Protein kümelenme (agregasyon) bölgelerinin tahmininde hesaplamalı yaklaşımlar
Computational approaches for prediction of protein aggregation regions
- Tez No: 861027
- Danışmanlar: DOÇ. DR. FATİH ÖZDENER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Pharmacy and Pharmacology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Bahçeşehir Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Farmasötik Tıp Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 52
Özet
Biyoterapötik maddenin kümelenmesi ürünün kalitesi açısından önemli bir endişe kaynağıdır ve son üründeki agregasyon seviyelerini en aza indirmek için uygun bir süreç ve formülasyon geliştirilmesi gereklidir. Biyolojik ilaçların son yıllarda hızla yaygınlaşması, ürün kalitesinin erken ve kesin kontrolüne yönelik acil bir ihtiyaca yol açmıştır; burada protein kümelenmesi, etki ve güvenlik üzerindeki etkileri nedeniyle kilit bir zorluk olmaya devam etmektedir. Agregasyon, insan yaşamını ciddi şekilde etkileyen ve fibril oluşumu ile karakterize Alzheimer ve Parkinson hastalığı gibi çeşitli nörodejeneratif bozuklukların altında yatan bir özelliktir. Kapsamlı araştırmalar sayesinde, bu patogeneze yol açan dizi motifleri tanımlanmıştır. Protein dizilerini analiz etmek ve bu tür kümelenme oluşumu eğilimini tahmin etmek için çeşitli hesaplama araçları geliştirilmiştir. Deneysel çalışmalara kıyasla hızları ve nispeten düşük maliyetleri nedeniyle, kümelenme tahmin araçları, biyoterapötik ilaç keşfi ve geliştirmede çok yararlı olabilmektedir. Bu çalışmada bir biyoterapötik molekülün geliştirilmesi sürecinde protein kümelenmesi, dezavantajları, kümelenme bölgelerinin tahmin edilmesine yönelik yaklaşımlar açıklanacak ve elde edilen analiz verileri ile bu tahminler kıyaslanacaktır.
Özet (Çeviri)
In Aggregation of the biotherapeutic agent is a significant concern for the quality of the product, and it is necessary to develop an appropriate process and formulation to minimize aggregation levels in the final product. The rapid proliferation of biological drugs in recent years has led to an urgent need for early and precise control of product quality; here protein aggregation remains a key challenge due to its implications for potency and safety. Aggregation is an underlying feature of various neurodegenerative disorders such as Alzheimer's and Parkinson's disease, which severely affect human life and are characterized by fibril formation. Through extensive research, sequence motifs leading to this pathogenesis have been identified. Various computational tools have been developed to analyze protein sequences and predict the propensity for such aggregation formation. Due to their speed and relatively low cost compared to experimental studies, aggregation prediction tools can be very useful in biotherapeutic drug discovery and development. In this study, approaches to predicting protein aggregation, its disadvantages, and aggregation regions during the development of a biotherapeutic molecule will be explained and these predictions will be compared with literature data.
Benzer Tezler
- Peptide therapeutics to prevent protein aggregation ın huntington's disease
Huntington hastalığında protein agregasyonunu önlemek için peptit terapötikleri
ANOOSHAY KHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Nörolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiNörobilim Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. URARTU ÖZGÜR ŞAFAK ŞEKER
- A computational study on pathogenic exon-1 Huntington fragment fiber structure and its nucleation
Patojenik ekson-1 Huntington fragment lif yapısı ve çekirdeklenmesi üzerine hesaplamalı bir çalışma
MERVE KUNAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaKoç ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET SAYAR
- Development of anti-cancer single-domain antibody toolbox
Anti-kanser tek domainli antikor takımlarının geliştirilmesi
NAZLI EDA ESKİER
Doktora
İngilizce
2024
BiyomühendislikDokuz Eylül ÜniversitesiGenom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH
- Peptide based ligand discovery to prevent protein aggregation in neurodegenerative disease conditions
Nörodejeneratif hastalık koşullarında agregasyonu önlemek için peptit temelli ligand keşfi
ÖZGE BEĞLİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Biyokimyaİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ URARTU ÖZGÜR ŞAFAK ŞEKER
- Aggregation characteristics of amphiphilic peptides
Amfifilik peptitlerin kümelenme özellikleri
BEYTULLAH ÖZGÜR
Doktora
İngilizce
2016
BiyofizikKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET SAYAR