Tüm genom yaklaşımlarıyla epilepsi genlerinin incelenmesi
Investigation of epilepsy genes with whole genome approaches
- Tez No: 755946
- Danışmanlar: PROF. DR. SİBEL AYLİN UĞUR İŞERİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
Nadir görülen nörolojik bir hastalık olan Epilepsi, günümüzde bile tam olarak aydınlatılamamış kompleks bir etiyolojiye sahiptir. Bu durum tıp alanında son yıllarda yaşanan gelişmelere rağmen hala bazı hastaların tedavi görememesine neden olmaktadır. Bu sebeple epilepsi ile ilgili yapılacak yeni çalışmalar, özellikle bu hastaların tedavi görmesi ve tedavi gören hastaların tedavisine katkı sağlanması için hala çok büyük önem arz etmektedir. Yeni Nesil Dizileme'deki (NGS) son gelişmeler bu ihtiyacı karşılayabilecek yeni bir bakış açısını ortaya çıkarmıştır. Tüm genom perspektifinde NGS yöntemlerinden biri olan Tüm Ekzom Dizileme (WES) ile elde edilen yüksek çıktılı verilerin analizi, kompleks hastalıklarda bile patojenik varyantların keşfedilmesine olanak sağlamıştır. Bu tez çalışmasında, bir ailedeki Ailesel Yetişkin Miyoklonik Epilepsi'den (FAME) etkilenmiş 3 çocuk, anne, baba, teyze ve dayının bulunduğu 7 birey incelenmiştir. Etkilenmiş 3 çocuğa yapılan WES çalışması datasının analizi ile elde edilen varyantların tüm ailedeki segregasyonu ve epilepsiyle ilişkisi incelenmiştir. Çalışmanın sonucunda, 3 kardeşin WES verisinde de ortak olarak SLC6A19, SCN3A, ADAMTS2, CPO, LAD1, CSF1R ve RNF44 genlerinde tahmin araçları tarafından patojenik olarak nitelendirilen yanlış anlamlı (missense) bazı varyantlar saptanmıştır. Bu varyantlar geniş ailenin diğer bireylerinde de Sanger dizileme yöntemiyle taranmış ve varyantların segregasyonu belirlenmiştir. Ek olarak, bu varyantların bulundukları genlerin epilepsi patogenezi açısından nöronlarda elektriksel uyarıların üretimi ve yayılımı, nörotransmitter taşıma, hücresel bölünme, büyüme veya farklılaşma vb. temel hücresel süreçlerin düzenlenmesi gibi rollerinin olduğu tespit edilmiştir. Elde edilen bulgularla, NGS yöntemlerinin tüm genom ve ekzom perspektifi ile farklı segregasyon modelleriyle kalıtılan kompleks hastalıklarda, hastalıkla ilişkili genlerin tespit edilebileceği ortaya konmuştur. Bu çalışmayı, pentamer ekspaniyonu ile öne çıkan FAME kliniğinde intronik tekrar dizilerinin inceleneceği devam çalışmaları takip edecektir.
Özet (Çeviri)
Epilepsy, a rare neurological disease, has a complex etiology that has not been fully elucidated even today. This situation still causes some patients not to be treated despite the developments in the field of medicine in recent years. For this reason, new studies on epilepsy are still of great importance, especially in terms of treating these patients and contributing to the treatment of patients receiving treatment. Recent developments in Next Generation Sequencing (NGS) have revealed a new perspective that can meet this need. Analysis of high-throughput data obtained with Whole Exome Sequencing (WES), one of the NGS methods in the whole genome perspective, has enabled the discovery of pathogenic variants even in complex diseases. In this thesis, 7 individuals in a family, including 3 children, mother, father, aunt and uncle, affected by Familial Adult Myoclonic Epilepsy (FAME) were examined. The segregation of the variants obtained by analyzing the data of the WES study on 3 affected children and their association with epilepsy in the whole family were examined. As a result of the study, some missense variants, which were defined as pathogenic by prediction tools, were detected in the SLC6A19, SCN3A, ADAMTS2, CPO, LAD1, CSF1R and RNF44 genes in the WES data of the 3 siblings. These variants were also screened in other members of the extended family using the Sanger sequencing method and the segregation of the variants was determined. In addition, in terms of the pathogenesis of epilepsy, the genes in which these variants are found are involved in the production and propagation of electrical impulses in neurons, neurotransmitter transport, cellular division, growth or differentiation, etc. It has been determined that they have roles such as the regulation of basic cellular processes. With the findings obtained, it has been revealed that disease-related genes can be detected in complex diseases inherited with different segregation models with the whole genome and exome perspective of NGS methods. This study will be followed by follow-up studies that will examine intronic repeat sequences in the FAME clinic, which stands out with pentamer expansion.
Benzer Tezler
- Genom boyu taramaları ve moleküler genetik yaklaşımlarıyla Escherichia coli bakterisinde bor toleransı ile ilgili genlerin araştırılması
Investigation of genes related to boron tolerance in Escherichia coli using genome-wide screening and molecular genetic approaches
MERVE SEZER
- Protein engineering applications of novel esterase enzyme using rational design and directed evolution approaches
Rasyonel tasarım ve yönlendirilmiş evrim yaklaşımlarıyla yeni esteraz enziminin protein mühendisliği uygulamaları
ŞEYMA YILMAZ KÜPOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
- Nörogenetik hastalıklarda ekzom dizileme analizi ile aday genlerin belirlenmesi ve zebrafish modellerinin oluşturulması
Identification of candidate genes in neurogenetic disorders by whole exome sequencing and modeling in zebrafish
AYŞEGÜL OZANTÜRK
- Senesent mezenkimal kök hücre sekretomu ile kültüre edilmiş lenfositlerin meme kanseri hücre hattı üzerine etkisinin proteomik yaklaşımlarla değerlendirilmesi
Investigating the effect of lymphocytes interacted with senescent mesenchymal stem cell secretome on breast cancer cell line by proteomic approaches
MELİS GÜZEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Moleküler TıpErciyes ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERVET ÖZCAN
- İmmün hücrelerin MCF-7 hücre hattı pluripotent alt gruplarına etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of immune cells on MCF7 cell line pluripotent sub-groups
AHMET ŞİMŞEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Moleküler TıpErciyes ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERVET ÖZCAN