Investigating the role of nuclear receptor enhancers on gene transcription
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 768603
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NATHAN ALLAN LACK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Genetik, Moleküler Tıp, Biostatistics, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 108
Özet
Aktive edildiğinde, tip-I steroid nükleer reseptörleri (NR) hücre çekirdeğe taşınır ve gen ifadesi profilini kodlanmayan cis düzenleyici elementler (CRE) yoluyla değiştirir. Yine de gen transkripsiyonunu nasıl indükledikleri büyük ölçüde bilinmemektedir. Androjen reseptörü (AR) ve glukokortikoid reseptörü (GR), bu nükleer reseptörlerin iyi çalışılmış örnekleridir. Daha önce AR arttırıcıları üç ayrı işlevsel sınıfa ayrılmıştı ve bunların yalnızca küçük bir alt kümesi indüklenmişti. Bu indüklenebilir AR arttırıcıların kromatin merkezleri olduğunu ve hormon tedavisi üzerine ifadesi artmış genlerin promotörleriyle daha fazla etkileşime girdiğini gözlemledik. Birkaç bağımsız, kamuya açık fonksiyonel genomik veri setini entegre ederek, başlangıçta, GR arttırıcıları için bu sınıfları doğruladık. Daha sonra, promotör aktivitesi gibi bu arttırıcıların içsel fonksiyonel özelliklerini araştırdık. Aktivite için NR işgali gerektirmeyen belirli bir arttırıcı sınıfının, arttırıcı aktivitelerinin yanı sıra promotör aktiviteye sahip olduğunu keşfettik. Ayrıca bir¸cok dokuda çeşitli transkripsiyon faktörlerinin (TF) bağlanması için erişilebilir durumdaydılar. Daha sonra, her bir faktörün CRE etkileşim ağlarını (cistrome) grafik diyagramları olarak tanımladık ve bu ağlardaki bireysel elemanlar üzerinde diferansiyel transkripsiyon faktörü zenginleşmesini saptamak için mesaj geçiş algoritmasını entegre ederek puanlama yöntemi geliştirdik. Kavramın bir kanıtı olarak, bu yöntem, ifadesi artmış genlerin promotörleri üzerindeki AR veya GR zenginleştirmesini etkili bir şekilde yakaladı, bu bizim CRE işlevi ve gen ifadesi düzenlemesi konusundaki anlayışımızı geliştireceğini tahmin ediyoruz.
Özet (Çeviri)
When activated, the type-I steroid nuclear receptors (NR) translocate into the nucleus, altering the gene expression profile through non-coding cis-regulatory elements (CRE). Yet how they induce gene transcription is largely unknown. The androgen receptor (AR) and glucocorticoid receptor (GR) are well-studied examples of these nuclear receptors. Previously the AR enhancers were divided into three separate functional classes, and only a small subset of them was induced. We observed that those inducible AR enhancers are chromatin hubs and interact more with promoters of up-regulated genes upon hormone treatment. By integrating several independent publicly available functional genomic datasets, initially, we confirmed these classes for GR enhancers. We, then, investigated the intrinsic functional features of these enhancers, such as promoter activity. We discovered one particular enhancer class, which does not require NR occupancy for activity, had elevated promoter activity besides their enhancer activity. They were also accessible for binding various transcription factors (TF) in many tissues. Later, we described each factor's CRE interaction networks (cistrome) as graph diagrams and integrated the message passing algorithm to develop a scoring method for differential transcription factor occupancy on individual elements in these networks. As a proof of concept, this method effectively captured the AR or GR enrichment on the promoter of up-regulated genes; this couldn't be observed otherwise. We anticipate that our conceptual framework will improve our understanding of CRE function and gene expression regulation.
Benzer Tezler
- Investigation of the localization pattern and the role of anti apoptotic BAG-1 in healthy and tumor tissues from patients with breast carcinoma
Meme kanserli hastalardan alınan sağlıklı ve tümörlü dokularda anti-apoptotik BAG-1 proteininin rolü ve lokalizasyonunun incelenmesi
JALE YILDIZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Investigation of the effect of valproic acid, an hdac inhibitor, on the relationship between oxidative stress and autophagy in human eosinophil
İnsan eosinofillerinde valproik asit ile oluşturulan oksidatif stres ve otofaji sonrası bağışık yanıtların incelenmesi
GÖKSU ÜZEL TURAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI
- Investigation of NFİB function and regulation of its putative target genes in human neural stem cell and SH-SY5Y neuroblastoma cell lines
İnsan sinir kök hücre ve SH-SY5Y nöroblastom hücre hatlarında NFIB işlevinin ve potansiyel hedef genlerinin regülasyonunun incelenmesi
BETÜL ULUCA
Doktora
İngilizce
2023
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI KUMBASAR
- The ubiquitin/proteasome system related role of Bag-1L in breast cancer
Bag-1L'in ubikuitin/proteazom sisteminde rolünün meme kanserinde incelenmesi
SEVİLAY ACAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Investigation of interleukin-10 (IL-10) production from Helicobacter-activated IL-10+ B cells on molecular level
Helikobakter-aktive interlökin-10+ (IL-10+) B hücrelerinden IL-10 üretiminin moleküler düzeyde incelenmesi
EMRE SOFYALI
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN