Geri Dön

Investigation of oxa enzyme inhibitors using computational tools

Oxa enzim inhibitörlerinin hesaplamalı araçlar kullanılarak incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 822866
  2. Yazar: ILGAZ TAŞTEKİL
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. PEMRA ÖZBEK SARICA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 108

Özet

Son yıllarda farklı bakteri türlerinin geliştirdiği antibiyotik dirençlerine bağlı olarak artan hastane enfeksiyonu vakaları endişe vericidir. Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter. baumannii, K. pneumoniae ve Enterobacteriaceae türleri, hayati hücresel fonksiyonları için metabolizmalarında sentezledikleri farklı β-laktamaz sınıfları aracılığıyla gerek geleneksel gerekse yeni nesil β-laktamlara karşı direnç mekanizmaları geliştirmektedir. Bunlar arasında CDBL, diğer tüm sınıflar içinde endişe verici olanlardır. Bugüne kadar amino asit dizilimleri farklı olsa da benzer 3D yapılara sahip 950'den fazla CDBL yapısı tanımlanmıştır. Yapısal benzerliklerinin aksine, CDBL'ler hem kendi içlerinde hem de A sınıfı β-laktamazlarla karşılaştırıldıklarında antibiyotiklere karşı farklı hidrolitik aktivitelere ve etkinliklere sahiptir. CDBL'ler arasında OXA10, OXA23 ve OXA48, 3D yapıları, fonksiyonel mekanizmaları ve substrat profilleri gibi hem benzer hem de farklı özellikler içermektedir. Bu çalışmada, üç farklı OXA enzim türüne karşı FDA onaylı doğal inhibitörlerin sanal kütüphane taraması yoluyla keşfedilmesi önerilmiştir. OXA10, OXA23 ve OXA48'in ilaç bağlanma mekanizmalarının araştırılması için moleküler yerleştirme ve MD simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Seftriakson, kromolin, irinotekan ve PGA'nın her bir enzim için etkili inhibitörler olduğu bulunmuştur.

Özet (Çeviri)

Increasing amount of nosocomial infectious cases due to the antibiotic resistances developed by different bacterial species is alarming in recent years. Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter. baumannii, Klebsiella. pneumoniae and Enterobacteriaceae species account for the development of resistive mechanisms against either conventional or new generation β-lactams through different classes of β-lactamases they synthesize in their metabolism for vital cellular functions. Among them, CDBL are alarming ones within all other classes. More than 950 CDBL structures have been identified up to date having similar 3D structures albeit varying amino acid sequences. In contrast to their structural similarities, CDBL different hydrolytic activities and efficiencies against antibiotics when compared either within themselves or with class A β-lactamases. Among CDBL, OXA10, OXA23 and OXA48 consist of both similar and varying properties such as their 3D structures, functional mechanisms, and substrate profiles. In this study, FDA approved natural inhibitors against the three different types of OXA enzymes were aimed to be discovered through virtual library screening. Molecular docking and MD simulations were performed for the investigation of drug binding mechanisms of OXA10, OXA23 and OXA48. Ceftriaxone, cromolyn, irinotecan and PGA were found to be effective inhibitors for each enzyme.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    846482

    Klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae suşlarında antibiyotik kombinasyonlarının İn Vitro etkinliğinin araştırılması

    Investigation of the In Vitro effectiveness of antibiotic combinations on carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae strains isolated from clinical samples

    BÜŞRA GÜNEYSU YARAR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Mikrobiyolojiİstanbul Medeniyet Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. MÜCAHİDE ESRA KOÇOĞLU

  2. Tez No

    419994

    Klinik örneklerden izole edilen çoklu ilaç dirençli acinetobacter baumannii kökenlerinde karbapenem direnç mekanizmalarının araştırılması

    Investigation of carbapenem resistance mechanisms in multi drug resistant clinical isolates of acinetobacter baumannii

    DENİZ GÜNEŞER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıMarmara Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MÜNEVVER UFUK HASDEMİR

  3. Tez No

    734395

    Karbapeneme fenotipik olarak dirençli saptanan Klebsiella spp. suşlarında Multipleks PCR ile karbapenem direnç genlerinin araştırılması

    Investigation of carbapenem resistance genes by Multiplex PCR in phenotypically determined carbapenem-resistant Klebsiella spp. strains

    HATİCE KÜBRA DEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. YAŞAR NAKİPOĞLU

  4. Tez No

    361336

    Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastahanesi' nde kan kültürlerinde üremiş acinetobacter baumannii suşlarında OXA-58 tipi karbapenemaz üretiminin ve moleküler epidemiyolojisinin araştırılması

    Investigation of presence and molecular epidemiology of OXA-58 type carbapenemase in Acinetobacter baumannii isolated from blood culteres in Dokuz Eylul University Hospital

    AYŞE NUR SARI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    MikrobiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Temel Tıp Bilimleri Bölümü

    PROF. DR. ZEYNEP GÜLAY

  5. Tez No

    343950

    Acınetobacter baumannıı izolatlarının moleküler tiplendirilmesi

    Molecular typing of acinetobacter baumannii isolates

    RABİA ÇALI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyolojiKırıkkale Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. AYTEN ÇELEBİ KESKİN

Geri Dön