Bal arılarında (Apis mellifera) bulunan varroa (Acarı: Varroidae) türlerinin genotiplendirilmesi ve varroa popülasyonlarında wolbachıa endobakterisinin araştırılması
Genotyping of varroa (Acari: Varroidae) species in honey BEES (Apis mellifera) and investigation of wolbachia endobacteria in varroa populations
- Tez No: 764523
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖNDER DÜZLÜ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Parazitoloji, Parasitology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Veterinerlik Parazitolojisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 116
Özet
Bu çalışma, Kayseri, Nevşehir ve Sivas yörelerindeki arı kovanlarında bulunan kolonilerden toplanan Varroa örneklerinin mitokondriyal cox1, ATP6, cox3 ve cytb gen bölgeleri bazında filogenetik karakterlerinin ortaya konulması ve Varroa örneklerinde endosimbiyont Wolbachia endobakterisinin varlığının araştırılması amacıyla gerçekleştirilmiştir. Genotiplendirme ve filogenetik analizler için toplam 300 Varroa örneğinden bireysel genomik DNA izolasyonu yapıldı. Morfolojik analizlere tabii tutulan örneklerinin filogenetik analizleri için ilgili gen bölgeleri standart primerlerle amplifiye edildi. Elde edilen amplikonlar saflaştırıldıktan sonra PCR primerleri ile çift yönlü olarak sekanslandı. Sekans kromotogramları De Novo Assemble üzerinden işlenerek izolatlara ait konsensüs sekanslar elde edildi. İlgili sekanslar GenBank veri tabanında Blastn analizlerine tabii tutularak moleküler identifikasyonları sağlandı ve filogenetik analizler için elde edilen izolatlara ait sekansla birlikte dünyanın farklı ülkelerinden GenBank veri tabanına kaydedilerek izolatları içeren data setleri oluşturuldu. Data setler içerisinde haplotip çeşitliliği, inter ve intra spesifik nükleotid farklılıkları DNAsp ve MegaX üzerinden Kimura Two Parameter modeli ile analiz edildi. Filogenetik ağaç oluşturulmasında maximum likelihood (ML) analizleri 1000 tekrarlı bootstrap kullanılarak gerçekleştirildi. Çalışmaya dahil edilen 300 Varroa örneğinin tamamının Varroa destructor türü oldukları saptandı. Tüm gen bölgeleri için V. destructor izolatlarından Kayseri, Sivas ve Nevşehir örnekleri bölge bazında kendi içlerinde %100 benzerlik gösterdikleri için sadece her bölgeden birer örneğin GenBank kayıtları gerçekleştirildi. Tüm gen bölgeleri için elde edilen haplotiplerin tamamının Kore haplotipi oldukları belirlendi. Her gen bölgesi için dünyadan ve Türkiye'den veri setlerine dahil edilen V. destructor izolatları arasındaki genetik benzerliğin %98,22-100 arasında olduğu, V. jacobsoni ve V. destructor türleriyle ise %8'in üzerinde genetik farklılık olduğu belirlendi. Wsp gen bölgesi PCR analizleriyle bireysel olarak incelemesi yapılan hiçbir Varroa destructor örneğinde Wolbachia endobakterisi tespit edilmedi. Sonuç olarak bu çalışmayla, İç Anadolu Bölgesinin üç farklı yöresinde halk elinde bulunan arı kovanlarındaki kolonilerden elde edilen Varroa örneklerinin COX1, ATP6, COX3 ve Cytb gen bölgeleri bazında moleküler karakterleri ortaya çıkarılmış, dünyadan benzer izolatlarla filogenetik yakınlıkları belirlenmiş, Türkiye'nin biyolojik varlıkları olarak Genbank kayıtları gerçekleştirilmiş, her dört gen bölgesinin de Varroa örneklerinin DNA barkodlamasında belirleyici markırlar oldukları teyit edilmiş ve incelemesi yapılan örneklerde Wolbachia endobakterisinin durumu ortaya konulmuştur.
Özet (Çeviri)
This study was performed to investigate the phylogenetic characters of Varroa samples collected from colonies in beehives in Kayseri, Nevsehir and Sivas regions on the basis of mitochondrial cox1, ATP6, cox3 and cytb genes, and to detect the endosymbiont Wolbachia endobacteria in Varroa samples. Individual genomic DNA was extracted from 300 Varroa samples for genotyping and phylogenetic analysis. For the phylogenetic analysis of the samples subjected to morphological analysis, the relevant gene regions were amplified with standard primers. The obtained amplicons were sequenced in both directions with PCR primers after purification. Sequence chromatograms were processed via De Novo Assemble to obtain consensus sequences for the isolates. The related sequences were subjected to Blastn analysis in the GenBank database to detect their molecular identifications, and the data sets containing the isolates obtained in this study and available in Genbank recorded from different countries were created. Haplotype diversity, inter and intra-specific nucleotide differences in data sets were analyzed by DNAsp and MegaX with the Kimura Two Parameter model. Maximum likelihood (ML) analysis in phylogenetic tree creation was performed using 1000 replicated bootstrap. All 300 Varroa samples included in the study were determined as Varroa destructor species. Since Kayseri, Sivas and Nevsehir samples of V. destructor isolates for all gene regions showed 100% similarity among themselves on a regional basis, only one sample from each region was registered in GenBank. The all haplotypes obtained for all gene regions were determined as Korean haplotypes. For each gene region, the genetic similarity between V. destructor isolates included in the data sets from the world and Turkey was detected between 98.22-100%, while genetic differences were over 8% with V. jacobsoni and V. destructor species. Wolbachia endobacteria was not detected in any of the Varroa destructor specimens examined individually by wsp gene region PCR analysis. In conclusion, the molecular characters of Varroa samples obtained from colonies in beehives held by the public in three different regions of the Central Anatolia Region on the basis of COX1, ATP6, COX3 and Cytb gene regions were revealed, phylogenetic relationships with similar isolates from the world were determined, and Genbank records were performed as biological organisms of Turkey, all four gene regions were evaluated as determinative markers in the DNA barcoding of Varroa samples, and the status of Wolbachia endobacteria was determined in the analyzed samples.
Benzer Tezler
- Arı paraziti varroa ile mücadelede mikrobiyal ürün geliştirilmesi
Microbial product development in combating bee parasite varroa
MELİKE ARICI
- Bitlis ili ve ilçelerinde yetiştirilen bal arısı (Apis mellifera) kolonilerinde görülen arı zararlılarının araştırılması
Inverstigation of bee pests observed in honeybee (Apis mellifera) colonies raised in Bitlis province and districts
ŞAKİR YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
ZiraatBingöl ÜniversitesiArı ve Arı Ürünleri Anabilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA İLÇİN
- Aydın bölgesindeki bal arılarında (apis mellifera ) bulunan varroa destructor'un (akar: varroidae) genetik karakterizasyonu
Genetic characterization of varroa destructor (family: varroidae) prevalent in honeybees (apis mellifera) in the province of Aydin in Turkey
ADNAN AYAN
Doktora
Türkçe
2017
ParazitolojiAdnan Menderes ÜniversitesiParazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN SELÇUK ALDEMİR
- Kars yöresindeki bal arılarında (Apis mellifera) varroosis'in yaygınlığı
The prevalence of varroosis in honey bees in the province of Kars
KADİR ÖNK
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
ParazitolojiKafkas ÜniversitesiParazitoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YUNUS GICIK
- Tokat bölgesi bal arılarında (Apis mellifera L.) deforme kanat virüsü (deformed wing virus) varlığının tespiti
Determination of deformed wing virus (DWV) in honeybees and varroa mite
BEYZA AKYAZI
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
BiyolojiGaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞABAN TEKİN