Iğdır ve yöresinde yetiştirilen mandalardaki beta kazein genine ait A1ve A2 varyantlarının genetik polimorfiziminin araştırılması
Investigation of genetic polymorphism of A1 and A2 variants of beta casein gene in buffaloes grown in Igdir and its region
- Tez No: 912289
- Danışmanlar: PROF. DR. EMİNE ATAKİŞİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Anadolu Mandası, A2 Beta-Kazein, CSN2 Geni, Genetik Polimorfizm, PCR, SNP, Anatolian Buffalo, A2 Beta-Casein, CSN2 Gene, Genetic Polymorphism, PCR, SNP
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kafkas Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Veteriner Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Bu çalıĢma, Iğdır ve yöresindeki Anadolu mandalarında beta-kazein (CSN2) geninin ekzon 7 bölgesindeki genetik polimorfiziminin araĢtırılmasıdır. Bu çalıĢma Türkiye‟de yetiĢtirilen Anadolu mandaları ile beta- kazein geni ekzon 7 bölgesinin genetik polimorfizminin araĢtırıldığı ilk çalıĢmadır. Bu bağlamda, çalıĢma, genetik yapının korunması ve iyileĢtirilmesi için temel bilgiler sunmayı hedeflemiĢtir. AraĢtırmada toplam 48 Anadolu mandasından kan örnekleri alınarak DNA izolasyonu yapılmıĢtır. Beta-kazein geninin ekzon 7 bölgesi Polimeraz Zincir Reaksiyon (PCR) yöntemiyle çoğaltılmıĢ ve 510 bç uzunluğundaki gen bölgesi %1‟lik agaroz jelde elde edilen bantların moleküler büyüklükleri Vınesh, (2009)‟ nın bildirdiği primerler kullanılarak DNA dizileme analizine tabi tutulmuĢtur. Toplamda 483 genetik site analiz edilmiĢtir. ÇalıĢmada toplam 483 genetik siteden 7‟sinin polimorfik, 476‟sının ise monomorfik olduğu belirlenmiĢtir. Polimorfik olan bölgelerin SNP lokasyonları g.7570 A>T, g.8044 G>A, g.8046 G>A, g.8047 A>C, g.8048 C>T, g.8049 C>T ve g.8050 C>A olarak bulunmuĢtur. Populasyonda toplam 7 haplotip bulunmuĢ ve en yaygın haplotip %83,3 frekansla gözlenmiĢtir. Haplotip çeĢitliliği 0.307, nükleotid çeĢitliliği 0.00085 ve ortalama nükleotid farklılıkları 0.411 olarak hesaplanmıĢtır. Site baĢına nükleotid çeĢitliliği, (Theta-W) ise 0.00327 olarak bulunmuĢtur. Elde edilen sonuçlar, Iğdır ve yöresindeki manda populasyonunun, genetik çeĢitliliğinin düĢük olduğunu ve genetik yapının büyük ölçüde homojen olduğunu ortaya koymuĢtur. Monomorfik özellik, populasyonun tarihsel olarak kapalı bir gen havuzunda bulunması, coğrafi izolasyon veya sınırlı genetik karıĢım nedeniyle genetik materyalinin çeĢitlenmediğini göstermektedir. Manda populasyonunda beta kazein geninin % 100 A2 varyantının olduğu bulunmuĢtur. Bu gen genetik ıslah çalıĢmalarıyla değiĢtirilmemiĢ sindirimi kolay, düĢük allerjik yapılı, doğal bir besin olan süt proteininin sentezinde rol oynamaktadır. ÇalıĢmanın bulguları, genetik çeĢitliliği artırmaya yönelik stratejiler ve sürdürülebilir genetik kaynak yönetimi için önemli veriler sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
The aim of this study was to investigate the genetic polymorphism in exon 7 region of beta-casein (CSN2) gene in Anatolian buffaloes in Igdir and its region. This is the first study to investigate the genetic polymorphism of exon 7 region of beta-casein gene in Anatolian buffaloes raised in Turkey. In this context, the study aimed to provide basic information for the conservation and improvement of genetic structure. In the study, DNA was isolated from blood samples of 48 Anatolian buffaloes. Exon 7 region of beta-casein gene was amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) method and the molecular sizes of the bands obtained in 1% agarose gel were subjected to DNA sequencing analysis using the primers reported by Vinesh (2009). A total of 483 genetic sites were analysed and polymorphic (PSS) and monomorphic (MSS) regions were determined. SNP (Single Nucleotide Polymorphism) analyses were performed and genetic diversity parameters were calculated. In the analyses, it was determined that 7 of 483 genetic sites were polymorphic and 476 were monomorphic. SNP locations were determined as g.7570 A>T, g.8044 G>A, g.8046 G>A, g.8047 A>C, g.8048 C>T, g.8049 C>T and g.8050 C>A. A total of 7 haplotypes were found in the population and the most common haplotype was observed with a frequency of 83.3%. Haplotype diversity was calculated as 0.307, nucleotide diversity as 0.00085 and average nucleotide differences as 0.411. The nucleotide diversity per site (Theta-W) was found to be 0.00327. The results obtained revealed that the genetic diversity of the buffalo population in Igdir and its region is low and the genetic structure is largely homogenous. The monomorphic characteristic indicates that the genetic material of the population has not diversified due to the presence of the population in a historically closed gene pool, geographical isolation or limited genetic mixing. The buffalo population was found to have 100% A2 variant of the beta casein gene. This gene plays a role in the synthesis of milk protein, which is an easy-to-digest, low-allergic, natural food that has not been modified by genetic breeding studies. The findings of the study provide important data for strategies to increase genetic diversity and sustainable genetic resource management.
Benzer Tezler
- Iğdır yöresinde yetiştirilen mısırın (Zea mays L.) tanedeki besin elementi düzeyinin toprak ve tane analizleriyle değerlendirilmesi
The evaluation of the nutritional element level in the grain of corn (Zea mays L.) growed in Iğdir region by soil and grain analysis
GİZEM AKSOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
ZiraatAkdeniz ÜniversitesiToprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İNCİ TOLAY
- Iğdır yöresinde yetiştirilen yerel üzüm çeşitlerinin fenolojik ve meyve özellikleri
Phenological and fruit characteristics of local grape cultivars grown in iğdir province
FİGEN DERE ŞAYRAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
ZiraatIğdır ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SADİYE PERAL EYDURAN
PROF. DR. RAFET ASLANTAŞ
- Kağızman yöresinde yetiştirilen 'uzun elma' yerel çeşidinde klon seleksiyonu
Clonal selection on 'uzun apple' local variety grown in Kagizman province
SERDAR BALIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
ZiraatIğdır ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TUNCAY KAYA
PROF. DR. RAFET ASLANTAŞ
- Iğdır yöresinde yetiştirilen yerel üzüm çeşitlerinin ampelografik özelliklerinin belirlenmesi
A study on determination of ampelographic characters of native grape varieties grown Igdir province
MEHRİBAN İLİM SERHAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
ZiraatIğdır ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SADİYE PERAL EYDURAN
PROF. DR. RAFET ASLANTAŞ