Geri Dön

Dört major ALS geni dışlanmış 'ailesel amiyotrofik lateral skleroz olgularında' tüm ekzom dizileme yöntemi ile patojenik varyasyonların araştırılması

Investigation of pathogenic variations by whole exome sequencing in familial amyotrophic lateral sclerosis cases excluding four major ALS genes

PDF İndir

  1. Tez No: 870407
  2. Yazar: VİLDAN ÇİFTÇİ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SİBEL KARAÜZÜM, PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Nöroloji, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Neurology, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 114

Özet

Amaç: Konvansiyonel dizileme analiziyle, Amiyotrofik Lateral Skleroz (ALS) hastalığı ile en sık ilişkilendirilen C9ORF72, SOD1, TARDBP ve FUS genlerinde genomik değişim saptanmayan sekiz ailesel ALS olgusunun tüm ekzom dizileme (WES) yöntemiyle genetik profillerinin çözülmesi amaçlanmıştır. Yöntem: ALS-ilişkili olup olgudaki klinik fenotip ile uyumlu görülen nadir varyantlar WES analizi ile tanımlandı. Biyoinformatik algoritmalar aracılığıyla varyantların protein üzerindeki patojenik etkileri belirlendi. Bu varyantlar olguda ve aile bireylerinde PCR-temelli Sanger dizileme yöntemiyle analiz edildi. Bulgular: Olguların ikisinde otozomal resesif geçişli OPTN c.1400A>C: p.Gln467Pro ve SPG11 c.6759C>G: p.Asp2253Glu gen varyantları homozigot olarak saptandı. Kalan diğer altı olguda ise ALS-ilişkili genlerde dominant kalıtım gösteren genomik değişimler heterozigot olarak tanımlandı. Bir olguda KIF5A c.2738delG: p.Gly913AlafsTer135 ve CAPN3 c.1469G>A: p.Arg490Gln olmak üzere iki ayrı gende aday varyantlar gözlendi. Birbirinden bağımsız iki ailede ANXA11 c.1156C>T: p.Arg386Trp ve c.1211G>A: p.Arg404Gln değişimleri görüldü. Üç olguda ise FIG4 c.318T>G: p.Tyr106Ter, CYLD c.1189C>T: p.Arg397Cys ve HSPB1 c.139G>A: p.Gly47Ser genlerinde varyantlar saptandı. Sonuç: Anne-baba akrabalığı olan iki hastada OPTN ve SPG11 genlerindeki homozigot varyantların olgulardaki fenotipi açıkladığı görüldü. İki farklı varyantın belirlendiği olgudaki KIF5A gen varyantının ALS'den sorumlu gen olduğu anlaşılırken, CAPN3 varyantının hastalığın seyrine etkisinin ileri araştırma konusu olduğu sonucuna varıldı. ANXA11 ve HSPB1 genlerinde tanımlanan varyantların günümüzdeki bilgiler ışığında hastalık nedeni olarak değerlendirilemeyeceği öngörülmekle birlikte, presemptomatik testlerle varyantı taşıdığı belirlenen asemptomatik aile bireylerinin klinik takibinin faydalı olabileceği düşünülmektedir.

Özet (Çeviri)

Objective: We aimed to identify using whole exome sequencing (WES) the genetic profiles of eight familial ALS cases in which conventional sequencing analysis revealed no genomic alterations in C9ORF72, SOD1, TARDBP and FUS genes, most commonly associated with Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS). Method: Rare ALS-associated variants consistent with the clinical phenotype of the patient were identified by WES analysis. Bioinformatics algorithms were used to determine the pathogenic effects of the variants on the proteins. The variants were validated by PCR-based Sanger sequencing in the index patient and his/her family members. Results: OPTN c.1400A>C: p.Gln467Pro and SPG11 c.6759C>G: p.Asp2253Glu gene variants with autosomal recessive inheritance were found in two of the families under investigation. In the remaining six cases, heterozygous genomic alterations in ALS-associated genes (dominant inheritance) were identified. Candidate variants in two different genes, KIF5A c.2738delG: p.Gly913AlafsTer135 and CAPN3 c.1469G>A: p.Arg490Gln were observed in the same patient. ANXA11 variants (c.1156C>T: p.Arg386Trp and c.1211G>A: p.Arg404Gln) were detected in two unrelated families. Variants in the FIG4 c.318T>G: p.Tyr106Ter, CYLD c.1189C>T: p.Arg397Cys and HSPB1 c.139G>A: p.Gly47Ser genes were detected in three independent cases. Conclusion: Homozygous variants in OPTN and SPG11 genes explained the phenotype in two patients with consanguineous parents. In one patient, a KIF5A gene variant was found to be responsible for ALS, while the effect of the pathogenic CAPN3 variant in the same patient, is subject for further research. Although the variants determined in the ANXA11 and HSPB1 genes cannot be considered the definite cause of ALS in the light of our current knowledge, clinical follow-up of asymptomatic individuals carrying the variant in the family through presymptomatic tests may be useful.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    152443

    Superoxide dismutase 1 gene analysis in amyotrophic lateral sclerosis: Detection of a rare polymorphism (IVS-III-34) in two Turkish families

    Amiyotrofik lateral sklerozda süperoksit dismutaz 1 gen analizi: İki Türk ailede seyrek bir polimorfizmin (IVS-III-34) tanımlanması

    ASLIHAN ÖZOĞUZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NAZLI BAŞAK

  2. Tez No

    538976

    Internationales ideenmanagement als teil der „transnational solution' – interkulturelle und organisationale herausforderungen auf dem weg zum transnationalen unternehmen im unternehmen x

    Transnasyonal çözümün' bir parçası olarak uluslararası fikir yönetimi – x şirketinin transnasyonal organizasyon olma yolda yolunda karşılaştığı kültürlerarası ve organizasyonel zorluklar

    KRİSTİN BARBAROS

    Yüksek Lisans

    Almanca

    Almanca

    2018

    İşletmeTürk-Alman Üniversitesi

    Kültürlerarası Yönetim Ana Bilim Dalı

    DR. MARTİNA MALETZKY

  3. Tez No

    462870

    Tilki kuyruğu (alopecurus myosuroides huds.) yabancı otunda herbisit dayanıklılığının ve basit dizi tekrarlarıyla genetik çeşitliliğinin belirlenmesi

    Determination of herbicides resistance in black grass (alopecurus myosuroides huds.) and genetic diversity by simple sequence repeats

    DİLAN BOYLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    ZiraatOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. EMİNE KAYA ALTOP

  4. Tez No

    21829

    İstanbul Bizans mimarisinde kullanılan tuğlanın fiziksel ve mekanik özellikleri

    Characteristics of brick used in Byzantine architecture in İstanbul

    YEGAN KAHYA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1992

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF. DR. METİN AHUNBAY

  5. Tez No

    203562

    Van yöresinde izole edilen mycobacterıum tuberculosıs suşlarının dört farklı yöntemle antimikobakteriyel ajanlara duyarlılık tespiti.

    Evaluation of four methods to determine antimicrobial susceptibility of mycobacterium tuberculosis in eastern turkey.

    ELİF SANEM BAYKAL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    MikrobiyolojiYüzüncü Yıl Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. HÜSEYİN GÜDÜCÜOĞLU

Geri Dön