Geri Dön

Design of novel and potent inhibitors for mPGES-1 enzyme via in silico screening

Siliko tarama yoluyla mPGES-1 enzimi için yeni ve güçlü inhibitörlerin tasarımı

PDF İndir

  1. Tez No: 854825
  2. Yazar: GAMZE ÇİFTÇİ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Eczacılık ve Farmakoloji, Onkoloji, Biochemistry, Pharmacy and Pharmacology, Oncology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 66

Özet

Vücutta oluşan enflamasyonu engellemek için steroid olmayan antienflamatuar ilaçlar her iki COX-1 ve COX-2 enzimlerinin seçici olmayan inhibisyonunun bir sonucu olarak PGE2 üretimini baskılayarak etki eder. COX-1 ve COX-2 'nin inhibisyonu sonucu sırasıyla gastrointestinal zehirlenmeler ve kardiyovasküler komplikasyonlar ortaya çıkmıştır. mPGES-1 inhibitörlerinin bilinen yan etkileri taşımadığı gösterilmiştir. Böylece, mPGES-1 inhibisyonu ile PGE2 biyosentezinin engellenmesi enflamatuvar hastalıkların tedavisinde, klinik olarak daha güvenli olduğu düşünülen, yeni bir terapötik hedef haline gelmiştir. Bu çalışmada mPGES-1 enzimini taramak üzere ZINC parçacık kütüphanesinden yaklaşık 2.5 Milyon ligand indirilmiştir. Bu ligandların ön taramaları Autodock-Vina ile gerçekleştirilmiştir. 1261 bileşiğikte ise Autodock 4 kullanılarak tarama gerçekleştirilmiştir. Bağlanma enerjileri ve pozları belirlenmiştir. En iyi çıkan inhibitörler ADMET testine tabi tutulmuş ve bu testte göre de en iyi olarak belirlenen dört inhibitor için moleküler dinamik simülasyon gerçekleştirilerek RMSD, RMSF ve Rg değerleri analiz edilmiştir.

Özet (Çeviri)

To prevent inflammation in the body, non-steroidal anti-inflammatory drugs act by suppressing PGE2 production as a result of non-selective inhibition of both COX-1 and COX-2 enzymes. As a result of the inhibition of COX-1 and COX-2, gastrointestinal poisoning and cardiovascular complications occurred, respectively. mPGES-1 inhibitors have been shown to have no known side effects. Thus, inhibition of PGE2 biosynthesis by inhibition of mPGES-1 has become a new therapeutic target in the treatment of inflammatory diseases, which is considered to be clinically safer. In this thesis, approximately 2.5 million ligands were downloaded from the ZINC particle library to screen the mPGES-1 enzyme. Prescreening of these ligands was performed with Autodock-Vina. 1261 compounds were scanned using Autodock 4. Binding energies and poses were determined. The best inhibitors were subjected to the ADMET test, and molecular dynamic simulation was performed for the four inhibitors determined as the best according to this test, and RMSD, RMSF, and Rg values were analyzed.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    699122

    Design of novel and potent inhibitors for mPGES-1 enzyme via in silico screening

    Siliko tarama yoluyla mPGES-1 enzimi için yeni ve güçlü inhibitörlerin tasarımı

    GAMZE ÇİFTÇİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Eczacılık ve FarmakolojiKadir Has Üniversitesi

    Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ

  2. Tez No

    661736

    Development of novel and potent inhibitors for gaba-at enzyme via in silico screening methods

    Başlık çevirisi yok

    ANAS ABDULQADER ABBAS AL-OBAIDI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Bilim ve TeknolojiKadir Has Üniversitesi

    Biyoinformatik ve Genetik Ana Bilim Dalı

    Prof. Dr. KEMAL YELEKÇİ

  3. Tez No

    485207

    In silico design of hERG non-blocker compounds with retained pharmacological activity using multi-scale molecular modeling applications

    hERG bloker olmayan farmakolojik aktivitesi korunmuş bileşiklerin çok boyutlu moleküler modelleme uygulamaları ile in siliko tasarımı

    GÜLRU KAYIK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURCAN TÜZÜN

    DOÇ. DR. SERDAR DURDAĞI

  4. Tez No

    409644

    Yapı-temelli ilaç tasarım yöntemleriyle glutatyon S-transferaz P1 spesifik özgün inhibitörlerin geliştirilmesi ve kinetik çalışmaları

    Development of novel glutathione S-transferase specific inhibitors BY structure-based drug design methods and kinetic analysis

    DENİZ CEYHAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyokimyaHacettepe Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YASEMİN AKSOY

    PROF. DR. BURAK ERMAN

  5. Tez No

    352259

    In silico design of novel and highly selective cyclooxygenase-2 inhibitors

    Bilgisayar destekli ilaç tasarımı kullanarak seçici siklooksijenaz-2 inhibötörü tasarımı

    TUĞBA MEHMETOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyofizikKadir Has Üniversitesi

    Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ

Geri Dön