Etude de la dynamique et de la physique statistique de modeles d'ADN non-lineaires a la denaturation thermique
Termik denatürasyona doğrusal olmayan dna modellerinin statik fizik ve dinamik çalışması
- Tez No: 745915
- Danışmanlar: DR. MARC JOYEUX
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Biophysics, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: Fransızca
- Üniversite: Université de Grenoble
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 154
Özet
Bu tez çalışmasının ana odak noktası, termal denatürasyon sürecini daha iyi anlamak için doğrusal olmayan DNA modellerinin geliştirilmesi ve teorik olarak incelenmesidir. Sonlu ve diziye bağlı istifleme enerjilerine dayalı tek boyutlu bir DNA modeli önererek başladık ve bu modelin deneysel sonuçların karakteristik özelliklerini çok iyi ürettiğini gösterdik. Daha sonra bu modeli belirli burulma serbestlik derecelerini hesaba katarak geliştirdik. Ayrışmada DNA sıcaklık dalgalanmalarının amplifikasyonu olan deneysel bir gözlem, teorik bir bağlamda incelenmiş ve yeniden üretilmiştir. Aynı çalışma çerçevesinde, sıcaklık dalgalanmalarının spektrumunun 1/f'lik bir bağımlılığını vurguladık ve bu gözlemle bir açıklama önerdik. Daha sonra homojen DNA şablonlarının termodinamik limitteki kritik davranışı hakkında kapsamlı bir çalışma gerçekleştirdik. Bunun için, iki DNA modeli için kritik üsleri hesapladık, denatürasyon geçişinin süreksizliğini nicel olarak gösterdik ve genellikle kullanılan dördü arasında iki ölçekleme yasasının doğrulanmadığını gösterdik. Son olarak, homojen modeller için sonlu boyutun DNA faz geçişi üzerindeki etkilerini analiz ettik ve sonlu boyut ölçekleme teorisinin hipotezlerini test ettik. Sistemin boyutunun bir fonksiyonu olarak termodinamik fonksiyonların ve ayrışma sıcaklığının davranışını inceledik ve özellikle kritik sıcaklığın evriminin deneysel olarak gözlemlenen 1/N'deki davranışla mükemmel bir uyum içinde olduğunu gösterdik. Mevcut çalışmalarımız, bozukluğun DNA denatürasyon geçişi üzerindeki etkisine odaklanmaktadır.
Özet (Çeviri)
The main goal of this thesis consists in proposing new non-linear DNA models and studying their properties in a theoretical context, in order to better understand the thermal denaturation process. We first proposed a one dimensional DNA model based on finite, site dependent stacking enthalpies. We showed that this model correctly reproduces the main characteristics of experimental melting curves. We then improved it by taking torsional degrees of freedom into account. Using these models, we confirmed a recent experimental observation, namely the amplification of temperature fluctuations of DNA at thermal denaturation. We furthermore pointed out the 1/f dependence of the power spectrum of temperature fluctuations and proposed ê possible expia nation for this result. Ln the second part of this phD work, we performed a complete statistical analysis of the critical behaviour of homogeneous DNA models, quantitatively checked the discontinuous character of the melting transition, and showed that two scaling laws (out of four) are not satisfied. Finally, we investigated finite-size effects on the melting transition of homogeneous DNA models and tested the hypotheses on which the finite size scaling theory relies. We also studied the behaviour of thermodynamical functions and the melting temperature as a function of the sequence length and showed that the evolution of the melting temperature perfectly matches the experimental1/N dependence. Ongoing work aims at understanding the effects of the heterogeneity of natural DNA sequences on their melting transition.
Benzer Tezler
- Etude de la dynamique et de la physique statistique de modeles d' ADN non-lineaires a la denaturation thermique
Başlık çevirisi yok
SAHİN BUYUKDAGLI
- Neoliberal subjectification through family medicine model in Turkey: An online ethnography
Türkiye'de aile hekimliği modeli ve neoliberal öznellik inşası
EMİNCAN FİDAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Siyasal BilimlerGalatasaray ÜniversitesiSiyaset Bilimi Ana Bilim Dalı
DR. CEMİL YILDIZCAN
- Les expériences des jeunes femmes en col blanc dans l'espace urbain : Le cas de Kadıköy D'Istanbul
Genç beyaz yakalı kadınların kentsel mekân deneyimleri: İstanbul Kadıköy örneği
HANDE BÜYÜKNİSAN
Yüksek Lisans
Fransızca
2021
Siyasal BilimlerGalatasaray ÜniversitesiSiyaset Bilimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAKAN YÜCEL
- Türk ve Avrupa Topluluğu Rekabet Hukukunda pazar paylaşımı ve pazara girişin engellenmesine yönelik anlaşmalar
Market sharing and the agreements on prevention of entry to the market according to the Turkish and European Community's Competition Law
ARZU ÖZGEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
HukukGalatasaray ÜniversitesiKamu Hukuku Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALİL ERCÜMENT ERDEM
- L'identité masculine dans l'œuvre de Drieu La Rochelle
Drieu La Rochelle'in eserlerinde erkek kimliği
BEREN ŞİMŞEK
Yüksek Lisans
Fransızca
2019
Fransız Dili ve EdebiyatıGalatasaray ÜniversitesiFransız Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ENGİN BEZCİ