DNA barcoding of Robert College campuses' trees: A citizen science initiative
Bir vatandaş bilimi girişimi: Robert Koleji kampüslerindeki ağaçların DNA barkodlaması
- Tez No: 885731
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM RAŞİT BİLGİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Eğitim ve Öğretim, Genetik, Biology, Education and Training, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Çevre Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Çevre Bilimleri Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
Kentsel ekoloji, insanların çevreleriyle nasıl etkileşimde bulunduklarıyla doğrudan ilgilidir. Kentsel ekosistemi izlemek, çeşitli türler için habitat olarak kullanılan özellikle floranın hızlı ve kesin bir şekilde tanımlanmasını gerektirir. DNA barkodlama, küresel barkod referans kütüphanesini kullanarak türleri genetik bilgileriyle doğru bir şekilde tanımlamaya olanak tanıyan dikkate değer bir moleküler tekniktir. Bu çalışmayı bir vatandaş bilimi projesi olarak tasarladık ve Robert Koleji kampüslerindeki ağaç türlerini öğrencileriyle birlikte tanımlamak için DNA Barkodlama yöntemini bir eğitim aracı olarak kullandık. Farklı sınıf seviyelerinden kırk sekiz öğrenci, veri toplama, morfolojik tanımlama ve DNA ekstraksiyonu gibi araştırmanın çeşitli aşamalarında yer aldı. Robert Koleji kampüsü, yerel floranın kalıntılarının yanı sıra dünya çapında çeşitli bitki türlerini barındıran muhteşem bir kentsel yeşil alandır. Kampüs, Boğaziçi tepeleri üzerinde 24 hektarlık bir alanı kapsar ve yaklaşık altmış farklı ağaç türüne ev sahipliği yapar. Çalışma, DNA Barkodlama yöntemiyle yaklaşık elli ağaç türünü tanımlamayı ve onların filogenetik ilişkilerini araştırmayı amaçlamaktadır. Elli numune için %100 PCR amplifikasyon başarısı elde etmemize rağmen, matK gen bölgesi için beş temiz dizi ve rbcL sekansı için yirmi iki temiz dizi elde edildi. Yedi aile ve on üç cins Juglandaceae, Fagaceae, Apocynaceae, Cupressaceae, Oleaceae, Lauraceae, Malvaceae aileleri ve Cercis, Fraxinus, Pistacia, Celtis, Ficus, Morus, Paulownia, Cinnamomum, Aucuba, Carpinus, Rubus, Quercus, Viburnum cinsleri olarak tanımlandı. Literatürde yer alan İstanbul için dağılım verileri değerlendirilmiş ve taksonomi ve genetik tanımlama bilgileri kullanılarak filtrelenmiştir. İstanbul'a ait bitki dağılım verileri ile taksonomi ve genetik tanımlamadan elde edilen bilgiler kullanılarak değerlendirildi ve filtrelendi. Türkiye için yirmi iki örnekde on yedi yerli ve beş yabancı kökenli takson bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
Urban ecology is directly related to how people interact with their environments. Monitoring the urban ecosystem requires rapid and precise identification of biodiversity, especially flora that is used as habitat for various species. DNA barcoding is a remarkable molecular technique to accurately identify species with their genetic information using the global barcode reference library. We designed this study as a citizen science project and used the DNA Barcoding method as an educational tool to identify tree species of Robert College campuses with their students. Fifty-two students from different grade levels were involved in various steps such as data collection, morphological identification, and DNA extraction. The Robert College campus is an amazing urban green space over 24 hectares on the Bosporus hills and is home to about sixty species of trees. The study aims to identify around fifty tree species with DNA Barcoding method and investigate their phylogenetic relationships. Although we had 100% PCR amplification success for fifty samples, five clean sequences were obtained for the matK genetic marker and twenty-two clean sequences for the rbcL sequence. The seven families and thirteen genera were identified as the Juglandaceae, Fagaceae, Apocynaceae, Cupressaceae, Oleaceae, Lauraceae, Malvaceae families and Cercis, Fraxinus, Pistacia, Celtis, Ficus, Morus, Paulownia, Cinnamomum, Aucuba, Carpinus, Rubus, Quercus, Viburnum genera. Distribution data for Istanbul in the literature was assessed and filtered using information from taxonomy and genetic identification. seventeen native and five imported taxa were found in twenty-two samples for Turkey.
Benzer Tezler
- Kaz dağı (Çanakkale, Türkiye) endemik bitkilerinden bazılarının dna barkodlaması
Dna barcoding of some endemic Ida mountain (Çanakkale, Turkey) plants
MELTEM TEZCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CÜNEYT AKI
- İç Anadolu bölgesindeki Tetranychid akarların (Acari: Tetranychidae) DNA barkodlaması ve Tetranychus urticae popülasyonlarının bazı akarisitlere karşı direnç durumlarının belirlenmesi
DNA barcoding of Tetranychid mites (Acari: Tetranychidae) in Central Anatolia and determination of resistance status of Tetranychus urticae populations to some acaricides
EMRE İNAK
- DNA barcoding of fifteen shrimp and prawn species (Decapoda:Crustacea) living in Turkish coastal waters with phylogeographic comparisons
Türkiye denizlerinde bulunan on beş karides (Crustacea:Decapoda) türünün genetik kataloğunun oluşturulması ve filocoğrafik karşılaştırması
MERVE ASLI UTKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. RAŞİT BİLGİN
- Docotettix cornutus Ribaut, 1948 (Hemiptera: Cicadellidae)'un DNA barkodlaması
DNA barcoding of Docotettix cornutus Ribaut, 1948 (Hemiptera: Cicadellidae)
SEMA AVTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EYYÜP MENNAN YILDIRIM
- Dilek yarımadası ve Büyük Menderes deltası milli parkında yayılış gösteren bazı yaprak böceklerinin (Coleoptera: Chrysomelidae) DNA barkodlaması
DNA barcoding of some leaf beetles (Coleoptera: Chrysomelidae) spreading in the Dilek peninsula and the Great Menderes delta national park
GÖZDE UÇAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiUşak ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ NAFİZ EKİZ