast. Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DİLEK BAYRAMGÜRLER

  5. Tez No

    195246

    Vitiligoda otoimmünite

    Vitiligo autoimmunity

    AHU ÖZBİLEN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    DermatolojiÇukurova Üniversitesi

    Dermatoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. YAŞARGÜL DENLİ

Geri Dön