Geri Dön

Farklı seviyelerde ampisilin dirençli Escherichia coli suşlarının direnç mekanizmalarının genomik ve transkriptomik analizi

Genomic and transcriptomic analysis of resistance mechanisms of Escherichia coli strains with different levels of ampicillin resistance

  1. Tez No: 843586
  2. Yazar: OSMAN TÜRKYILMAZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. CİHAN DARCAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Genetics, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 194

Özet

Antibiyotik direnci, enfeksiyon hastalıkları ile mücadelede önemli bir sorundur. Mikroorganizmaların direnç seviyesindeki farklılıklar, antibiyotik direnç mekanizmalarının anlaşılmasında zorluklara neden olmaktadır. Bu nedenle antibiyotik direnç seviyesindeki farklılıkların altında yatan moleküler nedenlerin aydınlatılması gerekmektedir. Bunu yapmak için, ampisilin antibiyotiğine adaptif direnç kazandırılmış farklı direnç seviyelerine sahip üç Escherichia coli suşunda genomik ve transkriptomik analizler gerçekleştirilmiştir. Farklı seviyede direnç gösteren suşların tüm genom dizilemesi sonucunda, 10 kat dirençli suşlarda 5 mutasyon tespit edilirken 95 kat dirence sahip suşta bunlara ek olarak 2 mutasyon daha tespit edilmiştir. Toplamda yedi mutasyondan 3 tanesi sadece tek baz değişimi şeklinde ortaya çıkmışken diğer 4 tanesi insersiyon yada delesyon olarak ortaya çıkmıştır. 10 katlık direnç seviyesine ulaşılmasında ftsI, marAR ve rpoC genlerinde bulunan mutasyonların etkisi ile ulaşıldığı düşünülürken, 95 katlık direnç seviyesine tespit edilen 5 mutasyon ile ampC mutasyonunun sinerjistik etkisi ile ulaşıldığı tespit edilmiştir. Bunun yanı sıra genel transkriptomik profiller incelendiğinde benzer transkriptomik yanıtların indüklendiği gözlendi. Bu çalışma farklı direnç seviyelerine sahip bakterilerdeki direnç mekanizmalarına bakış açımızı geliştirecek ve ampisilin dirençli E. coli suşlarında antibiyotik direncinin moleküler mekanizmasını anlamamız için temel oluşturacaktır.

Özet (Çeviri)

Antibiotic resistance is a major challenge in the fight against infectious diseases. Differences in the resistance levels of microorganisms cause great difficulties in understanding the mechanisms of antibiotic resistance. The molecular reasons for the differences in antibiotic resistance must therefore be clarified. For this purpose, genomic and transcriptomic analyzes were performed on three Escherichia coli strains with varying degrees of adaptive resistance to ampicillin. Whole genome sequencing of strains with different levels of resistance detected 5 mutations in strains with 10-fold resistance and 2 additional mutations in strains with 95-fold resistance. Overall, 3 of the seven mutations occurred as a single base change, while the other 4 occurred as insertions or deletions. While it was thought that 10-fold resistance was achieved by the effect of mutations in the ftsI, marAR, and rpoC genes, it was found that 95-fold resistance was achieved by the synergistic effect of 5 mutations and the ampC mutation. In addition, when the general transcriptomic profiles were examined, it was found that similar transcriptomic responses were elicited in strains with different levels of resistance. This study will improve our view of resistance mechanisms in bacteria with different levels of resistance and provide the basis for our understanding of the molecular mechanism of antibiotic resistance in ampicillin-resistant E. coli strains.

Benzer Tezler

  1. Multiple antibiotic resistance of surface mucus dwelling bacterial populations in freshwater fish

    Tatlı su balıklarının yüzey mukusunda yaşayan bakteri populasyonlarının çoklu antibiyotik dirençleri

    TUĞBA ÖZAKTAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. AYŞE GÜL GÖZEN

  2. Geniş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üreten Klebsiella pneumoniae izolatlarında atım pompalarının direnç gelişimi üzerine etkisinin belirlenmesi

    Determination of effects of efflux pumps on resistance in extended spectrum beta lactamase (ESBL) producing Klebsiella pneumoniae

    İBRAHİM TÜRKEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıAmasya Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TUBA YILDIRIM

  3. Microbial and antimicrobial study of bloodstream infection of recovered COVID-19 patients

    İyileşmiş COVID-19 hastalarının kan dolaşımı enfeksiyonunun mikrobiyal ve antimikrobiyal çalışması

    OMAR HUSSEIN ALI ALI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    MikrobiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ RAMAZAN SERDAR ESMER

    PROF. DR. HADEEL MİZHER YOUNIS

  4. Doğal antimikrobiyal kombinasyonların diş çürüklerinde aktif rol oynayan Streptococ türlerine karşı antimikobiyal etkisi

    Antimicrobial effect of natural antimicrobial combinations againststreptococ species that play an active role in dental cars

    BİLGEHAN ADIGÜZEL ŞİMŞEK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Beslenme ve DiyetetikFırat Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEMRA TÜRKOĞLU

    DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR ERECEVİT SÖNMEZ

  5. Batı Anadolu'da yayılış gösteren endemik Centaurea nivea ve Centaurea wiedemanniana türleri üzerine morfolojik, anatomik ve ekolojik araştırmalar

    Morphological, anatomical and ecological investigations on endemic Centaurea nivea and Centaurea wiedemanniana species distributed in West Anatolia

    BURCU ÖZAYDIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    BiyolojiAnadolu Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. EMEL SÖZEN