Identification of the fibrogenic cells in the liver
Fibrotik hücrelerin karaciğerde tanımlanması
- Tez No: 726585
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ BAHAR DEĞİRMENCİ UZUN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 131
Özet
Karaciğer vücut iç dengesini sabit tutma gibi işlevleriyle, sindirim sisteminin kayda değer ve çok görevli bir organıdır. Glukoz miktarının ayarlanması, kan proteinlerinin salgılanması, safra asidinin sentezlenmesi karaciğerin en temel görevleri arasındadır. Karaciğerde en yaygın görülen yaralanmalardan bir tanesi fibrozistir. Hücrelerin çoğalması sayesinde karaciğer yüksek bir yenilenme kapasitesine sahip olmasına ragmen, bu yenilenme kapasitesi aslında fibrozisin şiddetine bağlıdır. Fibrozis durumunda karaciğerde çoğalan hücre tiplerinden bir tanesi portal üçlüsü çevresinde bulunan kolanjiositlerdir. Bu hücre tipi hareketsiz, silyalı organel olan primer silyaya sahiptir. Primer silyanın fibrosize karşı reaksiyonu tam olarak anlaşılamamıştır. Bu yüzden, bu tezin ana odağı kolanjiositlerin fibrozise karşı olan tepkilerini karakterize etmektir. Bu amaç doğrultusunda, tiyoasetamid (TAA) ile oluşturulmuş farklı haftalık (16 haftalık, 20 haftalık ve 24 haftalık) fibrozis fare modelleri elde edilmiştir. İmmunohistokimya boyamaları ve konfokal mikroskoptan veri analizleri yapılmıştır. Çalışmamıza göre, fibrozis ile portal damar çevresinde büyük hücre topluluklarının oluştuğu ve bu hücre topluluklarının farklı portal damarlar arasında belirli bir yol takip ederek taşındıkları gözlemlenniştir. Ayrıca, bazı hücrelerin bu yoldan saptıkları ve merkezi damara doğru yayıldıkları tespit edilmiştir. Bu büyük hücre topluluklarına katkıda bulunan temel hücre grubu kolanjiositlerdir ve fibrozis koşulunda primer silyalarını muhafaza ettikleri görülmüştür. Bunlara ek olarak, bahsedilen büyük hücre topluluklarında fibrozis ile görülen yeni bir alt tür hücre grubu tanımlanmıştır. Bu yeni alt tür hücre grubunun kolanjiositlere ait olduğu ve Vimentin, CD34 ve Pdgfra gibi mezenkimal proteinleri üreterek kısmi epitel-mezenkimal değişimi geçirdiği gözlemlenmiştir. Bu değişim sırasında, alt tür kolanjiositler kendi epitel karakterlerini koruyarak yeni mezenkimal özellikler kazanmaktadırlar. Bir sonraki hedefimiz, bu büyük hücre topluluklarının hangi hücrelerden oluştuğunu yani kısmi epitel-mezenkimal değişim geçiren Arl13b+ kolanjiositlerin niş üyelerinin hangi hücreler olduklarını bulmak olarak belirlenmiştir. Bu yoğun hücre topluluklarının kısmi epitel-mezenkimal değişim geçiren ve homeostatik Arl13b+ kolanjiositlere ek olarak Vimentin, CD34 ve Pdgfra üreten mezenkimal hücrelerden, ve de Thy1+ portal fibroblastlardan (azınlık) oluştukları tespit edilmiştir. Ayrıca, kısmi epithel-mezenkimal değişim geçiren Arl13b+ kolanjiositleri ve de bu hücre grubunun niş üyelerini tanımlamak için yeni ve olası proteinler tespit edilmiştir. Kısacası, bu tezin yenilikleri primer silyanın fibrozise karşı olan reaksiyonunun gösterilmesi, yeni bir hücre alt grubu olan ve fibroziste görülen, kısmi epitel-mezenkimal değişim geçiren Arl13b+ kolanjiositlerin tanımlanması ve de fibroz koşulu altında gözlemlenen hareketli ve yoğun hücre topluluklarının katılımcılarının karakterize edilmesidir.
Özet (Çeviri)
The liver is an important multitasking organ with diverse functions to maintain body homeostasis. Adjustment of glucose level, detoxification, secretion of blood proteins, and synthesis of bile acids are the among these crucial functions. The fibrosis is one of the most common liver injury types. Although liver has a high capacity for regeneration via the proliferation of cells, this regeneration ability is directly dependent on the severity of fibrosis. One of the proliferative cells during fibrosis is cholangiocytes located around the portal triad. The cholangiocytes contain a primary cilium, a non-motile, ciliated organelle. The response of primary cilium to fibrosis is not well understood. The aim of this thesis was to characterize responses of cholangiocytes to liver fibrosis. For this purpose, TAA induced fibrosis model was generated for different weeks of samples, 16 weeks, 20 weeks, and 24 weeks in mice. IHC stainings and data collection from confocal microscopy were performed. According to our study, we observed that around the portal vein, big cell masses are formed and these cells are migrating between portal veins by following a path upon fibrosis. Moreover, several cells are escaping from this path and expanding through the central vein. The main contributors of these giant cell masses are cholangiocytes which keep their primary cilia under fibrotic conditions. Furthermore, we identified a new subpopulation of Arl13b+ cholangiocytes which are undergoing partial EMT by expressing mesenchymal markers such as Vimentin, CD34, and Pdgfra in these cell masses. During this process, they gain novel mesenchymal features at the same time they maintain their epithelial character. As a following goal, we wanted to identify components of these big cell masses, so niche components of partial EMT undergoing Arl13b+ cholangiocytes. We identified that Vimentin, CD34, and Pdgfra mesenchymal cells and Thy1+ portal fibroblasts (minority) are components of these massive cells in addition to homeostatic and partial EMT undergoing Arl13b+ cholangiocytes. As a final objective, we identified novel, possible markers for partial EMT undergoing Arl13b+ cholangiocytes and their niche components. To conclude, the novelties of this thesis were the demonstration of the primary cilium response against fibrosis, the identification of a new Arl13b+ cholangiocyte sub-population undergoing partial EMT, and the characterization of components of the migratory big cell masses under fibrotic conditions.
Benzer Tezler
- Identification of the role of p33ING1 protein in the cellular activities of p53 tumor suppressor protein
p33ING1 proteininin p53 tümör baskılıyıcı proteininin hücresel aktiviteleri üzerindeki etkisinin belirlenmesi
N.C. TOLGA EMRE
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. RENGÜL ÇETİN-ATALAY
- İlköğretim öğretmenlerinin öğretim planları hazırlamadaki sorunlarının belirlenmesi
Identification of the difficulties faced by elementary school teachers an preparation of instructional
YAŞAR ÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Eğitim ve ÖğretimAnkara ÜniversitesiEğitim Programları ve Öğretimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. F. DİLEK GÖZÜTOK
- Omurgasızlarda yeni bulunan ATP bağımlı DNA Ligaz II ((LİGII) alt-ailesinin ilk üyesi tetrahymena thermophila TtLigII-1 enziminin hücresel görevinin tanımlanması
Identification of the cellular role of the Tetrahymena thermophila TtLigII-1 enzyme that the first member of the newly defined ATP-dependent DNA Ligase II ((LİGII) subfamily in invertebrates
NURÇİN KÜÇÜKOĞLU
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiEskişehir Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHİTTİN ARSLANYOLU
- İnsan baş ve boyun skuamöz hücreli karsinomlarında miR-1825'in rollerinin belirlenmesi
Identification of the roles of miR-1825 in human head and neck squamous cell carcinomas
ÖZEL ÇAPIK
Doktora
Türkçe
2023
BiyolojiErzurum Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖMER FARUK KARATAŞ
- Identification of the speaker's voice using machine learning
Başlık çevirisi yok
NOOR SABAH SHANDOOKH ASSAFI
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Bilgi ve Belge YönetimiAltınbaş ÜniversitesiBilişim Teknolojileri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ OĞUZ KARAN