Development of a DNA isolation protocol for breast cancer sample of formalin-fixed paraffin embedded tissues
Formalinle sabitlenmiş ve parafine gömülmüş meme kanseri doku örnekleri için yeni bir DNA izolasyon protokolu gelistirme
- Tez No: 846645
- Danışmanlar: PROF. DR. YUSUF KURT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Harran Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kütüphanelerde uzun süre saklanan formalinle sabitlenmiş ve parafine gömülmüş (FFPE) dokulardan nükleik asitlerin ekstraksiyonu ve kullanımı için teknikler geliştirilmiştir. Bununla birlikte, FFPE dokularından ekstrakte edilen DNA genellikle hasar görür ve uzun süreli depolama, DNA kalitesini etkileyebilir. Bu nedenle uzun süreli depolamanın FFPE dokuları üzerindeki etkisinin aydınlatılması ve bunlardan kaliteli ve yeterli DNA elde etmek için kullanılan tekniklerin geliştirilmesi önemlidir. Bu projede meme kanseri dokularının FFPE bloklarından DNA izolasyon protokolü oluşturmayı amaçladık. Farklı meme kanseri türlerinden toplam 30 FFPE meme kanseri doku bloğu üç tekrarlı olarak analiz edildi. Bloklar, incelemeden önce Harran Üniversitesi Hastanesi'nde cerrahi olarak elde edildi ve sabitlendi ve ardından birkaç yıl boyunca 4 santigrat derecede saklandı. DNA kalitesinin ortalama spektrofotometre ölçümleri 1.9 (A260/A280) ve 1.4 (A260/A230) idi. Ortalama DNA miktarı, mikrolitre başına 78.2 nanogram olarak bulundu. DNA ekstraksiyonunun sonuçları, yeni nesil dizileme teknolojileri gibi tüm DNA tabanlı yöntemler için uygundur. Geliştirilen DNA ekstraksiyon protokolünün, yaygın olarak bulunan kimyasallar ve solüsyonlarla birlikte altı kolay adımı vardır. Meme kanserinin FFPE doku bloklarından geliştirilen protokol ile 30 örnekten üç saatten kısa sürede ve örnek başına 1 dolardan daha az bir maliyetle DNA elde etmek mümkündür. Geliştirilen protokolün patoloji laboratuvarlarında ve kütüphanelerde FFPE bloklarının hazine sandığını açmak için birçok avantajı bulunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Nucleic acid extraction and utilization methods from formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) tissues—which are stored in libraries for extended periods of time—have been developed. Nonetheless, DNA taken from FFPE tissues is typically harmed, and DNA quality may be impacted by prolonged storage. Thus, it's critical to understand how long-term preservation affects FFPE tissues and to advance the methods for obtaining sufficient and high-quality DNA from them. In this project, we aimed to create a DNA isolation protocol from FFPE blocks of breast cancer tissues. A total of 30 FFPE blocks of breast cancer tissues from different types of breast cancer had been studied as three replicates. The blocks had been surgically resected and fixed at Harran University Hospital prior to examination and subsequent storage at 4-degree temperature for several years. The average spectrophotometer measurements of DNA quality were 1.9 (A260/A280) and 1.4 (A260/A230). The average DNA amount was 78.2 nano gram per microliter. The results of DNA extraction are suitable for all DNA based methods such as next generation sequencing technologies. The developed DNA extraction protocol has six easy steps with commonly available chemicals and solutions. It is possible to extract DNA from 30 samples less than three hours and it costs 1 US dollar per sample by developed protocol from FFPE tissue blocks of breast cancer. The developed protocol has many advantages to open the treasure box of FFPE blocks in pathology laboratories and libraries.
Benzer Tezler
- Meme kanseri teşhisi için melanin modifiyeli anizotropik akışa sahip mikroakışkan cihaz ile dolaşımdaki tümör kaynaklı eksozomların izolasyonu
Isolation of circulating tumor-derived exosomes with a melanin-modified anisotropic flow microfluidic device for breast cancer diagnosis
SAFİYE BETÜL BULUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Biyomühendislikİzmir Demokrasi ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM KALELİ CAN
DR. BUĞRA AYAN
- Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi
Başlık çevirisi yok
MERİH BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM
- Makro besin elementlerinin (NPK) İzmir'de Mayıs ayında açığa dikilen 4-6 cm çevre büyüklüğündeki Gladiolus cinsine ait“hunting song”ve“Novalüx”kültür çeşitlerinin yumrularının gelişmeleri üzerine etkileri
Başlık çevirisi yok
TAHA ALİ AMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
ZiraatEge ÜniversitesiPeyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ADNAN HATİPOĞLU
- Sanayi politikaları ve planlı dönemde imalat sanayine etkileri
Başlık çevirisi yok
AHMET CAFOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
EkonomiGazi ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YALÇIN EROL