A new DNA extraction protocol for formalin-fixed paraffin embedded tissue of uterus cancer
Formalinle sabitlenmiş parafine gömülü rahim kanseri dokusundan yeni bir DNA ekstraksiyon protokolü
- Tez No: 846643
- Danışmanlar: PROF. DR. YUSUF KURT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Harran Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Formalinle sabitlenmiş parafine gömülmüş (FFPE) doku, moleküler analiz için önemli bir malzeme kaynağıdır. Anatomik patoloji alanında, tanıyı doğrulamak için endometrial tümörler gibi belirli tümörlerde moleküler testlere ihtiyaç vardır. FFPE dokularından DNA elde etmek halen zor bir islemdir. Moleküler analiz için uygun kalite ve miktarda DNA elde etmek için birçok laboratuvar protokolü ve ticari olarak temin edilebilen ekstraksiyon kitleri geliştirilmiştir. Bu çalışmada, Harran Üniversitesi Araştırma Hastanesi Patoloji Anabilim Dalı'ndan izin alınarak elde edilen 30 FFPE uterus tümörlü doku bloğu kullanılrak yeni bir DNA ekstraksiyon yöntemi geliştirmeyi amaçladık. Her bloğun üç kopyasından ekstrakte edilen DNA'nın miktarı ve kalitesi spektrofotometre ile ölçüldü. DNA kalitesi ortalama 1.7-2.0 (A260/A280) arasında bulundu ve A260/A230'un ortalama absorbans oranı 1.39 bulundu. Ortalama DNA verimi, mikrolitre başına 40.4 nano gram olarak gözlendi. FFPE dokularından ekstrakte edilen DNA'nın kalite ve miktar sonuçları moleküler analiz için yeterliydi. Yeni DNA ekstraksiyon protokolünün az miktarda FFPE dokusu (numune başına 30 mikrogram), yaygın kimyasallar ve çözeltilerle altı kolay adım (Proteinaz K ve RNaz A gibi pahalı kimyasallar olmadan), gibi birçok avantajı vardır. Ayrıca, örneklerden üç saatten az bir sürede) ve uygun maliyetle (numune başına 1 ABD dolarından az) DNA elde edilmektedir. Yeni DNA ekstraksiyon protokolü, DNA tabanlı teknolojiler üzerinde çalışan her laboratuvara uyarlanabilir.
Özet (Çeviri)
Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue is one of the best ways to store a material for further molecular analysis. Further molecular analyses are needed to confirm the diagnosis in such tumors like endometrial tumors. That's why, molecular analyses are important in the anatomical pathology. Extracting DNA from FFPE material is the first step leading to molecular analyses. On the other it is still challenging. Different protocols have been developed to solve this problem. Even some commercial isolation kits are available which are specialized for FFPE tissues. All of the methods aiming to develop efficient and high quality DNA for further analyses. In this study, we aimed to develop a new DNA extraction method from 30 FFPE of uterus tumor tissue blocks which were obtained with permission of Harran University Research Hospital, Department of Pathology. The quantity and quality of the extracted DNA from three replicates of each block were measured by spectrophotometer. The average quality of DNA was found between 1.7-2.0 (A260/A280) and the average absorbance ratio of A260/A230 was 1.39. The average DNA yield was 40.4 nano gram per microliter. The quality and quantity results of extracted DNA from FFPE tissues were enough for molecular analysis. The new DNA extraction protocol has many advantages such as small amount of FFPE tissues (30 micro grams per sample), six easy steps with common chemicals and solutions (without expensive chemicals such as Proteinase K and RNase A), time efficiency (extraction of 30 samples less than three hours) and cost-effective (less than 1 US dollar per sample). The new DNA extraction protocol can be adapted to every laboratory which works on DNA based technologies.
Benzer Tezler
- Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi
Başlık çevirisi yok
MERİH BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM
- Çimentonun sertleşmesi üzerinde kimyasal komponentlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
NACİYE TÜRKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- Bazı esterlerin kinetik incelenmesi ve termodinamik parametrelerin belirlenmesi
Kinetic study and detesmination of thermodnamic parameters of some esters
İBRAHİM TAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
- Atherosklerotik kalp hastalıklarında risk faktörleri
Risk factors in the coronary artery disease
MURAT SUHER