Pankreas kanserli hastalarda OGG1 ekspresyonu ve promotör metilasyonunun sağ kalım süresi üzerine etkisi
The effect of OGG1 expression and promoter methylation on survival rate in patients with pancreatic cancer
- Tez No: 805852
- Danışmanlar: PROF. DR. YILDIZ DİNCER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 122
Özet
Amaç: Pankreas adenokarsinomu invaziv ve kemoterapiye direnç göstermesi nedeniyle oldukça ölümcül bir hastalıktır. Bu çalışmada amaç pankreas kanserli hastalarda DNA onarımında görev alan hOGG1 (8-Oksoguanin DNA glikosilaz 1) geninin ekspresyon ve promotör bölge metilasyonunun hastaların sağ kalım süresi ile ilişkisini belirleyerek, tedavi yanıtını öngörebilecek, sağ kalım süresini uzatabilecek moleküler bir belirteç ve yeni bir epigenetik tedavi hedefi tanımlamaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmada yeni pankreas adenokarsinom tanısı almış 50 hastadan alınan tümör doku örnekleri ve tümöre komşu normal doku örnekleri kullanıldı. Formalinle fikse edilmiş parafin doku kesitlerinden total DNA kit ile izole edildi. DNA örneklerinde bisülfit modifikasyonu sonrasında hOGG1 promotör metilasyonu metilasyon spesifik polimeraz zincir reaksiyonu ile belirlendi. Tümör ve normal pankreas dokularda hOGG1 ekspresyonu Streptavidin-Biotin-Peroksidaz yöntemi kullanılarak immunohistokimyasal boyama ile belirlendi. Amaç: Pankreas adenokarsinomu invaziv ve kemoterapiye direnç göstermesi nedeniyle oldukça ölümcül bir hastalıktır. Bu çalışmada amaç pankreas kanserli hastalarda DNA onarımında görev alan hOGG1 (8-Oksoguanin DNA glikosilaz 1) geninin ekspresyon ve promotör bölge metilasyonunun hastaların sağ kalım süresi ile ilişkisini belirleyerek, tedavi yanıtını öngörebilecek, sağ kalım süresini uzatabilecek moleküler bir belirteç ve yeni bir epigenetik tedavi hedefi tanımlamaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmada yeni pankreas adenokarsinom tanısı almış 50 hastadan alınan tümör doku örnekleri ve tümöre komşu normal doku örnekleri kullanıldı. Formalinle fikse edilmiş parafin doku kesitlerinden total DNA kit ile izole edildi. DNA örneklerinde bisülfit modifikasyonu sonrasında hOGG1 promotör metilasyonu metilasyon spesifik polimeraz zincir reaksiyonu ile belirlendi. Tümör ve normal pankreas dokularda hOGG1 ekspresyonu Streptavidin-Biotin-Peroksidaz yöntemi kullanılarak immunohistokimyasal boyama ile belirlendi. Bulgular: DNA onarım geni hOGG1 promotör metilasyonu pankreas tümör dokusunda normal pankreas dokusuna göre yüksek bulundu. Tümör ve normal pankreas dokusundaki hOGG1 ekspresyon IHC skoru açısından anlamlı bir fark bulunmadı. Kadın ve erkekler hOGG1 promotör metilasyonu, hOGG1 ekspresyon IHC skoru ve sağ kalım süreleri açısından karşılaştırıldığında erkeklerde tümör dokuda normal dokuya kıysla hOGG1 promotör metilasyonu yüksek bulundu. hOGG1 promotör metilasyonu, hOGG1 ekspresyon IHC skoru ve sağ kalım süreleri arasında bir ilişki bulunmadı. hOGG1 promotör metilasyon düzeyinin pankreas kanseri tanı ve takibinde klinik yararlılığını belirlemek için yapılan ROC (Receiver operating characteristic) analizinde, eğrinin altında kalan alan 0,63 olarak bulundu (%95 güven aralığında), kesim değeri 2,39 olarak belirlendi. Bu kesim değeri kullanılarak hOGG1 promotör metilasyonu için %60 duyarlılık, %60,4 özgüllük, %61,2 pozitif prediktif değer, %59,1 negatif prediktif değer ve %71,5 doğruluk elde edildi. Sonuç: Pankreas adenokarsinomlu hastaların tümör dokusunda hOGG1 metilasyonu artmıştır. Ancak bu hastalarda artan hOGG1 metilasyonunun hOGG1 ekspresyon IHC skoru ve sağ kalım süreleri ile ilişkisi bulunmamaktadır. hOGG1 hipermetilasyonunun hastalığın erken tanısında belirteç adayı olabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Objective: Pancreatic adenocarcinoma is a deadly disease due to its invasiveness and resistance to chemotherapy. The aim of this study is to define a molecular marker and a new epigenetic treatment target that can predict treatment response and prolong survival by determining the relationship between the expression and promoter region methylation of the hOGG1 gene, which is involved in DNA repair, in patients with pancreatic cancer. Materials and Methods: In the study, tumor tissue samples from 50 patients with pancreatic adenocarcinoma and normal tissue samples adjacent to the tumor were used. Total DNA was isolated from formalin-fixed paraffin tissue sections with the isolation kit. hOGG1 promoter methylation was determined by methylation specific polymerase chain reaction (MSP) after bisulfite modification was performed in DNA samples. hOGG1 expression in tumor and normal pancreatic tissues was determined by immunohistochemical staining using the Streptavidin-Biotin-Peroxidase method. Objective: Pancreatic adenocarcinoma is a deadly disease due to its invasiveness and resistance to chemotherapy. The aim of this study is to define a molecular marker and a new epigenetic treatment target that can predict treatment response and prolong survival by determining the relationship between the expression and promoter region methylation of the hOGG1 gene, which is involved in DNA repair, in patients with pancreatic cancer. Materials and Methods: In the study, tumor tissue samples from 50 patients with pancreatic adenocarcinoma and normal tissue samples adjacent to the tumor were used. Total DNA was isolated from formalin-fixed paraffin tissue sections with the isolation kit. hOGG1 promoter methylation was determined by methylation specific polymerase chain reaction (MSP) after bisulfite modification was performed in DNA samples. hOGG1 expression in tumor and normal pancreatic tissues was determined by immunohistochemical staining using the Streptavidin-Biotin-Peroxidase method. Results: DNA repair gene hOGG1 promoter methylation was found to be higher in pancreatic tumor tissue compared to normal pancreatic tissue. No significant difference was found in terms of hOGG1 immunopositivity in tumor and normal pancreatic tissue. When women and men were compared in terms of OGG1 promoter % methylation, hOGG1 immunopositivity, and survival times, hOGG1 promoter methylation was found to be higher in tumor tissue compared to normal tissue in men. No correlation was found between hOGG1 promoter methylation, hOGG1 immunopositivity and survival times. In the ROC (Receiver operating characteristic) analysis performed to determine the clinical usefulness of hOGG1 promoter methylation level in the diagnosis and follow-up of pancreatic cancer, the area under the curve was found to be 0.63 (95% confidence interval), the cut-off value was determined as 2.39. Using this cut-off value, 60% sensitivity, 60.4% specificity, 61.2% positive predictive value, 59.1% negative predictive value and 71.5% accuracy were obtained for hOGG1 promoter methylation. Conclusion: hOGG1 methylation is increased in tumor tissue of patients with pancreatic adenocarcinoma. However, increased hOGG1 methylation in these patients is not associated with hOGG1 immunopositivity and survival. hOGG1 hypermethylation is thought to be a marker candidate for early diagnosis of the disease.
Benzer Tezler
- Pankreas kanserli hastalarda hematolojik parametrelerin (mean platelet volume, nötrofil/lenfosit oranı, trombosit/lenfosit oranı , eozinofil ve lenfosit sayısı) prognoz - tedavi takibinde kullanılabilirliklerinin araştırılması
In pancreatic cancer patients prognosis and therapy follow-up to investigate the usability of the haematological parameters (mean platelet volume , neutrophil/lymphocyte ratio , platelet/lymphocyte ratio , eosinophil and lymphocyte count)
FATİH ÇÖLKESEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
GastroenterolojiSelçuk Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HÜSEYİN KORKMAZ
- Pankreas kanserli hastalarda lipit peroksidasyonu ve bazı antioksidant enzim aktivitelerinin incelenmesi
Some lipid peroxidation and antioxidative enzyme in patients with pancreatic cancer investigation activities
MAHMUT DOKCU
- Pankreas kanserli hastalarda klasik 4 alan kutu tekniği, 3 boyutlu konformal radyoterapi tekniği ve yoğunluk ayarlı radyoterapi tekniğinin dozimetrik olarak karşılaştırılması
Dosimetric comparision of classical 4 field box technique, 3 dimensional conformal radiotherapy technique and intensity modulated radiation therapy technique in pancreatic cancer patients
FİKRİ KURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Fizik ve Fizik MühendisliğiUludağ ÜniversitesiRadyasyon Onkolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MERAL KURT
- Pankreas kanserli hastalarda kaspaz 10 geninin analizi ve cDNA seviyesinde gen ifade düzeyinin incelenmesi
Caspace 10 gene analysis and gen expression level assessed by caspace 10 cDNA level in pancreatic cancer patients
ESMA ÖZKARA
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Tıbbi BiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ARSLAN
- Pankreas kanserli hastalarda tanı anında pan-immün inflamasyon değerinin prognostik önemi
Prognostic significance of pan-immune inflammation value at the time of diagnosis in patients with pancreatic cancer
YUNUS YILMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
OnkolojiSağlık Bilimleri Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CENGİZ KARAÇİN