Utilization of whole and clinical exome sequencing data in a Turkish cohort of cerebral palsy patients to identify novel candidate genes and variants and increase diagnosis
Türk serebral palsi kohortunda yeni gen ve varyant adaylarını belirlemek ve teşhisi arttırmak için tüm ve klinik ekzom dizileme verilerinin kullanımı
- Tez No: 824868
- Danışmanlar: PROF. DR. UĞUR ÖZBEK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Çalışmaları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 84
Özet
Serebral Palsi (SP) dünya çapında yaklaşık 500 çocuktan 1'inde gözlenen, genellikle ilerleyici olmayan ve motor işlevleri ve duruş gelişimini etkileyen nörogelişimsel bir hastalıktır. SP için prematürite gibi prenatal ve perinatal çevresel risk etkenleri tanımlanmıştır. Bunun dışında, SP olgularının önemli bir kısmında çevresel etkenler saptanmamakta ve ilişkili bir konjenital anomali gözlenmekte veya genetik değişikliklerin varlığı öngörülmektedir. Klinik ekzom dizilemenin kohort tabanlı olması, de novo mutasyonlar da dahil olmak üzere nadir mutasyonları saptamak için etkili bir yöntemdir. Özellikle fenotipik çeşitliliği yüksek olan hastalık gruplarının genetik etiyolojisinin aydınlatılması için dizileme teknolojilerine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışma, önceden analizi yapılmış tanısız SP'li hastalarda ekzom verilerini kullanılarak tanı verimini artırmayı amaçlamaktadır. Çeşitli sağlık merkezlerinde kayıtlı tanısız hastalardan SP kliniğine benzer özellikler gösteren 58 hasta yeniden analiz için seçilip, hastalara ait klinik ve tüm ekzom verileri Acıbadem Biyobanka'ya entegre edildi. Veriler yeniden işlendi ve annotasyonu yapılıp belirli kriterlere göre varyant önceliklendirme yapıldı. Yeniden analiz sonucunda %27,5'i idiyopatik olarak sınıflandırılırken, reanaliz sonucu tanısız olguların %56'sında prematüre doğum ve polihidramnios gibi SP ile ilişkili risk faktörleri saptandı. Hastaların %38'i SCN2A, WWOX, CTNNB1 ve EMD genlerinde patojenik ve muhtemel patojenik varyantlara sahipti. Bir hastanın iki gende (ASXL1 ve SETBP1) patojenik varyant taşıdığı gözlenerek multimendelyen olarak değerlendirildi. SP kohortlarındaki genetik heterojenite varlığını destekler biçimde, SP benzeri semptomları olan hastaların seçilmiş olmasına rağmen birçok farklı genetik tanı saptandı ve çevresel risk faktörleri yanısıra Mendelyen varyantların da hastalık etıyolojisine önemli katkıları olduğu gösterildi.
Özet (Çeviri)
Cerebral palsy (CP) is a neurodevelopmental disorder that is observed in approximately 1 in 500 children worldwide and is non-progressive and affects motor functions and posture development. Prenatal and perinatal environmental risk factors have been defined but, environmental factors are not detected in a significant part of CP cases and a related congenital anomaly is observed or the presence of genetic changes is predicted. Cohort-based clinical exome sequencing is an effective method for detecting rare mutations, including de novo mutations. Especially, sequencing technologies are needed to elucidate the genetic etiology of diseases with high phenotypic diversity. This study aims to increase the diagnostic yield using exome data in undiagnosed CP patients. Among the undiagnosed patients registered in various health centers, 58 patients with CP-like characteristics were selected for reanalysis, and the clinical and whole exome data of the patients were integrated into Acıbadem Biobank. The data were reprocessed and annotated, and variant prioritization was performed with certain criteria. Result of the reanalysis, 27.5% of patients were classified as idiopathic, while CP-related risk factors were found in 56% of undiagnosed cases. 38% of patients had pathogenic and likely pathogenic variants in known genes like the SCN2A, WWOX, CTNNB1, and EMD genes. Supporting the presence of genetic heterogeneity in CP cohorts, although patients with CP-like symptoms were recruited, different genetic diagnoses were identified and Mendelian variants were shown to contribute significantly to the etiology of CP, as well as environmental risk factors.
Benzer Tezler
- Seropozitif ve seronegatif kişilerde hepatit B virus DNA'sının polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırılması
The Investigation of Hepatitis B Virus in seropositive and seronegative patients with polymerase chain reaction
AYŞEN BAYRAM
Doktora
Türkçe
2000
MikrobiyolojiGaziantep ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İCLAL BALCI
- A novel approach in 3D reconstruction of coronary artery tree from 2D X-ray angiograms
2-D X-ray anjiyogramlardan koroner arter ağacının 3-D yeniden yapılandırmasında yeni bir yaklaşım
İBRAHİM ATLI
Doktora
İngilizce
2020
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ OSMAN SERDAR GEDİK
- Fetal kromozom anomalilerinin tanısında multiplex ligation-dependent probe amplification tekniğinin etkinliğinin araştırılması
The efficiancy of multiplex ligation-dependent probe amplification technique in the diagnosis of fetal chromosomal anomalies
GÜVEN TOKSOY
- Solunum kapılamalı florodeoksiglikoz-pozitron emisyon tomografisi-bilgisayarlı tomografi görüntülerinin akciğer lezyonlarında büyüklük, konum ve sınır belirlemedeki öneminin araştırılması
Investigation about the importance of respiratory gated fluorodeoxyglucose-positron emission tomography-computerized tomography images in the identification of lung lesions? size, location and boundary
ÖZGÜN ARMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Nükleer MühendislikÇukurova ÜniversitesiMedikal Fizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL GÜNAY
- P-VOCAD: A portable instrument for the diagnosis and follow up of vocal abuse disorders
P-VOCAD: Ses yanlış ve bozuk kullanımını tanısı ve takibi için taşınabilir bir cihaz
HİSHAM ALSHAER
Yüksek Lisans
İngilizce
2003
Tıbbi BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZCAN GÜLÇÜR