Identification and detection of phosphoryated proteins by laser induced breakdown spectroscopy
Fosforlanmış proteinlerin lazer oluşturmalı plazma spektroskopisi ile belirlenmesi ve tayini
- Tez No: 302380
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ŞERİFE YALÇIN, YRD. DOÇ. DR. GÜLŞAH ŞANLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Kimya, Biochemistry, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 66
Özet
Lazer-Oluşturmalı Plazma Spektroskopisi, (LIBS), yüksek enerjili lazer kaynağı kullanılarak ışıklı plazma oluşumuna dayalı bir atomik emisyon spektroskopi tekniğidir. Oluşan plazmadan yayılan optik emisyonların spektrokimyasal analizi, örneğin elemental bileşimi hakkında bilgi verir.Protein fosforilizasyonu, enzimlerin ve proteinlerin çeşitli hücre içi reaksiyonlarda aktivasyon ve deaktivasyonunu sağlayan düzenleyici mekanizma olarak görev görür. Fosforlanmış proteinlerin belirlenmesi ve tayini, fosforlu peptidlerin haritalanmasında büyük bir öneme sahiptir.Bu çalışma, fosforlanmış proteinlerin (özellikle kazein ve ovalbumin) kütle spektrometrisi ile analizi öncesinde jel içinde belirlenmesi ve tayininde, LIBS'in hızlı ve basit bir metod olarak kullanılabilirliğinin, kapasitesinin ve sınırlarının belirlenmesine dayanmaktadır. Bu amaçla, optiksel bir LIBS düzeneği ticari olarak elde edilen parçaların bir araya gelmesi ile kurulmuş, poliakrilamid jellerin analizi için optimize edilmiştir. 532 nm dalga boyunda, 10 Hz frekansda ışıma yapan, Nd:YAG lazer kaynağı, kurutulmuş SDS-jel yüzeyinde plazma oluşturmak için kullanılmıştır. Plazmadan saçılan ışınlar eşel tip spektrograf ve şiddetlendirilmiş CCD ile kombine edilmiş dedektör sisteminde tayin edilmiştir.Bu çalışma SDS-jeldeki fosforlanmış proteinlerin tespit ve tayinine dayalı ilk LIBS çalışmasıdır. 1-boyutlu jel ayırma işleminde birbirinden ayrılan fosforlanmış proteinler, üzerine odaklanan lazer pulsu ile oluşan plazmada açığa çıkan 253.5 nm and 255.3 nm deki fosforun atomik emisyon çizgileri ile tanınırlar. Fosfor, P(I) spektrumlarındaki emisyon şiddetinin lazer enerjisi ve dedektör zamanlama parametreleri açısından en uygun olduğu koşulların belirlenebilmesi için inorganik fosfor içeren Na2HPO4 tuzu pelet halinde kullanılmak sureti ile analiz edilmiştir.Deneyler sonucunda hem coomassie brilliant blue ile hem de gümüş boyama yöntemiyle boyanmış SDS-jellerin analizi sonucunda protein karışımı içindeki ovalbumin ve kazein gibi fosforlanmış proteinler tayin edilmiştir. Teknik fosforlanmış proteinlerin jel içersinde lokal olarak tayin ve teşhisinde LIBS'in kullanılabilirliği açısından büyük bir gelecek vaad etmektedir.
Özet (Çeviri)
Laser-Induced Breakdown Spectroscopy (LIBS) is an optical atomic emission spectroscopic technique that uses an energetic laser source to generate a luminous plasma. Spectrochemical analysis of the light emitted from the plasma reveals information about the elemental composition of the sample.Phosphorylation is an important regulatory mechanism that activates or deactivates many proteins and enzymes in a wide range of cellular process. Identification and detection of phosphoproteins have a crucial importance in phosphopeptide mapping.This study is based on the assessment of the capabilities and limitations of LIBS as a quick and simple method for in-gel identification and determination of phosphorylated proteins, specifically casein and ovalbumin before mass spectrometric analysis for the elucidation of phosporylation sites. For this purpose, an optical LIBS set-up was constructed from its commercially available parts and the system was optimized for LIBS analysis of polyacrylamide gels. Nd:YAG laser operating at 532 nm wavelength and at 10 Hz frequency was used to create plasma on dry gel surfaces. Emitted light from a luminous plasma was analyzed and detected by an Echelle type spectrograph containing Intensified CCD, detector.With this study, LIBS detection of phosphorous in phosphorylated proteins after electrophoretic separation has been shown, for the first time. After SDS-PAGE gel separation process, phosphoproteins were recognized from prominent P(I) lines (at 253.5 nm and 255.3 nm) in a plasma formed by the focused laser pulses on the gel, just in the center or in the vicinity of the electrophoretic spot. Spectral emission intensity of P(I) lines from LIBS data has been optimized with respect to laser energy and detector timing parameters by using standard Na2HPO4. It has been shown that phosphorylated proteins (casein and ovalbumin in mixture) can be identified by LIBS after both coomassie brilliant blue and silver staining procedures. Technique shows a great promise in microlocal spotting of phosphorylated proteins in gel before MS analysis for the determination of the phosphorylation sites.
Benzer Tezler
- Proteomic approaches for the identification and quantification of clinically relevant biomarkers
Klinik önem taşıyan biyobelirteçlerin belirlenmesi ve miktar tayini için proteomik yaklaşımlar
MELTEM AŞICIOĞLU KÜÇÜK
Doktora
İngilizce
2024
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DR. MERVE ÖZTUĞ KILINÇ
- Proteomiks çalışmalarında fosfopeptitlerin spesifik olarak zenginleştirilmesi ve kütle spektrometrisi ile tayini için polikatyonik malzemelerin geliştirilmesi
Development of polycationic materials for specific enrichment and mass spectrometric detection of phosphopeptides in proteomic studies
HANDE EYVAZOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
KimyaHacettepe ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEKİR SALİH
DOÇ. DR. ÖMÜR ÇELİKBIÇAK
- TANK proteininin sinyal iletimindeki fonksiyonel analizi
Functional analyses of the TANK protein in signal transduction
AYŞEGÜL DALMIZRAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
BiyokimyaEge ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. M. LİENHARD SCHMITZ
YRD. DOÇ. DR. BUKET KOSOVA
- Identification of upstream regulators of MAPK stimulated Pea3-mediated neural differentiation in PC12 cells
PC12 hücrelerinde MAPK uyarılı Pea3 aracılı nöral farklılaşmanın üst akış düzenleyicilerinin tanımlanması
BERRAK ÇAĞLAYAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
DOÇ. DR. IŞIL AKSAN KURNAZ
- Zeytin (Olea europaea L.) dal kanseri hastalık etmeni Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi'nin kantitatif real-time membran bio-PCR ile tanısı ve epifitik popülasyonun tespiti
Identification and detection of Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi ,the causal agent of olive knot disease and it's epiphytic population by quantitative real-time membran bio-PCR
DOĞANCAN AKTAŞ