Geri Dön

Ceviz meyvesinde kalsiyum ve fosfor akümülasyonundan sorumlu genlerin GWAS yolu ile tespit edilmesi

Detection of genes responsible for calcium and phosphorus accumulation in walnut fruit by GWAS

PDF İndir

  1. Tez No: 894378
  2. Yazar: EGE BARAN AKPUNAR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 72

Özet

Ceviz (Juglans regia L.), bitki fizyolojik işlevlerini düzenleyen, insan sağlığını koruyan ve beslenmede önemli bir yere sahip olan temel besin elementleri açısından zengin olması nedeniyle dünya çapında geniş uygulamalara sahiptir. Bu çalışmanın amacı, 154 genotipten oluşan ceviz populasyonunda iki ardışık yıl (2021 ve 2022) için fosfor (P) ve kalsiyum (Ca) akümülasyonu ile ilişkili SNP (Tek Nükleotit Polimorfizmi) markörlerini Genome-wide Association Study (GWAS) ile tespit etmektir. Makro besin elementi ölçümleri, Ca için 70,83 ila 386,67 mg/100g ve P için 106,17 ila 583,08 mg/100g aralığında değişmiştir. Varyans analizi (ANOVA), genotipin makro besin elementi miktarlarını önemli ölçüde etkilediğini göstermiştir. STRUCTURE analizi, ceviz populasyonunun üç alt popülasyona (K=3) ayrıldığını göstermiştir. GWAS analizinde, iki yıl boyunca makro besin elementleri için false discovery rate değerlerini aşan 59 önemli ilişki belirlenmiştir. Bu ilişkiler arasında, Ca akümülasyonu için ortak 16 SNP belirlenirken, P için 11 SNP ortak olarak tespit edilmiştir. Bu SNP'ler, NCBI'daki Genome Data Viewer (GDV) aracı ile analiz edilmiş ve bunlardan 16'sının ceviz genomunda lokalize olduğu gözlemlenmiştir. SNP'lerin çevresindeki ±100 Kb' deki varsayılan aday genler belirlenmiştir. Bu bulgular, gelecekte ceviz yetiştiriciliği uygulamalarında ve biyofortifikasyon çalışmalarında markör destekli seleksiyon için değerli bilgiler sağlamaktadır.

Özet (Çeviri)

Walnut (Juglans regia L.) has wide applications around the world because it is rich in essential nutrients that regulate plant physiologic functions, protect human health, and occupy an important position in nutrition. The purpose of this study is to detect SNP (Single Nucleotide Polymorphism) markers related the accumulation of key macronutrients such as phosphorus (P), and calcium (Ca) over two consecutive years (2021 and 2022) in a walnut population consisting of 154 genotypes by GWAS (Genome-Wide Association Study). Measurements of macronutrients ranged from 70.83 to 386.67 mg/100g for Ca and from 106.17 to 583.08 mg/100g for P. Analysis of variance (ANOVA) showed that genotype significantly influenced macronutrient amounts. STRUCTURE analysis indicated that the walnut population was clustered into three subpopulations (K=3). In the GWAS analysis, 59 significant relationships surpassing false discovery rate values were detected for macronutrients during the biennial period. Among these associations, 16 SNPs were identified to be common in this period accumulation of Ca, while 11 SNPs were common for P. These SNPs were analyzed using the Genome Data Viewer (GDV) tool on NCBI, and it was observed that 16 of them were localized in the walnut genome. Putative candidate genes and their functions were identified in the ±100 Kb regions surrounding the SNPs. These findings, provide valuable insights for marker assisted selection in forthcoming walnut cultivation applications and biofortification studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    895444

    Ceviz meyvesinde demir ve mangan konsantrasyonunu belirleyen genlerin GWAS metodu ile belirlenmesi

    Detection of genes determining iron and manganase concentration in walnut fruit by GWAS method

    ÖZGE DOĞANAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoteknolojiEge Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. DUYGU ATEŞ

  2. Tez No

    617114

    Modifiye atmosfer paketleme tekniğinin ceviz meyvesinde kullanımı ve ürün kalitesi üzerine etkisi

    Use of modified atmosphere packaging technique for walnut fruit and its impact on produce quality

    BUSE GÜLER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Gıda MühendisliğiPamukkale Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HAKAN KARACA

  3. Tez No

    629337

    Hatay ilindeki iyi tarım uygulamaları yapılan ceviz bahçelerinde elma içkurdu, Cydia pomonella L. (Lepıdoptera: tortrıcıdae)'nın kitlesel tuzaklama ile kontrolü ve zarar oranının belirlenmesi

    Controlling with mass trapping and determination of damage rates of codling moth, Cydia pomonella L. (Lepidoptera: tortricidae) at good agricultural practices of walnut orchards in Hatay province

    MUSTAFA SÜRMELİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    ZiraatHatay Mustafa Kemal Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİHAT DEMİREL

  4. Tez No

    446664

    Ceviz (Juglans regia L.) meyvesinde melezleme ile elde edilmiş bazı ceviz genotiplerinin fenolojik ve moleküler karakterizasyonu

    Phenological and molecular characterization of some walnut(Juglans regia L.) genotypes obtained by hybridization

    MİHRİBAN NAMLI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET SÜTYEMEZ

  5. Tez No

    361024

    Kuru tip, ceviz kavlama (yeşil dış kabuk soyma) makinesi tasarım ve imalatı

    Dry type, walnut green skin peeling machine desing and manufacture

    TAMER KARAKUŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Makine MühendisliğiTrakya Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. CENK MISIRLI

Geri Dön