Melatonin biyosentezinde görev alan Clock genleri (Bmal1, Per1, Cry1, Cry2 ve Per2) gen varyantlarının Nannospalax (Mammalia: Rodentia) sitotiplerinde araştırılması
Investigation of Clock genes (Bmal1, Per1, Cry1, Cry2 and Per2) gene variants involved in melatonin biosynthesis in Nannospalax (Mammalia: Rodentia) cytotypes
- Tez No: 860911
- Danışmanlar: PROF. DR. TEOMAN KANKILIÇ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Zooloji, Biology, Genetics, Zoology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 118
Özet
Körfareler, uzun yaşam süreleri ve kansere karşı dirençleriyle ün kazanmışlardır. Ancak, kansere karşı bu direncin temel nedeni hala belirsizdir. Bu hayvanların muhtemelen diğer organizmalardan farklı bir melatonin sentez mekanizmasına sahip olabilecekleri ve bu nedenle kansere karşı dirençli oldukları öne sürülmektedir. Bu çalışma, Türkiye'de bulunan Nannospalax türlerinde, melatonin biyosentezinde önemli bir rol oynayan Clock genlerinden Bmal1, Per1, Cry1, Cry2 ve Per2'deki varyasyonlar incelemiştir. Ayrıca, bu varyasyonlar Nannospalax galili, Mus musculus, Heterocephalus glaber, Rattus norvegicus ve Homo sapiens gibi diğer organizmalarla karşılaştırılmış ve insanlarda bu varyasyonların patojenik etkilere sahip olup olmadığı da araştırılmıştır. Bu amaçla, seçilen mutasyonlu ekzon bölgelerinin DNA temelli taraması yapılmış ve ilgili gen bölgelerinin sekansları elde edilmiştir. Ardından Blast, Ensembl, Polyphen-2, SNAP2, String gibi çeşitli biyoenformatik araçlar ve veritabanları kullanılarak analizler gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak, Per1 geninde 11, Per2 geninde 7, Cry1 geninde 2 ve Cry2 geninde 9 olmak üzere toplam 29 varyasyon belirlenmiştir. Bmal1 geninde ise herhangi bir varyasyon saptanmamıştır. Bu verilere göre, bazı varyasyonlar ışık kaynaklı UV hasarının gerçekleştiği domainlerle ilişkilendirilirken, diğerleri PAS domaini ve 5'-UTR bölgelerinde bulunurken, geri kalanları proteinlerin alan dışı bölgelerinde konumlanmıştır. Daha fazla araştırma, bu varyasyonların gelecekteki çalışmalar için nasıl seçileceği ve üzerine yoğunlaşılacağına dair önemli ipuçları sunabilir.
Özet (Çeviri)
Blind mole rats are known for their long lifespan and resistance to cancer. However, the reason for this cancer resistance is unclear. It is suggested that their different melatonin synthesis mechanism, possibly due to their unique lifestyle, may contribute to their cancer resistance. This PhD thesis investigated genetic variations in Clock genes (Bmal1, Cry1, Cry2, Per1, and Per2), which are essential for melatonin biosynthesis, in Turkish Nannospalax species. These variations were also compared with those in Nannospalax galili, Mus musculus, Heterocephalus glaber, Rattus norvegicus, and Homo sapiens. Furthermore, their potential pathogenic effects in humans were examined through DNA-based screening of specific exon regions. Then, analyses were performed using various bioinformatics tools and databases such as NCBI Blast, Ensembl, Polyphen-2, SNAP2, and String. A total of 29 variations were identified, with 11 in the Per1 gene, 7 in the Per2 gene, 2 in the Cry1 gene, and 9 in the Cry2 geneNo variation was observed in the Bmal1 gene. Some of these detected variations are situated within regions associated with DNA repair processes in response to light-induced UV damage. Additional variations were identified in the PAS domain and 5'-UTR regions, while the rest of the variations were located in non-domain regions of the proteins. Further investigation of clock gene variations may provide important clues on how to identify and prioritize these variations for future studies.
Benzer Tezler
- Bazı doğal tirozinaz inhibitörlerinin melanoma hücreleri üzerindeki antiproliferatif, antimetastatik, apoptotik ve antienflamatuvar potansiyellerinin incelenmesi
Investigation of antiproliferative, antimetastatic, apoptotic and anti-inflammatory potentials of some natural tyrosinase inhibitors on melanoma cells
MUHAMMED İKBAL YİĞİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyokimyaVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiTemel Eczacılık Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET BERKÖZ
- Characterization and functional analysis of a novel multicopper oxidase and associated polyketide biosynthesis gene cluster of Aspergillus fumigatus
Aspergillus fumigatus'un yeni bir poliketit biyosentezi gen kümesinin fonksiyonel analizi ve karakterizasyonu
BANU METİN
Doktora
İngilizce
2007
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL
PROF. DR. UFUK BAKIR
- Fasulyede GPAT gen ailesinin karakterizasyonu ve kuraklık stresi altında PvGPAT1 geninin transgenik yaklaşımla fonksiyonunun belirlenmesi
Characterization of the GPAT gene family in bean and determination of the function of the PvGPAT1 gene under drought stress with a transgenic approach
AYŞE GÜL KASAPOĞLU
Doktora
Türkçe
2024
BiyolojiErzurum Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMRE İLHAN
- Kojik asit türevi bileşiklerin tasarımı, sentezi ve melanoma hücresine karşı sitotoksisiteleri ile tirozinaz inhibisyonu etkilerinin değerlendirilmesi
Design, synthesis and evaluation of tyrosinease inhibition effects of kojic acid derivatives with their cytotoxicities on melanoma cell
TUĞBA ADAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUTLU AYTEMİR
- Transmukozal etkin madde salımı için s-adenozil-l-metiyonin'in (SAMe) hızlı çözünen sublingual filmlerinin tasarımı ve değerlendirilmesi
Design and evaluation of fast dissolving sublingual films of s-adenosyl l-metionine (SAMe) for transmucosal active substance release
ÇAĞDA GİZEM ÇELİK GÜLMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Teknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİLÜFER YÜKSEL