Detection of phosphorylation signatures specific to cancer-related PI3-Kinase isoform P110ALPHA and P110BETA
Kanserle ilişkili Pİ3-Kinaz P110ALPHA ve P110BETA izoformalarina özel fosforilasyon imzalarinin belirlenmesi
- Tez No: 788391
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR ÇİZMECİOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 123
Özet
PI3K sinyal yolu, birçok fizyolojik aktivite için gereklidir, ancak genellikle kanser oluşumu sırasında bozulur. PIK3CA ve PIK3CB genleri tarafından kodlanan PI3K p110 alfa ve beta izoformları, PI3K yolağını aktive etmek için PIP2'yi PIP3'e fosforile eden lipid kinazlardır. Bununla birlikte, bu izoformların farklı moleküler hedefleri henüz keşfedilmemiştir, bu da hedefe yönelik tedaviyi sorunlu hale getirir. Kanser genomik araştırmasına göre, PIK3CA geni kanserlerde yaygın olarak değiştirilir, ancak PIK3CB geni sıklıkla amplifiye edilir. Pan-PI3K inhibitörlerinin klinik kullanımı yan etkilere yol açtığından, izoforma özgü inhibitörlerin geliştirilmesine yol açmıştır. Bununla birlikte, bu ilaçların aşağı yönde alternatif sinyal sistemlerini tetikleyerek tek ajan tedavisine dirence yol açtığı gösterilmiştir. Araştırmamız, PI3K izoformlarının ayırt edici protein-protein etkileşimlerinin yanı sıra, bunun sonucunda ortaya çıkan, belirli hücresel aktivitelerin çok önemli belirteci olabilecek farklı fosfo-proteomik imzaları ortaya çıkarmayı amaçlamaktadır. Bu, yalnızca p110 alfa veya p110 izoformlarına bağımlı olan izojenik MEF hücreleri, izoforma özgü farmakolojik inhibitörler BYL-719 ve KIN 193, ve fosforilasyon seviyelerini belirlemek için yüksek çözünürlüklü kütle spektrometresi tabanlı bir yöntem kullanılarak gerçekleştirilecektir. Bu çalışmada keşfedilen öngörücü biyobelirteçler, PI3K hedefli ilaçlardan fayda görecek hastaları belirlemek ve yolak inhibisyonuna yanıt olarak ortaya çıkabilecek direnç mekanizmalarını daha iyi anlamak için kullanılabilecektir.
Özet (Çeviri)
The PI3K signaling pathway is required for many physiological activities, but it is commonly disrupted during cancer formation. The PI3K p110 and isoforms, encoded by the PIK3CA and PIK3CB genes, are lipid kinases that phosphorylate PIP2 to PIP3 to activate the PI3K pathway. However, the distinct molecular targets of these isoforms have yet to be discovered, making targeted treatment problematic. According to cancer genomics research, the PIK3CA gene is commonly altered in cancers, but the PIK3CB gene is frequently amplified. The clinical usage of Pan-PI3K inhibitors has resulted in significant side effects, prompting the development of isoform-specific inhibitors. However, it has been shown that these drugs trigger alternate signaling systems downstream, leading in resistance to single-agent treatment. Our research intends to uncover distinctive protein-protein interactions of PI3K isoforms, as well as the consequent different phospho-proteomic signatures, which might be crucial determinants of specific cellular activities. This will be accomplished by using isogenic MEF cells that are only dependent on the p110 or p110 isoforms, isoform-specific pharmacological inhibitors BYL-719 and KIN 193, and a high-resolution mass spectrometry-based method to determine the phosphorylation levels of these protein samples. The predictive biomarkers discovered in this study can be utilized to identify patients who will benefit from PI3K-targeted drugs and to better understand the resistance mechanisms that may arise in response to pathway inhibition.
Benzer Tezler
- Studies on the controlling network of S. cerevisiae via expression profiling
Gen anlatım profili ile Saccharomyces cerevısıae'nın kontrol ağı üzerine çalışmalar
AYÇA CANKORUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
BiyoteknolojiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. BETÜL KIRDAR
- Proteomiks çalışmalarında fosfopeptitlerin spesifik olarak zenginleştirilmesi ve kütle spektrometrisi ile tayini için polikatyonik malzemelerin geliştirilmesi
Development of polycationic materials for specific enrichment and mass spectrometric detection of phosphopeptides in proteomic studies
HANDE EYVAZOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
KimyaHacettepe ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEKİR SALİH
DOÇ. DR. ÖMÜR ÇELİKBIÇAK
- Koronin 1A ifadesinin normal ve NF1 hastalarına ait schwann hücrelerinde gösterilmesi
Detection of coronin 1A expression in normal and NF1 patient?s schwann cells
BURCU ŞİRİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞÜKRİYE AYTER
- Identification and detection of phosphoryated proteins by laser induced breakdown spectroscopy
Fosforlanmış proteinlerin lazer oluşturmalı plazma spektroskopisi ile belirlenmesi ve tayini
NADİR ARAS
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Biyokimyaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞERİFE YALÇIN
YRD. DOÇ. DR. GÜLŞAH ŞANLI
- Nitrik oksidin preadipositlerde (3T3-L1) proliferasyon, diferensiyasyon ve aktin hücre iskeleti organizasyonu üzerine etkileri: RHO/RHO-kinaz yolağının olası katkısı
Effects of nitric oxide on preadipocyte (3T3-L1) proliferation, differentiation, and reorganization of actin cytoskeleton: possible role of RHO/RHO-kinase signalling
AHMET SENCER YURTSEVER
Doktora
Türkçe
2017
BiyolojiMersin ÜniversitesiTıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KANSU BÜYÜKAFŞAR