Morfolino grubu taşıyan bileşiklerin alfa-amilaz, alfa-glukozidaz ve üreaz enzimleriyle etkileşiminin moleküler doking, MM/GBSA ve moleküler dinamik çalışması
Molecular doking, MM/GBSA and molecular dynamic study of the interaction of compounds carrying the morpholino group with alpha-amylase, alpha-glucosidase and urease enzymes
- Tez No: 903963
- Danışmanlar: PROF. DR. BERNA ÇATIKKAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 58
Özet
Bu tez çalışmasında diyabet, ülser, gastrit hastalığını değerlendirmek için alfa-amilaz, alfa-glukozidaz ve üreaz enzimleri için Veri Bankasından (PDB numarası): 5E0F, 5NN5 ve 7ZCY hedef olarak seçilmiştir. Bu çalışmada ilaç adayı olarak, morfolino grubuna sahip, asetamit türevi 9 bileşik kullanılmıştır. Bileşiklerin önce konformasyon analizi yapıldıktan sonra optimize yapıları belirlenmiştir. Hedef enzimlerle ilaç adayı bileşiklerin ve referans bileşiklerin etkileşmeleri moleküler doking ve moleküler mekanik/genelleştirilmiş Born yüzey alanı (MM/GBSA) yöntemleri ile bağlanma enerjileri hesaplanmış ve analiz edilmiştir. MM/GBSA hesabı sonuçlarına göre en iyi sonuç veren bileşikler ve referans maddelerin hedef enzimlerle etkileşmeleri 100 ns moleküler dinamik simülasyonu ile incelenmiştir. Bileşiklerin ilaç özelliklerine sahip oldukları, absorpsiyon, dağılım, metabolizma, eliminasyon (ADME) hesaplamaları ile elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
In this thesis study, alpha-amylase, alpha-glucosidase and urease enzymes from the Protein Data Bank (PDB number): 5E0F, 5NN5 and 7ZCY were selected as targets to evaluate diabetes, ulcer and gastritis diseases. In this study, 9 acetamide-derived compounds with morpholino groups were used as drug candidates. After first performing conformational analysis of the compounds, their optimized structures were determined. Binding energies of drug candidate compounds and reference compounds with target enzymes were calculated and analyzed using molecular docking and molecular mechanics/generalized Born surface area (MM/GBSA) methods. According to the MM/GBSA calculation results, the interactions of the compounds and reference substances that gave the best results with the target enzymes were examined with a 100 ns molecular dynamics simulation. The drug properties of the compounds were determined by absorption, distribution, metabolism, elimination (ADME) calculations.
Benzer Tezler
- Bir grup açilaminoalkanamit bileşiğinin sentezi ve biyoaktivitelerinin araştırılması
Synthesis and bioactivity ınvestigation on a group of acylaminoalkanamide derivatives
GÜNEŞ ÇOBAN
Doktora
Türkçe
2011
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VAROL PABUÇCUOĞLU
- Morfolin grupları taşıyan suda çözünebilir çinko ftalosiyanin bileşiklerinin sentezi ve yapılarının aydınlatılması
Synthesis and characterization of water soluble bearing morpholine groups zinc phthalocyanine compounds
MEHMET CEYLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiPamukkale ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİLGÜN KABAY
- Bazı vanilin türevlerinin 3-alkil(aril)-4-amino-4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol-5-on'lar ile reaksiyonlarının incelenmesi
Investigation of reactions of some vaniline derivatives with 3-alkyl(aryl)-4-amino-4,5-dihydro-1H-1,2,4-triazol-5-one
SEVDA MANAP
- 4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol-5-on halkası içeren bazı yeni heterosiklik mannich bazlarının sentezi, karakterizasyonu ve bazı özelliklerinin incelenmesi
Synthesis, characterization and investigation of some properties of some new heterocyclic mannich bases with 4,5-dihidro-1H-1,2,4-triazol-5-one ring
FEVZİ AYTEMİZ
- Yeni bis(4'-morfolinofenoksi)etilen glikol podandların sentezi ve antimikrobiyal aktivitelerinin incelenmesi
The synthesis of new bis(4'-morpholinophenoxy)ethylene glycol podands and investigation of their antimicrobial activity
EGEMEN TORLAKLI