Geri Dön

A new DNA extraction protocol for formalin-fixed paraffin embedded tissue of uterus cancer

Formalinle sabitlenmiş parafine gömülü rahim kanseri dokusundan yeni bir DNA ekstraksiyon protokolü

PDF İndir

  1. Tez No: 846643
  2. Yazar: RAGAZ AZAD HAMAD HAMAD
  3. Danışmanlar: PROF. DR. YUSUF KURT
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Harran Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 67

Özet

Formalinle sabitlenmiş parafine gömülmüş (FFPE) doku, moleküler analiz için önemli bir malzeme kaynağıdır. Anatomik patoloji alanında, tanıyı doğrulamak için endometrial tümörler gibi belirli tümörlerde moleküler testlere ihtiyaç vardır. FFPE dokularından DNA elde etmek halen zor bir islemdir. Moleküler analiz için uygun kalite ve miktarda DNA elde etmek için birçok laboratuvar protokolü ve ticari olarak temin edilebilen ekstraksiyon kitleri geliştirilmiştir. Bu çalışmada, Harran Üniversitesi Araştırma Hastanesi Patoloji Anabilim Dalı'ndan izin alınarak elde edilen 30 FFPE uterus tümörlü doku bloğu kullanılrak yeni bir DNA ekstraksiyon yöntemi geliştirmeyi amaçladık. Her bloğun üç kopyasından ekstrakte edilen DNA'nın miktarı ve kalitesi spektrofotometre ile ölçüldü. DNA kalitesi ortalama 1.7-2.0 (A260/A280) arasında bulundu ve A260/A230'un ortalama absorbans oranı 1.39 bulundu. Ortalama DNA verimi, mikrolitre başına 40.4 nano gram olarak gözlendi. FFPE dokularından ekstrakte edilen DNA'nın kalite ve miktar sonuçları moleküler analiz için yeterliydi. Yeni DNA ekstraksiyon protokolünün az miktarda FFPE dokusu (numune başına 30 mikrogram), yaygın kimyasallar ve çözeltilerle altı kolay adım (Proteinaz K ve RNaz A gibi pahalı kimyasallar olmadan), gibi birçok avantajı vardır. Ayrıca, örneklerden üç saatten az bir sürede) ve uygun maliyetle (numune başına 1 ABD dolarından az) DNA elde edilmektedir. Yeni DNA ekstraksiyon protokolü, DNA tabanlı teknolojiler üzerinde çalışan her laboratuvara uyarlanabilir.

Özet (Çeviri)

Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue is one of the best ways to store a material for further molecular analysis. Further molecular analyses are needed to confirm the diagnosis in such tumors like endometrial tumors. That's why, molecular analyses are important in the anatomical pathology. Extracting DNA from FFPE material is the first step leading to molecular analyses. On the other it is still challenging. Different protocols have been developed to solve this problem. Even some commercial isolation kits are available which are specialized for FFPE tissues. All of the methods aiming to develop efficient and high quality DNA for further analyses. In this study, we aimed to develop a new DNA extraction method from 30 FFPE of uterus tumor tissue blocks which were obtained with permission of Harran University Research Hospital, Department of Pathology. The quantity and quality of the extracted DNA from three replicates of each block were measured by spectrophotometer. The average quality of DNA was found between 1.7-2.0 (A260/A280) and the average absorbance ratio of A260/A230 was 1.39. The average DNA yield was 40.4 nano gram per microliter. The quality and quantity results of extracted DNA from FFPE tissues were enough for molecular analysis. The new DNA extraction protocol has many advantages such as small amount of FFPE tissues (30 micro grams per sample), six easy steps with common chemicals and solutions (without expensive chemicals such as Proteinase K and RNase A), time efficiency (extraction of 30 samples less than three hours) and cost-effective (less than 1 US dollar per sample). The new DNA extraction protocol can be adapted to every laboratory which works on DNA based technologies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    297490

    Formalin ve ksilol yerine kullanılan solüsyonların doku takibine etkisi

    The effect of the alternatıve solutıons whıch are produced to be used ın place of formalın and xylene on tıssue processıng

    ILGIN KARAMAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    PatolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KUTSAL YÖRÜKOĞLU

  2. Tez No

    421297

    Silika ve polimer bazlı mikrokürelerin dna izolasyon özelliklerinin belirlenmesi

    Determination of dna isolation properties of silica and polymer based microspheres

    GÜLÇİN GÜNAL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyomühendislikHacettepe Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜLEYMAN ALİ TUNCEL

  3. Tez No

    335915

    Development of fast and economic QPCR-based method for meat species detection

    Hızlı ve ekonomik et tür tayini için QPCR tabanlı bir yöntem geliştirilmesi

    EDA ÇİFTÇİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Bölümü

    DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

    DR. MUSTAFA KOLUKIRIK

  4. Tez No

    245351

    İran'ın tuzlu göllerinden izole edilen Dunaliella türlerinden ß- karoten üretim koşullarının optimizasyonu

    Optimization of the cultural parameters for ß- carotene production by Dunaliella isolates from saline lakes of Iran

    FARAZ ARASH RAD

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİLÜFER AKSÖZ

  5. Tez No

    403438

    Synthesis and surface modification of graphite oxide-cellulose composites for solid phase DNA extraction applications

    Başlık çevirisi yok

    GARBİS ATAM AKÇEOĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Mühendislik BilimleriNagoya University

    Prof. NAGAHIRO SAITO

Geri Dön