Geri Dön

Herediter retina distrofilerinin genetik etiyolojisinin yeni nesil dizileme yöntemi ile araştırılması

Investigation of the genetic etiology of herediter retinal dystrophy with the new generation sequencing

PDF İndir

  1. Tez No: 741418
  2. Yazar: SAİDE BETÜL ARSLAN SATILMIŞ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. CAVİDAN NUR SEMERCİ GÜNDÜZ
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 115

Özet

Amaç: Retina distrofileri, geri dönüşümü olmayan fotoreseptör hasarı ile giden, klinik ve genetik heterojenite gösteren kalıtsal bir grup hastalıktan oluşmaktadır. Kalıtsal retina distrofileri (KRD) ile ilgili 270'ten fazla gen ilişkilendirilmiştir. Genetik ve fenotipik heterojenite gösteren bu grupta moleküler genetik tanıya ulaşmak için farklı yaklaşımlar mevcuttur. Kalıtım modeline göre çalışılan paneller ve tüm ekzom dizileme (WES) sıkça kullanılan yöntemler olup bu yöntemlerle yaklaşık %50 tanı elde edilmektedir. Bu çalışma ile gen tedavisine yönelik çalışmaları bulunan genlere yönelik tanı yaklaşımının etkisi değerlendirilmiştir. Gereç ve Yöntem: Tedavi hedefi olan ABCA4, CEP290, CHM, CNGA3, MERTK, MYO7A, PDE6B, RPE65, RPGR, RS1 genlerinden oluşan yeni nesil dizileme (NGS) paneli ilk basamak genetik tanı testi olarak kullanılmıştır. 2019-2022 yılları arasında Ankara Şehir Hastanesi Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezine başvuran 118 KRD'li hastaya uygulanan NGS paneli ve panel sonucunda tanı konulamayan hastalardan 19'una uygulanan WES testi sonuçları retrospektif olarak analiz edilmiştir. Bulgular: NGS paneli ile ABCA4, CEP290, RPGR, CNGA3, MERTK, MYO7A, PDE6B ve RPE65 genlerinde bulunan patojenik varyantlar ile 25 hastaya tanı konulmuştur. WES analizi ile 19 hastanın 10'unda ARL6, CNGB1, CYP4V2, LCA5, NR2E3, PCARE, RP2, SPATA7, USH2A genlerinde bulunan patojenik varyantlar ile tanı konulmuştur. NGS paneli ile %21, WES ile %52,6 tanı oranı sağlanmıştır. Sonuç: Genetik ve klinik olarak heterojen olması nedeniyle KRD'lerde WES testi altın standart olsa da gelişmekte olan ülkelerde, WES testi maliyeti, uzun laboratuvar çalışma ve analiz süreleri, veri saklama imkanlarının kısıtlılığı gibi nedenlerle bütün hastalara uygulanamaması nedeniyle hedeflenmiş gen panel testleri bir ara basamak olarak uygulanmaktadır. Çalışmamız, literatürde KRD'li hastalarda gen tedavisi olan genlere yönelik moleküler genetik tanı araştırması olan ilk çalışmadır. Çalışmamızda WES uygulanamayan hastalara bu panelin uygulanması hastaların önemli bir kaygısı olan gen tedavisine uygunluğun değerlendirilebilmesi amacıyla tüm hastalara eşit ulaşım imkanı sağlanmıştır.

Özet (Çeviri)

Aim: Retinal dystrophies consist of a group of inherited diseases with irreversible photoreceptor damage and clinical and genetic heterogeneity. More than 270 genes have been associated with inherited retinal dystrophies (IRD). There are different approaches to reach molecular diagnosis in IRD. Panels studied according to the inheritance model and whole exome sequencing (WES) are frequently used methods and approximately 50% diagnosis is obtained with these methods. In this study, the effect of the diagnostic approach on genes with studies on genetic therapy was evaluated. Materials and Methods: Next generation sequencing (NGS) panel consisted ABCA4, CEP290, CHM, CNGA3, MERTK, MYO7A, PDE6B, RPE65, RPGR, RS1 genes, which are the treatment targets, was used as the first-line genetic diagnostic test. NGS panel performed to 118 patients with IRD who applied to Ankara City Hospital Genetic Diseases Evaluation Center between 2019-2022 and WES test results implemented to 19 of the patients who could not be diagnosed as a result of this panel were analyzed retrospectively. Results: By NGS panel, 25 patients were diagnosed with pathogenic variants in ABCA4, CEP290, RPGR, CNGA3, MERTK, MYO7A, PDE6B and RPE65 genes. By WES analysis, 10 of 19 patients were diagnosed with pathogenic variants in ARL6, CNGB1, CYP4V2, LCA5, NR2E3, PCARE, RP2, SPATA7, USH2A genes. The diagnostic rate of the NGS panel and the WES test were 21% and 52.6%, respectively. Conclusion: Although WES test is the gold standard in CRDs due to its genetic and clinical heterogeneity, targeted gene panel tests are performed as an intermediate step in developing countries. Since it can not be performed to all patients due to the cost of WES test, length of laboratory study and analysis times, and limited data storage facilities. In our knowladge this study is the first molecular diagnostic study based on the genetic therapy options in patients with IRD. In our study, the application of this panel to patients who could not be applied WES provided equal access to all patients in order to evaluate their suitability for genetic therapy, which is an important concern of the patients.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    743057

    Otozomal resesif geçişli retinitis pigmentosa' nın patolojisinden sorumlu rpe65 geni' nin moleküler analizi

    Molecular analysis of rpe65 gene in charge of pathology of autosomal recessive inherited retinitis pigmentosa

    ÖZGE SARICA YILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Tıbbi BiyolojiCelal Bayar Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. NURAY ALTINTAŞ

  2. Tez No

    638433

    Dejeneratif retinal gen tedavi çalışmaları için yeni deney hayvan modelinin oluşturulması

    Establishment of A new animal model for gene therapy studies of retinal degenerative diseases

    ELİF ÖZGECAN ŞAHİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Tıbbi BiyolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SALİH ŞANLIOĞLU

  3. Tez No

    639033

    Herediter fundus distrofilerinde optik koherens tomografi anjiografi ile retina ve koroid perfüzyonunun değerlendirilmesi

    Evaluation of retinal and choroidal perfusion by optical coherence tomography angiography in hereditary fundus dystrophies

    ALPER CAN YILMAZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Göz HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Göz Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ HAKAN DURUKAN

  4. Tez No

    870615

    Herediter retina distrofili olgularda görsel algı rehabilitasyonunun fonksiyonel görmeye etkisi

    The effect of visual perception rehabilitation on functional vision in cases with hereditary retinal dystrophy

    HATİCE SEMRİN TİMLİOĞLU İPER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Göz HastalıklarıAnkara Üniversitesi

    Göz Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATİME NİLÜFER YALÇINDAĞ

  5. Tez No

    409453

    Herediter retina distrofili hastalarda optik koherens tomografi bulguları ve gangliyon hücre tabakasının değerlendirilmesi

    Optical coherence tomography sign in hereditary retinal dystrophy patients and evalution of ganglion cell layer

    EŞAY YENİCE

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Göz HastalıklarıUfuk Üniversitesi

    Göz Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET ŞENGÜN

Geri Dön