2018-2021 yılları arasında hastanemiz yoğun bakım ünitelerinden gönderilen kan kültürü ve alt solunum yolu örneklerinden izole edilen gram negatif bakterilerin antibiyotik duyarlılık verileri ve direnç profiline COVİD-19 pandemisinin etkisi
The effect of the COVİD-19 pandemic on the antibiotic susceptibility data and resistance profile of gram-negative bacteria isolated from blood cultures and lower respiratory tract samples sent from the intensive care units of OUR hospital between 2018-2021
- Tez No: 803438
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AYFER BAKIR
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Yoğun Bakım Ünitesi, SARS-CoV-2, kan dolaşımı enfeksiyonları, alt solunum yolu enfeksiyonları, antimikrobiyal direnç, Yoğun Bakım Ünitesi, SARS-CoV-2, kan dolaşımı enfeksiyonları, alt solunum yolu enfeksiyonları, antimikrobiyal direnç
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bakanlığı
- Enstitü: Ankara Etlik Şehir Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 87
Özet
1 / 11 TEŞEKKÜR Uzmanlık eğitim ve tez sürecim boyunca bilgi ve tecrübelerini her daim benimle paylaşan, beraber çalışmaktan mutluluk duyduğum değerli hocam Doç. Dr. Ümmü Gül ERDEM'e; Hem eğitim sürecimde hem de tez yapım aşamasında destekleri daim olan çok değerli hocam ve tez danışmanım Mik. Uzm. Mustafa ÇAĞATAY'a; Eğitim sürecimde kısa süreliğine de olsa birlikte çalışma fırsatı bulduğum, tez yazım aşamasında desteklerini esirgemeyen Doç. Dr. Ayfer BAKIR'a; Asistanlık sürecim boyunca birlikte çalışmaktan keyif aldığım, tecrübelerini benimle her daim paylaşan Dr. Zeynep DANSUK ve Dr. Nesrin CERYAN başta olmak üzere tüm uzmanlarımıza; Asistanlık döneminde çalışma fırsatı bulduğum, beraber huzurlu ve keyifli vakit geçirdiğim, Dr. Gülşah MİROĞLU ve Dr. Melike ÇAĞLAR başta olmak üzere tüm asistan arkadaşlarıma; Asistanlığa beraber başladığımız günden bu yana, iyi veya kötü her anıma ortak olan canım dostum Dr. Elif Tuğçe GÜNER, tez sürecinde bilgi ve tecrübeleriyle bana yol gösteren değerli eşi Dr. Mehmet Ali GÜNER ve biricik kızları Gökçe'ye; Hayatımın her aşamasında varlığıyla bana destek olan, canım eşim Kürşat ÖZKAN'a; Her zaman en büyük destekçim olan sevgili aileme teşekkür ederim. Dr. Didem ÖZKAN Ankara, 2023 İÇİNDEKİLER 2 / 11 TEŞEKKÜR…………………………………………………………………….. i İÇİNDEKİLER…………………………………………………………………. ii KISALTMALAR……………………………………………………………….. iv TABLOLAR DİZİNİ…………………………………………………………… vi ŞEKİLLER DİZİNİ…………………………………………………………….. vii ÖZET…………………………………………………………………………….. viii ABSTRACT………………………………………………………………………x 1. GİRİŞ VE AMAÇ……………………………………………………………..1 2. GENEL BİLGİLER…………………………………………………………..3 2.1. YOĞUN BAKIM ÜNİTESİ ENFEKSİYONLARI………………………3 2.1.1. Kan Dolaşımı Enfeksiyonları………………………………………. 4 2.1.1.1. Kan Kültürü Örnekleri……………………………………….. 4 2.1.2. Alt Solunum Yolu Enfeksiyonları…………………………………. 6 2.1.2.1. Alt solunum yolu örnekleri…………………………………... 7 2.2. YOĞUN BAKIM ÜNİTESİ ÖRNEKLERİNDE İZOLE EDİLEN ÖNEMLİ GRAM NEGATİF BAKTERİLER……………………..........8 2.2.1. Acinetobacter baumannii………………………………………. 8 2.2.2. Pseudomonas aeruginosa……………………………………… 9 2.2.3. Escherichia coli………………………………………………... 10 2.2.4. Klebsiella pneumoniae…………………………………………. 10 2.3. GRAM NEGATİF BAKTERİLERDE ANTİMİKROBİYAL DİRENÇ...11 2.4. SARS-CoV-2 ve COVID-19 PANDEMİSİ………………………………13 2.4.1. Tarihçe ve Epidemiyoloji……………………………………........... 14 2.4.2. Virolojik Özellikleri ve Sınıflandırma……………………………... 15 2.4.2.1. Yapısal proteinler…………………………………………….. 16 3 / 11 2.4.3. Patogenez………………………………………………………. 17 2.4.4. Bulaş…………………………………………………………… 19 2.4.5. Klinik Bulgular ve Komplikasyonlar…………………………... 20 2.4.6. Klinik ve Mikrobiyolojik Tanı…………………………………. 21 3. GEREÇ VE YÖNTEM……………………………………………………….24 3.1. ARAŞTIRMANIN YÖNTEMİ VE ÇALIŞMA GRUBU………………..24 3.2. ARAŞTIRMANIN ETİK BOYUTU…………………………………….24 3.3. İDENTİFİKASYON VE ANTİBİYOTİK DUYARLILIK TESTLERİ…25 3.3.1. Kan Kültürleri……………………………………………………… 25 3.3.2. Alt Solunum Yolu Kültürleri………………………………………. 25 3.4. SARS-CoV-2 RT-PCR TESTİ…………………………………………... 26 3.5. İSTATİSTİKSEL VERİ ANALİZ YÖNTEMLERİ……………………..27 4. BULGULAR………………………………………………………………….. 28 5. TARTIŞMA……………………………………………………………………41 6. SONUÇLAR…………………………………………………………………...49 KAYNAKLAR…………………………………………………………………...52 EKLER…………………………………………………………………………... 63 Ek-1: Etik Kurul Onayı……………………………………………………… 63 Ek-2: Tez Konusu Onayı…………………………………………………… 64 ÖZGEÇMİŞ……………………………………………………………………... 73 KISALTMALAR VE SİMGELER ABD : Amerika Birleşik Devletleri 4 / 11 ACE-2 : Anjiyotensin Dönüştürücü Enzim-2 AMC : Amoksisilin Klavulonat ARDS : Acute Respiratory Distress Syndrome ASY : Alt Solunum Yolu BAL : Bronkoalveolar Lavaj CDC : Center for Disease Control and Prevention CIM : Carbapenem Inactivation Method CN : COVID-19 Negatif CP : COVID-19 Pozitif DSÖ : Dünya Sağlık Örgütü EMB : Eosin Metilen Blue GSBL : Genişlemiş Spektrumlu β-laktamaz HBYS : Hastane Bilgi Yönetim Sistemi KDE : Kan Dolaşımı Enfeksiyonları Kİ-KDE : Kateter ilişkili KDE KKA : Koyun Kanlı Agar KKE : Kişisel Koruyucu Ekipman KPC : K. pneumoniae Carbapenemase LBYS : Laboratuvar Bilgi Yönetim Sistemi MALDI-TOF MS: Matriks Assisted Lazer Desorption Ionization Time of Flight Massspectrometry MDR : Multiple Drug Resistance MERS : Middle East Respiratory Syndrome NAAT : Nükleik Asit Amplifikasyon Testleri 5 / 11 NS : Nazofaringeal Sürüntü OS : Orofaringeal Sürüntü PDR : Pan Drug Resistant PHEİC : Public Health Emergency of International Concern PİP/TAZ : Piperasilin Tazobaktam PMNL : Polimorf Nüveli Lökosit PÖD : Pandemi Öncesi Dönem RBD : Receptor Binding Domain RT-LAMP : Reverse Transcriptase Loop Mediated Isothermal Amplification RT-PCR : Reverse Transkriptaz PCR SARS : Severe Acute Respiratory Syndrome SARS-CoV-2 : Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 SHİE : Sağlık Hizmeti İlişkili Enfeksiyon TMP-SXT : Trimetoprim Sülfametoksazol VİP : Ventilatörle İlişkili Pnömoni VTM : Viral Transport Medium XDR : Extensively Drug Resistant YBÜ : Yoğun Bakım Ünitesi TABLOLAR DİZİNİ Tablo 1: YBÜ'lerde takip edilen hastaların demografik bilgilerinin ve hastalardan gönderilen kültürlerin gruplara göre dağılımı……………………….. 28 Tablo 2: Kültür sonuçlarının örnek türüne göre gruplar arasında dağılımı……… 30 Tablo 3: Örneklerin boyanma türlerinin gruplar arasında dağılımı……………… 30 6 / 11 Tablo 4: Kültürlerde anlamlı etken mikroorganizma üremesi olan hastaların demografik özelliklerinin ve ölüm oranlarının gruplara göre dağılımı…………... 32 Tablo 5: Bakterilerin boyanma durumlarına göre hastaların demografik özelliklerinin dağılımı…………………………………………………………….. 32 Tablo 6: COVID-19 tanılı hastaların demografik özellikleri ve ölüm oranının üreme durumuna göre dağılımı…………………………………………………… 33 Tablo 7: COVID-19 tanılı hastaların demografik özellikleri ve ölüm oranının izole edilen bakterilerin Gram boyanma özelliklerine göre dağılımı…………….. 33 Tablo 8: İzole edilen gram negatif bakterilerin gruplar arasında dağılımı………. 34 Tablo 9: Gram negatif izolatların gruplar arasında örnek türüne göre dağılımı… 35 Tablo 10: COVID-19 tanılı hastalarda gram negatif bakterilerin yaşa göre dağılımı…………………………………………………………………………… 36 Tablo 11: K. pneumoniae izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin gruplar arasında dağılımı…………………………………………………………. 37 Tablo 12: E. coli izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin gruplar arasında dağılımı………………………………………………………………….. 38 Tablo 13: Enterobacter spp. izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin gruplar arasında dağılımı……………………………………………………….… 39 Tablo 14: A. baumannii izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin gruplar arasında dağılımı……………………………………………………….… 39 Tablo 15: P. aeruginosa izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin gruplar arasında dağılımı…………………………………………………………. 40 ŞEKİLLER DİZİNİ Şekil 1: SARS-CoV-2 virüsünün yapısı………………………………………….. 17 Şekil 2: İzole edilen mikroorganizmaların örnek türüne göre dağılımı………….. 31 7 / 11 ÖZET Amaç: Bu tez çalışmasında, Ankara Dışkapı Yıldırım Beyazıt Eğitim ve Araştırma Hastanesi Yoğun Bakım Ünitelerinde tedavi gören hastalardan gönderilen kan kültürü/alt solunum yolu örneklerinden izole edilen etkenlerin dağılımını ve gram negatif bakterilerin antimikrobiyal direnç oranlarını incelemek; elde edilen bu verilere pandemi etkisini, COVID-19 tanılı hastaları COVID-19 dışı tanılarla takip edilen hastalarla karşılaştırarak gözlemlemek amaçlanmıştır. 8 / 11 Gereç ve Yöntem: 1 Ocak 2018 ve 31 Aralık 2021 tarihleri arasındaki dört yıllık dönemde hastanemiz YBÜ'lerde tedavi gören toplam 3880 hastadan Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen 20107 adet kan kültürü ve alt solunum yolu örneği geriye dönük incelendi. Hastaların demografik bilgileri Hastane Bilgi Yönetim Sistemi'nden elde edildi. Kültürde anlamlı olduğu düşünülen etken üremesi saptanan örnekler; Pandemi Öncesi Dönem (PÖD), COVID-19 Pozitif (CP), COVID-19 Negatif (CN) şeklinde ayrılan üç grup arasında karşılaştırmalı olarak değerlendirildi. İzole edilen gram negatif bakterilerin, üç grup arasında antimikrobiyal duyarlılık verilerindeki değişimler tespit edildi. Bulgular: PÖD'den gönderilen 9409, CP'den gönderilen 3831, CN'den gönderilen 6867 adet örnek incelendi. Kültürde üreme saptanmayan alt solunum yolu örnekleri CP grubunda diğer iki gruba göre yüksek; üreme saptanan örnekler ve kontaminasyon düşünülen örnekler ise CP grubunda düşük bulundu. Kan kültürlerinde üreme saptanan örnekler PÖD'de her iki gruba göre, kontaminasyon olarak değerlendirilen örnekler CP ve CN'de PÖD'e göre artmış olduğu tespit edildi. Candida spp. üreme oranları, CP ve CN'de PÖD ile karşılaştırıldığında yüksek olduğu belirlendi. CP grubunda en az bir etken üremesi olan hastalarda ölüm oranı, üreme olmayan hastalara göre belirgin olarak artmıştı. CP'de gram negatif bakteri üremesi olan hastalarda ölüm oranı, gram pozitif bakteri üremesi olan hastalara göre yükselmişti. CP'de A. baumannii izolatlarının oranı PÖD ve CN'ye göre artmıştı. P. aeruginosa izolatlarının oranı ise CP'de azalmış olduğu tespit edildi. K. pneumoniae izolatlarının ertapeneme duyarlılığınında CP'de CN'ye göre düşüş gözlendi. İmipenem duyarlılığı ise CP ve CN'de PÖD'e göre düşüktü. Amikasin ve gentamisin duyarlılığında CP'de diğer iki gruba göre, trimetoprim sülfametoksazol duyarlılığında ise CP'de PÖD'e göre azalma tespit edildi. E. coli izolatlarında amoksisilin klavulonik asitin duyarlılığı CP'de CN'ye göre azalmış bulundu. Enterobacter spp. izolatlarında CP'de levofloksasin duyarlılığı CN'ye göre düşük bulundu. A. baumannii izolatlarında siprofloksasin, trimetoprim sülfametoksazol duyarlılık yüzdesi CP ve CN'de PÖD'e göre düşmüştü. P. aeruginosa izolatlarında seftazidim, sefepim, piperasilin tazobaktam, imipenem, siprofloksasin, levofloksasin duyarlılıkları CN ve CP'de PÖD'e göre azalmıştı. 9 / 11 Sonuç: COVID-19 hastalarında hem kan kültürü hem de alt solunum yolu kültüründe üreme oranlarının diğer gruplara kıyasla düştüğü gözlendi. Ancak bu hastalarda ampirik antibiyotik kullanımının sık olması ve hasta başı gönderilen kültür sayısının azalması üreme saptanan örneklerin gerçek insidansını maskelemiş olabilir. CP grubunda üreme oranlarında düşüş gözlense de gram negatif bakterilerin dirençli suşlarında seçilim olması ve anlamlı etken üremesi tespit edilen hastalarda mortalitenin artması, bu hastalara yapılacak terapötik müdahalede dikkatli olunması gerektiğini göstermektedir. Sonuç olarak COVID-19 hastalarında sekonder bakteriyel enfeksiyon gelişiminde risk faktörleri iyi belirlenmeli, antimikrobiyal direnç konusunda YBÜ'lere özel sürveyans çalışmaları yapılmalıdır.
Özet (Çeviri)
1 / 11 TEŞEKKÜR Uzmanlık eğitim ve tez sürecim boyunca bilgi ve tecrübelerini her daim benimle paylaşan, beraber çalışmaktan mutluluk duyduğum değerli hocam Doç. Dr. Ümmü Gül ERDEM'e; Hem eğitim sürecimde hem de tez yapım aşamasında destekleri daim olan çok değerli hocam ve tez danışmanım Mik. Uzm. Mustafa ÇAĞATAY'a; Eğitim sürecimde kısa süreliğine de olsa birlikte çalışma fırsatı bulduğum, tez yazım aşamasında desteklerini esirgemeyen Doç. Dr. Ayfer BAKIR'a; Asistanlık sürecim boyunca birlikte çalışmaktan keyif aldığım, tecrübelerini benimle her daim paylaşan Dr. Zeynep DANSUK ve Dr. Nesrin CERYAN başta olmak üzere tüm uzmanlarımıza; Asistanlık döneminde çalışma fırsatı bulduğum, beraber huzurlu ve keyifli vakit geçirdiğim, Dr. Gülşah MİROĞLU ve Dr. Melike ÇAĞLAR başta olmak üzere tüm asistan arkadaşlarıma; Asistanlığa beraber başladığımız günden bu yana, iyi veya kötü her anıma ortak olan canım dostum Dr. Elif Tuğçe GÜNER, tez sürecinde bilgi ve tecrübeleriyle bana yol gösteren değerli eşi Dr. Mehmet Ali GÜNER ve biricik kızları Gökçe'ye; Hayatımın her aşamasında varlığıyla bana destek olan, canım eşim Kürşat ÖZKAN'a; Her zaman en büyük destekçim olan sevgili aileme teşekkür ederim. Dr. Didem ÖZKAN Ankara, 2023 İÇİNDEKİLER 2 / 11 TEŞEKKÜR…………………………………………………………………….. i İÇİNDEKİLER…………………………………………………………………. ii KISALTMALAR……………………………………………………………….. iv TABLOLAR DİZİNİ…………………………………………………………… vi ŞEKİLLER DİZİNİ…………………………………………………………….. vii ÖZET…………………………………………………………………………….. viii ABSTRACT………………………………………………………………………x 1. GİRİŞ VE AMAÇ……………………………………………………………..1 2. GENEL BİLGİLER…………………………………………………………..3 2.1. YOĞUN BAKIM ÜNİTESİ ENFEKSİYONLARI………………………3 2.1.1. Kan Dolaşımı Enfeksiyonları………………………………………. 4 2.1.1.1. Kan Kültürü Örnekleri……………………………………….. 4 2.1.2. Alt Solunum Yolu Enfeksiyonları…………………………………. 6 2.1.2.1. Alt solunum yolu örnekleri…………………………………... 7 2.2. YOĞUN BAKIM ÜNİTESİ ÖRNEKLERİNDE İZOLE EDİLEN ÖNEMLİ GRAM NEGATİF BAKTERİLER……………………..........8 2.2.1. Acinetobacter baumannii………………………………………. 8 2.2.2. Pseudomonas aeruginosa……………………………………… 9 2.2.3. Escherichia coli………………………………………………... 10 2.2.4. Klebsiella pneumoniae…………………………………………. 10 2.3. GRAM NEGATİF BAKTERİLERDE ANTİMİKROBİYAL DİRENÇ...11 2.4. SARS-CoV-2 ve COVID-19 PANDEMİSİ………………………………13 2.4.1. Tarihçe ve Epidemiyoloji……………………………………........... 14 2.4.2. Virolojik Özellikleri ve Sınıflandırma……………………………... 15 2.4.2.1. Yapısal proteinler…………………………………………….. 16 3 / 11 2.4.3. Patogenez………………………………………………………. 17 2.4.4. Bulaş…………………………………………………………… 19 2.4.5. Klinik Bulgular ve Komplikasyonlar…………………………... 20 2.4.6. Klinik ve Mikrobiyolojik Tanı…………………………………. 21 3. GEREÇ VE YÖNTEM……………………………………………………….24 3.1. ARAŞTIRMANIN YÖNTEMİ VE ÇALIŞMA GRUBU………………..24 3.2. ARAŞTIRMANIN ETİK BOYUTU…………………………………….24 3.3. İDENTİFİKASYON VE ANTİBİYOTİK DUYARLILIK TESTLERİ…25 3.3.1. Kan Kültürleri……………………………………………………… 25 3.3.2. Alt Solunum Yolu Kültürleri………………………………………. 25 3.4. SARS-CoV-2 RT-PCR TESTİ…………………………………………... 26 3.5. İSTATİSTİKSEL VERİ ANALİZ YÖNTEMLERİ……………………..27 4. BULGULAR………………………………………………………………….. 28 5. TARTIŞMA……………………………………………………………………41 6. SONUÇLAR…………………………………………………………………...49 KAYNAKLAR…………………………………………………………………...52 EKLER…………………………………………………………………………... 63 Ek-1: Etik Kurul Onayı……………………………………………………… 63 Ek-2: Tez Konusu Onayı…………………………………………………… 64 ÖZGEÇMİŞ……………………………………………………………………... 73 KISALTMALAR VE SİMGELER ABD : Amerika Birleşik Devletleri 4 / 11 ACE-2 : Anjiyotensin Dönüştürücü Enzim-2 AMC : Amoksisilin Klavulonat ARDS : Acute Respiratory Distress Syndrome ASY : Alt Solunum Yolu BAL : Bronkoalveolar Lavaj CDC : Center for Disease Control and Prevention CIM : Carbapenem Inactivation Method CN : COVID-19 Negatif CP : COVID-19 Pozitif DSÖ : Dünya Sağlık Örgütü EMB : Eosin Metilen Blue GSBL : Genişlemiş Spektrumlu β-laktamaz HBYS : Hastane Bilgi Yönetim Sistemi KDE : Kan Dolaşımı Enfeksiyonları Kİ-KDE : Kateter ilişkili KDE KKA : Koyun Kanlı Agar KKE : Kişisel Koruyucu Ekipman KPC : K. pneumoniae Carbapenemase LBYS : Laboratuvar Bilgi Yönetim Sistemi MALDI-TOF MS: Matriks Assisted Lazer Desorption Ionization Time of Flight Massspectrometry MDR : Multiple Drug Resistance MERS : Middle East Respiratory Syndrome NAAT : Nükleik Asit Amplifikasyon Testleri 5 / 11 NS : Nazofaringeal Sürüntü OS : Orofaringeal Sürüntü PDR : Pan Drug Resistant PHEİC : Public Health Emergency of International Concern PİP/TAZ : Piperasilin Tazobaktam PMNL : Polimorf Nüveli Lökosit PÖD : Pandemi Öncesi Dönem RBD : Receptor Binding Domain RT-LAMP : Reverse Transcriptase Loop Mediated Isothermal Amplification RT-PCR : Reverse Transkriptaz PCR SARS : Severe Acute Respiratory Syndrome SARS-CoV-2 : Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 SHİE : Sağlık Hizmeti İlişkili Enfeksiyon TMP-SXT : Trimetoprim Sülfametoksazol VİP : Ventilatörle İlişkili Pnömoni VTM : Viral Transport Medium XDR : Extensively Drug Resistant YBÜ : Yoğun Bakım Ünitesi TABLOLAR DİZİNİ Tablo 1: YBÜ'lerde takip edilen hastaların demografik bilgilerinin ve hastalardan gönderilen kültürlerin gruplara göre dağılımı……………………….. 28 Tablo 2: Kültür sonuçlarının örnek türüne göre gruplar arasında dağılımı……… 30 Tablo 3: Örneklerin boyanma türlerinin gruplar arasında dağılımı……………… 30 6 / 11 Tablo 4: Kültürlerde anlamlı etken mikroorganizma üremesi olan hastaların demografik özelliklerinin ve ölüm oranlarının gruplara göre dağılımı…………... 32 Tablo 5: Bakterilerin boyanma durumlarına göre hastaların demografik özelliklerinin dağılımı…………………………………………………………….. 32 Tablo 6: COVID-19 tanılı hastaların demografik özellikleri ve ölüm oranının üreme durumuna göre dağılımı…………………………………………………… 33 Tablo 7: COVID-19 tanılı hastaların demografik özellikleri ve ölüm oranının izole edilen bakterilerin Gram boyanma özelliklerine göre dağılımı…………….. 33 Tablo 8: İzole edilen gram negatif bakterilerin gruplar arasında dağılımı………. 34 Tablo 9: Gram negatif izolatların gruplar arasında örnek türüne göre dağılımı… 35 Tablo 10: COVID-19 tanılı hastalarda gram negatif bakterilerin yaşa göre dağılımı…………………………………………………………………………… 36 Tablo 11: K. pneumoniae izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin gruplar arasında dağılımı…………………………………………………………. 37 Tablo 12: E. coli izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin gruplar arasında dağılımı………………………………………………………………….. 38 Tablo 13: Enterobacter spp. izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin gruplar arasında dağılımı……………………………………………………….… 39 Tablo 14: A. baumannii izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin gruplar arasında dağılımı……………………………………………………….… 39 Tablo 15: P. aeruginosa izolat sayıları ve antibiyotik duyarlılık yüzdelerinin gruplar arasında dağılımı…………………………………………………………. 40 ŞEKİLLER DİZİNİ Şekil 1: SARS-CoV-2 virüsünün yapısı………………………………………….. 17 Şekil 2: İzole edilen mikroorganizmaların örnek türüne göre dağılımı………….. 31 7 / 11 ÖZET Amaç: Bu tez çalışmasında, Ankara Dışkapı Yıldırım Beyazıt Eğitim ve Araştırma Hastanesi Yoğun Bakım Ünitelerinde tedavi gören hastalardan gönderilen kan kültürü/alt solunum yolu örneklerinden izole edilen etkenlerin dağılımını ve gram negatif bakterilerin antimikrobiyal direnç oranlarını incelemek; elde edilen bu verilere pandemi etkisini, COVID-19 tanılı hastaları COVID-19 dışı tanılarla takip edilen hastalarla karşılaştırarak gözlemlemek amaçlanmıştır. 8 / 11 Gereç ve Yöntem: 1 Ocak 2018 ve 31 Aralık 2021 tarihleri arasındaki dört yıllık dönemde hastanemiz YBÜ'lerde tedavi gören toplam 3880 hastadan Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen 20107 adet kan kültürü ve alt solunum yolu örneği geriye dönük incelendi. Hastaların demografik bilgileri Hastane Bilgi Yönetim Sistemi'nden elde edildi. Kültürde anlamlı olduğu düşünülen etken üremesi saptanan örnekler; Pandemi Öncesi Dönem (PÖD), COVID-19 Pozitif (CP), COVID-19 Negatif (CN) şeklinde ayrılan üç grup arasında karşılaştırmalı olarak değerlendirildi. İzole edilen gram negatif bakterilerin, üç grup arasında antimikrobiyal duyarlılık verilerindeki değişimler tespit edildi. Bulgular: PÖD'den gönderilen 9409, CP'den gönderilen 3831, CN'den gönderilen 6867 adet örnek incelendi. Kültürde üreme saptanmayan alt solunum yolu örnekleri CP grubunda diğer iki gruba göre yüksek; üreme saptanan örnekler ve kontaminasyon düşünülen örnekler ise CP grubunda düşük bulundu. Kan kültürlerinde üreme saptanan örnekler PÖD'de her iki gruba göre, kontaminasyon olarak değerlendirilen örnekler CP ve CN'de PÖD'e göre artmış olduğu tespit edildi. Candida spp. üreme oranları, CP ve CN'de PÖD ile karşılaştırıldığında yüksek olduğu belirlendi. CP grubunda en az bir etken üremesi olan hastalarda ölüm oranı, üreme olmayan hastalara göre belirgin olarak artmıştı. CP'de gram negatif bakteri üremesi olan hastalarda ölüm oranı, gram pozitif bakteri üremesi olan hastalara göre yükselmişti. CP'de A. baumannii izolatlarının oranı PÖD ve CN'ye göre artmıştı. P. aeruginosa izolatlarının oranı ise CP'de azalmış olduğu tespit edildi. K. pneumoniae izolatlarının ertapeneme duyarlılığınında CP'de CN'ye göre düşüş gözlendi. İmipenem duyarlılığı ise CP ve CN'de PÖD'e göre düşüktü. Amikasin ve gentamisin duyarlılığında CP'de diğer iki gruba göre, trimetoprim sülfametoksazol duyarlılığında ise CP'de PÖD'e göre azalma tespit edildi. E. coli izolatlarında amoksisilin klavulonik asitin duyarlılığı CP'de CN'ye göre azalmış bulundu. Enterobacter spp. izolatlarında CP'de levofloksasin duyarlılığı CN'ye göre düşük bulundu. A. baumannii izolatlarında siprofloksasin, trimetoprim sülfametoksazol duyarlılık yüzdesi CP ve CN'de PÖD'e göre düşmüştü. P. aeruginosa izolatlarında seftazidim, sefepim, piperasilin tazobaktam, imipenem, siprofloksasin, levofloksasin duyarlılıkları CN ve CP'de PÖD'e göre azalmıştı. 9 / 11 Sonuç: COVID-19 hastalarında hem kan kültürü hem de alt solunum yolu kültüründe üreme oranlarının diğer gruplara kıyasla düştüğü gözlendi. Ancak bu hastalarda ampirik antibiyotik kullanımının sık olması ve hasta başı gönderilen kültür sayısının azalması üreme saptanan örneklerin gerçek insidansını maskelemiş olabilir. CP grubunda üreme oranlarında düşüş gözlense de gram negatif bakterilerin dirençli suşlarında seçilim olması ve anlamlı etken üremesi tespit edilen hastalarda mortalitenin artması, bu hastalara yapılacak terapötik müdahalede dikkatli olunması gerektiğini göstermektedir. Sonuç olarak COVID-19 hastalarında sekonder bakteriyel enfeksiyon gelişiminde risk faktörleri iyi belirlenmeli, antimikrobiyal direnç konusunda YBÜ'lere özel sürveyans çalışmaları yapılmalıdır.
Benzer Tezler
- Klinik örneklerden izole edilen staphylococcus aureus suşlarının antibiyotiklere direnç oranlarının araştırılması
Investigation of antibiotic resistance rates of staphylococcus aureus strains isolated from clinical samples
ZEHRA VARIŞ KARAKAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA BEHÇET
- Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde izlenen kandidemi vakalarında risk faktörleri, kandida tür dağılımı ve antifungal duyarlılığın yıllar içindeki değişiminin değerlendirilmesi
The risk factors, the distribution of candida species and the evaluation of antifungal sensitivity changes in candidemia over the years in the cases monitored at hospital of Cukurova University Medical Faculty
NAZLIGÜL SOLMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıÇukurova ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FERİT KUŞÇU
- 2018-2021 yılları arasında Gazi Üniversitesi Hastanesi İç Hastalıkları Yoğun Bakım Ünitesinde yatarken gastrostomi açılan hastaların genel özellikleri ve klinik sonuçları
General characteristics and clinical results of the patients who underwent gastrostomy while intensive care uni̇t stay in Gazi University Hospital Medical Intensive Care Unit between 2018 and 2021
MELTEM BÜŞRA ERDEMİR GÜLCAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
İç HastalıklarıGazi Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞAHENDER GÜLBİN AYGENCEL BIKMAZ
- Postoperatif yoğun bakım ihtiyacı öngörülen hastaların değerlendirme bulgularının sonuç ile korelasyonunun retrospektif araştırılması
A retrospective research of patients' preoperatively estimated postoperative intensive care unit need with correlation results
HAYDAR MURAT CESUR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Anestezi ve ReanimasyonÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN ALİ KİRAZ
- Acil tıp kliniğine başvuran akut koroner sendrom hastalarında nötrofil/lenfosit oranının değerliliğinin incelenmesi
Acil tip kliniğine başvuran akut koroner sendrom hastalarinda nötrofil/lenfosit oraninin değerliliğinin i̇ncelenmesi
İSTEMİ SIDDIKA OĞRAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
KardiyolojiYeditepe ÜniversitesiAcil Tıp Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİN GÖKHAN GENCER