Geri Dön

Siglek proteinleri ile alternatif siglek ligandları arasındaki etkileşimlerin protein docking metodu ile analizi

Analysis of interactions between siglec proteins and alternative siglec ligands via protein docking method

  1. Tez No: 770352
  2. Yazar: BARIŞ BARIN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. SAVAŞ İZZETOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 63

Özet

Günümüzde kanser ve otoimmün hastalıklar bütün türleri ve yolakları bilinmeyen hastalıklar arasında bulunmaktadırlar. Kanser günümüzde en çok insan ölümüne sebep olan hastalıktır, otoimmün hastalıklar ise ölümcül olma potansiyeline sahip olan ve hastanın hayatı boyunca etkisine gösteren hastalıklardır. Her kanser tipine karşı hastayı yüzde yüz ihtimalle iyileştirebilecek bir ilaç bulunmamaktadır, bunun yanı sıra mevcut tedaviler kansere zarar vermelerine rağmen hasta ya da zarar vermektedir. Hem kanserin hem de otoimmün hastalıkların ortak özelliği tedavi edilse bile hastanın hayatı boyunca tekrar ortaya çıkma ihtimali yüksek olan hastalıklar olmalarıdır. Bu sebepten ötürü zararlı kimyasallar içermeyen ve insan vücudunda çok fazla sayıda istenmeyen etkiye sebep olmayacak ilaçlar geliştirilmelidir. Siglek proteinleri immün hücreler üzerinde bulunan, kendi hücrelerini tanıma ve immün sistemin aşağı regülasyonunda görev alan bir yüzey reseptör protein ailesidir. Her yüzey reseptör protein ailesinde olduğu gibi biyolojik sistemlerde Siglek ailesi de belirli ligand moleküllerini tanımakla yükümlüdür. Bu ligand molekülleri Siglekler arasında varyasyon göstermektedir. Bu çalışmada In silico yöntemlerden biri olan Protein Docking metodu (HADDOCK2.4) kullanılarak belirli Siglek proteinleri (2,3,5,7,8) ile belirli ligand molekülleri arasındaki etkileşimler analiz edilmiştir. Siglek proteinlerinin birbirlerinin ligand moleküllerini ya da benzer ligand molekülleri daha farklı afiniteler ile tanıdıkları saptanmıştır. Bunun yanı sıra her Siglek proteinin birden fazla bağlanma bölgesi olup farklı ligand moleküllerinin farklı bölgelere bağlandığı tespit edilmiştir. Bazı kanser türleri hücre yüzeylerini aşırı miktarda Siglek ligandları ile kaplayarak immün sistemden başarılı bir şekilde kaçmaktadırlar. Bunun yanı sıra Siglek ligandlarının ucunda bulunan Sialik asit molekülü negatif yüklü olduğundan, ligand moleküllerinin birikmesi hücrelerde negatif kutuplanma yaratıp metastaza yardımcı olmaktadır. Sonuç olarak, Siglek proteininin bağlantı bölgelerine bağlanarak sadece belirli miktarda ligand bağlanmasını sağlayacak olan yüksek afinitesi olan ligandlar, aşırı miktarda Siglek ligandı üreterek immün sistemden kaçan kanser türlerine karşı etkili olabilir.

Özet (Çeviri)

Currently there are unknown pathways of cancer and autoimmune diseases. Cancer has the annual largest death toll over the human lives. Autoimmune diseases are lifelong conditions with negative impact over the patient's life quality, also severe cases of autoimmune diseases are known to be lethal. There is no known cure which can work on every type of cancer and be affective at 100% of patients, also current treatments against cancer are detrimental to the patient's health. Common point of the cancer and autoimmune diseases are their chance to recurrence. Therefore, usage of toxins, harmful chemicals and aggressive organic compounds have many adverse effects to the patient's health over their lifetime. Due to these reasons non-toxic and less aggressive drugs/treatments need to be developed. Siglec proteins are type of surface receptors of immune cells, taking part at immune recognition and immune downregulation. Like every receptor family Siglec`s recognize their specific ligand molecules and structures. Each Siglec type recognize different ligand molecule and structure. in silico study interactions between Siglec proteins (2,3,5,7,8) and specific ligand molecules are analyzed by usage of Protein Docking Method by HADDOCK2.4 software. Results of this study concludes; Siglec proteins can recognize and bind to similar ligand with different affinities, more over binding domain of Siglec proteins have more than one binding site and interaction of multiple ligand molecules are possible. Some cancer types over produce Siglec ligands and accumulate higher number of ligands at their cell surface. By doing this cancer cells can avoid immune response by triggering higher self-response. In addition, Siglec ligands are negatively charged and change the cell surface polarity to negative. This causes a repelling force between cells and start or aid metastasis of cancer cells. Due to these reasons binding inhibiting Siglec ligand can be used to reduce available binding sites for limiting binding of high concentration of Siglec ligands to bind and produce higher self-signal. It could be detrimental to the cancer types relying self-recognition to avoid the immune system.

Benzer Tezler

  1. CHARACTERIZATION OF THE REGULATORY MECHANISMS OF NOD LIKE RECEPTORS IN THE GENERATION OF IMMUNE RESPONSES: REVISITING NLRC4 IN EOSINOPHILIC FUNCTIONS IN VITRO

    BİR EDİNSEL BAĞIŞIKLIK OLAN T2 HÜCRE CEVABININ NOD BENZERİ RESEPTÖRLERİ (NLR) İLE REGÜLASYON MEKANİZMALARININ KARAKTERİZASYONU

    ILGIN AKKAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI

  2. Siglek ligandlarının farklı tümör mikroçevrelerinde immün hücrelerle ilişkisinin biyoinformatik analizlerle belirlenmesi

    Determination of the relationship of siglec ligands with immune cells in different tumor microenvironments by bioinformatic analysis

    MİRAY KUTUR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SAVAŞ İZZETOĞLU

  3. Sjögren sendromunda Siglec düzeyleri

    Siglec levels in Sjogren syndrome

    ALPER TURMUŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    İç HastalıklarıFırat Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AHMET KARATAŞ

  4. Makrofaj siglec-10 – CD24 tümör 'beni yeme' sinyalinin 12e9 monoklonal antikoru ile immunoterapötik hedeflenmesi

    Immunotherapeutic targeting of macrophage siglec10- tumor CD24 'DON'T EAT ME' signalling by 12E9 monoclonal antibody

    SEBİHA ESRA KOÇAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Tıbbi BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ASUMAN SUNGUROĞLU

  5. Effects of build to order systems on automotive value chain

    Sipariş üzerine üretim sistemlerinin otomotiv değer zincirine etkileri

    TEOMAN SİLEK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    İşletmeMarmara Üniversitesi

    Y.DOÇ.DR. SEROL BULKAN