Tanısız İskelet Displazilerinde Tüm Genom Dizi Analizi ile Genetik Etiyolojinin Araştırılması
INVESTIGATION OF GENETIC ETIOLOGY THROUGH WHOLE GENOME SEQUENCING IN UNDIAGNOSED SKELETAL DYSPLASIAS
- Tez No: 923659
- Danışmanlar: PROF. DR. PELİN ÖZLEM ŞİMŞEK KİPER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Pediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İskelet displazileri, iskeletin nadir genetik hastalıkları olup, 700'den fazla bozukluğu içeren heterojen bir gruptur ve tüm doğumsal anomalilerin yaklaşık %5'ini temsil eder. Ülkemizde akraba evliliklerinin yaygın olması nedeni ile dünya genelinde nadir görülen bu hastalıklar ülkemizde çok daha sık görülebilmektedir. Özellikle son yıllarda genetik ve tedavi alanında yaşanan teknolojik gelişmeler, eşi benzeri görülmemiş terapötik ilerlemelere yol açmış, bu nedenle bu hastalıkları moleküler düzeyde doğrulamak hiç olmadığı kadar önem arzetmeye başlamıştır. Klinik ve moleküler etiyoloji açısından“nadir”olan genetik hastalıkların tanısında özellikle genetik heterojenitenin olduğu durumlarda tüm ekzom dizi (WES) analizi ilk basamak moleküler analiz yöntemi olarak kullanılmaktadır. Ancak WES analizinin tekli veya çoklu ekzon delesyonu gibi kopya sayısı değişikliklerini tespit etmede, derin intronik veya kodlamayan DNA bölgelerindeki değişiklikleri saptamada bazı kısıtlılıkları mevcuttur. Bu nedenle kodlanmayan DNA bölgelerinin ve derin intronik varyantların değerlendirilmesi tüm genom dizi analizi ile mümkün olabilmektedir. Klinik ve genetik açıdan heterojen olan ve klinik bulguların birbiri ile örtüşme gösterebildiği bu hastalık grubunda tüm genom dizi analizi yöntemi ile bu hastalardaki moleküler etiyolojiyi ortaya çıkarmak ve elde edilen sonuçları anlamlandırmak, teşhis doğruluğunu artırmak ve kişiselleştirilmiş tedavilere rehberlik etmek için özellikle önemlidir. Tüm genom dizi analizi aynı zamanda genetik etiyolojisi bilinmeyen farklı iskelet bozukluklarının moleküler etyolojisinin aydınlatılmasına ve aday genlerin keşfedilmesine de olanak sağlamaktadır. Ancak literatürde özellikle ülkemizden yapılan çalışmalarda tüm genom dizi analizi yönteminin kullanıldığı, iskelet displazilerinde genetik etiyolojinin araştırıldığı ve tanısal verim oranlarının değerlendirildiği çalışma sayısı oldukça azdır. Bu alanda daha çok sayıda ve geniş kapsamda araştırmalara ihtiyaç vardır. Bu çalışmada hastanemiz Çocuk Genetik Hastalıkları Bilim Dalı tarafından izlenmekte olan, klinik ve radyolojik bulgular doğrultusunda“iskelet displazisi”tanısı olan fakat bugüne kadar yapılan genetik testlerde (Sanger dizi analizi, mikrodizin analizi, tüm ekzom dizi analizi gibi) herhangi bir genetik tanı almayan hastalarda“Tüm genom dizi analizi”yöntemi ile altta yatan genetik etiyolojinin aydınlatılması, genetik tanı alan hastaların klinik, radyolojik ve moleküler bulgularının tekrar değerlendirilmesi ve genotip-fenotip korelasyonu açısından araştırılması, genetik tanısı olmayan iskelet displazileri hastalarında“tüm genom dizi analizinin”tanısal veriminin belirlenmesi, elde edilen veriler doğrultusunda literatüre katkı sağlanması, bu araştırmadan elde edilen bilgiler doğrultusunda yeni araştırmaların planlanması olarak belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Skeletal dysplasias are rare genetic disorders of the skeleton, comprising a heterogeneous group of over 700 disorders and representing about 5% of all congenital anomalies. In our country, due to the prevalence of consanguineous marriages, these diseases, which are rare worldwide, can be much more common. Especially in recent years, technological advancements in genetics and treatment have led to unprecedented therapeutic progress, making it more crucial than ever to confirm these diseases at the molecular level. In the diagnosis of genetically“rare”diseases, particularly in cases of genetic heterogeneity, whole exome sequencing (WES) analysis is used as the primary molecular analysis method. However, it has some limitations, such as detecting copy number changes like single or multiple exon deletions and identifying changes in deep intronic or non-coding DNA regions. Therefore, evaluating non-coding DNA regions and deep intronic variants is possible with whole genome sequencing (WGS). In this group of diseases, which are clinically and genetically heterogeneous and where clinical findings can overlap, revealing the molecular etiology in these patients using the WGS method and interpreting the results is especially important to increase diagnostic accuracy and guide personalized treatments. WGS also allows for the elucidation of the molecular etiology of different skeletal disorders with unknown genetic causes and the discovery of candidate genes. However, in the literature, especially in studies conducted in our country, there are very few studies where WGS has been used, the genetic etiology of skeletal dysplasias has been investigated, and the diagnostic yield rates have been evaluated. More studies are needed in this field. This study aims to elucidate the underlying genetic etiology using the“Whole Genome Sequencing”method in patients followed by the Pediatric Genetic Diseases Department of our hospital who have a diagnosis of“skeletal dysplasia”based on clinical and radiological findings but have not received any genetic diagnosis from previous genetic tests (such as Sanger sequencing, microarray analysis, whole exome sequencing), to reevaluate the clinical, radiological, and molecular findings of patients who received a genetic diagnosis, to investigate the genotype-phenotype correlation, to determine the diagnostic yield of“whole genome sequencing”in patients with skeletal dysplasias without a genetic diagnosis, to contribute to the literature with the obtained data, and to plan new studies based on the information obtained from this research.
Benzer Tezler
- Atherosklerotik kalp hastalıklarında risk faktörleri
Risk factors in the coronary artery disease
MURAT SUHER
- Meniere hastalığında endolenfatik kese cerrahisi
Endolymphatic sac surgery in meniere's disease
NEBİL GÖKSU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kulak Burun ve BoğazGazi ÜniversitesiKulak Burun Boğaz Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NECMETTİN AKYILDIZ
- Pamuk ipliklerinde istatiksel bir hata analiz yönteminin geliştirilmesi üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
AYŞE KARAKOR
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER
- Giyardiyazın tanısı ve giardia intestinalis (lambl, 1859) Alexief, 1914 üzerine çalışmalar
Investigations about diagnosis of giardiasis and G. intestinalis
MUSTAFA YILMAZ
Doktora
Türkçe
1985
MikrobiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. GÜLDANE SAYGI