Neisseria gonorrhoeae 1-deoksi-d-ksilüloz 5-fosfat redüktoizomeraz'ı hedef alan yeni inhibitörlerin hesaplamalı kimya yöntemleriyle tanımlanması
Identification of novel inhibitors targeting 1-deoxy-d-xylulose 5-phosphate reductoisomerase in Neisseria gonorrhoeae with computational chemistry methods
- Tez No: 886511
- Danışmanlar: PROF. DR. DİLEK BALIK, DOÇ. DR. ÖZAL MUTLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 120
Özet
Gonokok enfeksiyonu, Cinsel Yolla Bulaşan Enfeksiyonların ana nedenlerinden biridir. Dünya Sağlık Örgütü, 2020 yılında dünya genelinde yetişkinler arasında tahmini 82,4 milyon yeni enfeksiyonun meydana geldiğini bildirmiştir. Yetmiş Beşinci Dünya Sağlık Kurulu, Küresel Sağlık Sektörü Stratejileri 2022-2030 kitapçığında, 2020 yılını baz alarak 2030 yılında enfeksiyonda %90'lık bir düşüşü hedeflediğini bildirmiştir. Bu hedef doğrultusunda antibiyotiğe dirençli gonokok enfeksiyonlarının yeni tedavilerine yönelik araştırmaların artırılması teşvik edilmektedir. Bu tez kapsamında gonokok enfeksiyonunun tedavisinde yeni bir inhibitör hedefi olarak Neisseria gonorrhoeae 1-deoksi-D-ksilüloz 5-fosfat redüktoizomeraz belirlenmiştir. Bu bağlamda, NgDXR'nin kapalı ve yarı açık homoloji modelleri tasarlanmıştır. Enamine screening (2.9 M) ve Chemdiv (1.6 M) sağlayıcılarından toplanan yaklaşık 4.5 milyon bileşiğin tasarlanan NgDXR xvi modellerine hesaplamalı kimya yöntemleriyle taraması gerçekleştirilmiştir. Moleküler yanaştırma işlemlerinden elde edilen 31 bileşik, 100 ns moleküler dinamik simülasyonlarına tabi tutulmuş ve MM/GBSA serbest bağlanma enerjileri hesaplanmıştır. Sonuçlar doğrultusunda belirlenen 426646 numaralı bileşiğin analogları ile çalışmalar tekrarlanmıştır. Literatürde ilk kez hesaplamalı kimya yöntemleriyle belirlenen 17 bileşik, NgDXR'nin potansiyel inhibitör adayları olup 2030 yılı için belirlenen hedef kapsamında gonokok enfeksiyonuna yönelik yeni ilaç arayışları için umut vaad etmektedir.
Özet (Çeviri)
Gonococcal infection is one of the main causes of Sexually Transmitted Infections. The World Health Organization reported an estimated 82.4 million new infections worldwide among adults in 2020. The Seventy-Fifth World Health Assembly, in its Global Health Sector Strategies 2022-2030 document, aimed to achieve a 90% reduction in gonococcal infection by 2030 based on the year 2020. In line with this goal, efforts are being made to increase research into new treatments for antibioticresistant gonococcal infections. In this thesis, Neisseria gonorrhoeae 1-deoxy-Dxylulose 5-phosphate Reductoisomerase has been identified as a new inhibitor target for the treatment of gonococcal infection. In this context, closed and semiopen homology models of NgDXR were designed. Approximately 4.5 million compounds collected from Enamine screening (2.9 M) and Chemdiv (1.6 M) providers were screened against the designed NgDXR models using computational chemistry methods. Thirty-one compounds obtained from molecular docking were xviii subjected to 100 ns molecular dynamics simulations, and MM/GBSA binding free energies were calculated. Based on the results, studies were repeated with analogs of compound 426646. Seventeen compounds, identified for the first time using computational chemistry methods, are potential inhibitor candidates for NgDXR and hold promise for new drug discoveries targeting gonococcal infection as part of the goals set for 2030.
Benzer Tezler
- Recombinant production and biochemical analysis of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase for drug development studies
İlaç gelıştirme çalışmaları için 1-deoksi-D-selüloz 5-fosfat redüktoizomerazın rekombinant üretimi ve biyokimyasal analizi
MARIA ORLENCO
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK BALIK
PROF. DR. BJÖRN WINDSHÜGEL
- Cinsel yolla bulaşan enfeksiyon etkenlerinin tanısında kullanılan konvansiyonel yöntemler ve DPO TM (dual priming oligonükleotid) tabanlı multipleks PCR yönteminin karşılaştırılması
Comparison of conventional methods used in the diagnosis of sexually transmitted infectionsand DPO TM (Dual priming oligonükletid) based multiplex PCR method
DEMET FURKAN SEVİNDİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
MikrobiyolojiSağlık BakanlığıTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BERRİN ESEN
- Erzurum mezbahalarından toplanan işkembe örneklerinden selülolitik bakterilerin izolasyonu, identifikasyonu ve moleküler karakterizasyonu
Isolation, identification and molecular characterization of cellulolytic bacteria collected rumen samples from erzurum slaughter house
MUSTAFA ÖZKAN BALTACI
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
MikrobiyolojiAtatürk ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET ADIGÜZEL
- Çocuklarda aşı ile önlenebilen invazif bakteri infeksiyonlarından korunmada seçilecek aşıların belirlenmesi ve takibi amacıyla ülke genelinde bakteriyel menenjit sürveyansı
Turkish national surveillance to determine the epidemiology of bacterial meningitis in childhood for the prevention of vaccine-preventable invasive bacterial infections
DEMET TOPRAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıMarmara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA BAKIR
- Sekonder hemofagositik lenfohistiositozis
Secondary hemaphagocytic lymphohistiocytosis
ÖZCAN BÖR
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2010
HematolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NECAT A. AKGÜN