Geri Dön

Moleküler mikrobiyolojik tanı testlerinde kullanım için kağıt bazlı hızlı nükleik asit izolasyon yönteminin geliştirilmesi ve validasyonu

Development and validation of paper based rapid nucleic acidisolation method for use in molecular microbiologicaldiagnostic tests

PDF İndir

  1. Tez No: 807934
  2. Yazar: ESRANUR TÜRK
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MERT AHMET KUŞKUCU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Moleküler Tıp, Microbiology, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 48

Özet

Nükleik asit izolasyonu ve amplifikasyonu; günümüzde bilim, sağlık, endüstri ve daha birçok alanda yaygın olarak kullanılmaktadır. Sağlık alanında nükleik asit izolasyonu ve amplifikasyonu tanı için oldukça önemlidir. Tanıda kullanılan moleküler tabanlı yöntemler için ilk basamak nükleik asidin saflaştırılmasıdır. Bu basamak kapsamlı ekipman, donanımlı laboratuvar ve deneyimli eleman gerektirmektedir. Bu durum özellikle Hasta Başı Testlerin (HBT) uygulanmasını sınırlamaktadır. Bu nedenle nükleik asit izolasyonunu hızlı, basit, ekipmansız ve düşük maliyetli gerçekleştirmek önem kazanmıştır. Bu Yüksek Lisans çalışmasında, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa suşlarından ve hastalardan SARS-CoV-2 testi için alınan sürüntü örnekleri kullanılmıştır. Örneklerin nükleik asit izolasyonu için özel liziz solüsyonu, yıkama solüsyonu ve parafin mum kaplı Whatman® No. 1 filtre kağıdı kullanılmıştır. İzole edilen nükleik asitlerin hedef bölgeleri Gerçek-Zamanlı Polimereaz Zincir Reaksiyonu (Real-Time PCR) ile çoğaltılmıştır. Real-Time PCR sonucunda Eşik Değer Döngüsü (CT) değerleri incelenmiştir. Stabiliteyi görmek için çalışmalar farklı günlerde birden fazla kez denenmiştir. SARS-CoV-2 hasta sürüntü örneklerinde sonuçlar GenMark geneMAPTM 2019-nCov kiti ile benzer sonuçlar vermiştir. Mikropipet kullanılan ile mum kaplanmış kağıt çubuk kullanılan çalışmada CT değerleri neredeyse aynıdır. Virüsler için kağıt bazlı nükleik asit izolasyon yöntemi daha valide görülmüştür. Bakteriler için yapılan kağıt bazlı nükleik asit izolasyon yöntemi tam valide görülmese de anlamlı sonuçlar elde edilmiştir. Bakteriler için en iyi CT değerleri Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae'de görülmüştür. Bu çalışmada kağıt bazlı hızlı nükleik asit izolasyon yönteminin validasyonu ve geliştirilmesi için çalışmalar yapılmış ve anlamlı sonuçlar elde edilmiştir. Fakat Hasta Başı Testler gibi hızlı sonuç gerektiren noktalarda ve rutin laboratuvarda kullanılması için daha çok çalışmaya gerek duyulmaktadır. Kağıt bazlı hızlı nükleik asit izolasyon yöntemi gelecek için umut vadedicidir.

Özet (Çeviri)

Nucleic acid isolation and amplification is widely used in science, health, industry and many other fields. In the healthcare field, nucleic acid isolation and amplification are very important for diagnosis. The first step for molecular based methods used in diagnosis is the purification of nucleic acid. This step requires extensive equipment, well equipment laboratory and experienced staff. This situation especially limits the application of Point-of-Care tests (PoC). Therefore, it has bacome important to perform nucleic acid isolation quicly, simply, without equipment and at low cost. In this master's study, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa strains and swab samples taken from patients for SARS-CoV-2 test were used. Special lysis solution, washing solution and paraffin wax coated Whatman® No. 1 filter paper were used for nucleic acid isolation. The target regions of the isolated nucleic acids were amplified by Real-Time Polymerease Chain Reaction (Real-Time PCR). Threshold Value Cycle (CT) values were analysed as a result of Real-Time PCR. Studies were run multiple times on different days to see the stability. In SARS-CoV-2 patient swab samples, the results were similar to the GenMark geneMAPTM 2019-nCov kit. CT values were almost identical for the micropipette and wax-coated paper swab. For viruses, the paper-based nucleic acid isolation method was more validated. Although the paper-based nucleic acid isolation method for bacteria was not fully validated, significant results were obtained. The best CT values for bacteria were observed in Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae. In this study, studies were carried out for the validation and development of a paper-based rapid nucleic acid isolation method and significant results were obtained. However, more studies are needed for its use in routine laboratory and at points requiring rapid results such as Point-of-Care. Paper-based rapid nucleic acid isolation method is promising for the future.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    464743

    Hastane ve toplum kökenli c. difficile izolatlarının moleküler analizi

    Molecular analysis of clostridium difficile isolates from outpatients and hospitalized patients

    ÖZLEM YOLDAŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    MikrobiyolojiAfyon Kocatepe Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ

  2. Tez No

    842953

    SARS COV-2 / influenza A & B / RSV multipleks PCR tarama yaklaşımının, pediatrik hasta grubunda tanıya ve hasta yönetimine etkisinin değerlendirilmesi

    Impact of SARS CoV-2 / influenza A & B / RSV multiplex PCR screening on diagnosis and management of pediatric patients

    SULTAN GÜLBAHÇE ORHAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE ESRA KARAKOÇ

  3. Tez No

    909945

    Multiple detection of SARS-CoV-2 in point -of -care tests

    Hasta başı testlerinde çoklu SARS-CoV-2 tespiti

    ELİF GÜNDÜZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Biyoteknolojiİnönü Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ DİLEK ÇAM DERİN

  4. Tez No

    157900

    Cerrahpaşa Tıp Fakültesinde izlenen kandidemi olgularının epidemiyolojik klinik, mikrobiyolojik yönleriyle incelenmesi

    Epidemiological, microbiological, clinical examination of the candidemia cases in Cerrahpaşa medical faculty

    AYGÜL DOĞAN ÇELİK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RECEP ÖZTÜRK

  5. Tez No

    641609

    Alt solunum yolu enfeksiyonu tanılı hastaların klinik ve laboratuvar bulguları ile prognoz öngörülebilir mi?

    Can prognosis be predicted with clinical and laboratory findings in patients with lower respiratory infection?

    DENİZ GÜNEŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEge Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ESEN DEMİR

Geri Dön