Multi-omiks yaklaşımı ile kemik iliği yağ-spesifik Arilhidrokarbon reseptörünün (AhR) sirkadiyen saat regülasyonundaki rolünün incelenmesi
Multi-omics approach for investigation of the role of the bone marrow adipose-specific Arylhydrocarbon receptor (AhR) in regulation of circadian clock
- Tez No: 926349
- Danışmanlar: PROF. DR. FAHRİYE DUYGU ÇETİNKAYA, DR. ÖĞR. ÜYESİ İDİL YET
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Hematoloji, Onkoloji, Biology, Hematology, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kök Hücre Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Kök Hücre Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 286
Özet
Kemik iliği (Kİ), farklı hücre tiplerinin yer aldığı heterojen bir mikroçevredir ve bu yapıda kemik iliği yağ dokusu, doku fonksiyonlarını ve hastalık patogenezini düzenleyen dinamik bir bileşendir. Kemik iliği yağ dokusundaki lipoliz, lösemik hücrelerin sağkalımını destekler fakat lösemi gelişimindeki birincil rolü yeterince bilinmemektedir. Akut miyeloid lösemiye (AML) yatkınlık ve çevresel kirleticilere duyarlılıkla karakterize Fanconi anemisi (FA), lösemik dönüşümü incelemek için uygun bir geçiş modelidir. 24 saatlik içsel osilasyon gösteren sirkadiyen ritimler, sağlam olsalar da hematolojik hastalıklarda disfonksiyon göstererek patolojik durumları şiddetlendirebilirler. Bu çalışmada, donör, FA ve AML hastalarından izole edilen Kİ-MKH'ler ve Kİ-yağ-MKH'lerin farklılaşma potansiyelleri ve sekretuar profilleri karşılaştırılmıştır. Karakterizasyon çalışmasını takiben, senkronize edilen ve edilmeyen Kİ-yağ-MKH'ler üzerinde moleküler analizler gerçekleştirilmiş ve sirkadiyen senkronizasyonun sağlıklı ve patolojik durumlarda hücresel fonksiyonların hizalanmasında kilit bir rol oynadığı belirlenmiştir. AhR antagonisti StemRegenin1 maruziyeti altında Kİ-yağ-MKH'lerde transkriptomik, metabolomik ve lipidomik analizler yapılmıştır. Multi-omiks yaklaşımı, genler, metabolitler ve lipitler arasındaki etkileşimleri bütüncül bir şekilde değerlendirmiştir. Sonuç olarak, AhR sinyalizasyonu ile sirkadiyen ritim arasındaki karşılıklı etkileşimler, lösemi patogenezinde Kİ-yağ-MKH'lerin olası rolünü ortaya koymakta ve sirkadiyen ritme dayalı terapiler ile transkriptomik ve metabolik hedeflere yönelik stratejik yaklaşımlar sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Bone marrow (BM) is a complex microenvironment consisting of various cell types, and bone marrow adipose tissue (BMAT) within this structure is a dynamic component that regulates tissue functions and disease pathogenesis. Lipolysis in BMAT supports the survival of leukemic cells, but its primary role in leukemia development remains insufficiently understood. Fanconi anemia (FA), characterized by susceptibility to acute myeloid leukemia (AML) and sensitivity to environmental toxins, serves as a suitable transitional model for studying leukemic transformation. Circadian rhythms, which exhibit intrinsic 24-hour oscillations, are robust but prone to dysfunction, exacerbating pathological conditions in hematological diseases. This study compared the differentiation potentials and secretory profiles of BM-mesenchymal stem cells (BM-MSCs) and BMAT-MSCs isolated from donors, FA, and AML patients. Following the characterization study, molecular analyses were performed on synchronized and unsynchronized BMAT-MSCs, demonstrating that circadian synchronization plays a crucial role in aligning cellular functions in healthy and pathological conditions. Under SR1 exposure, an AhR antagonist, transcriptomic, metabolomic, and lipidomic analyses were conducted on BMAT-MSCs. The multi-omics approach provided a holistic assessment of the interactions between genes, metabolites, and lipids. As a result, the interactions between AhR signaling and circadian rhythms revealed the potential role of BMAT-MSCs in leukemia pathogenesis and offered strategic approaches for circadian rhythm-based therapies and transcriptomic and metabolic targets.
Benzer Tezler
- Multi-omics approach to investigate the roles of xyloglucan endotransglycosylase/hydrolases (XTHs) in agriculturally important plants
Tarımsal açıdan önemli bitkilerde ksiloglukan endotransglikozilaz/hidrolaz enzimlerinin rollerinin araştırılması için multi-omiks yaklaşımı
BURCU GÜR
Doktora
İngilizce
2018
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ANDREW JOHN HARVEY
- A pathway graph kernel based multi-omics approach for patient clustering
Hasta kümelemesi için yolak çizge çekirdeği bazlı bir çoklu-omik yaklaşımı
YASİN İLKAĞAN TEPELİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSabancı ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZNUR TAŞTAN OKAN
- Computational systems biology of human viral oncogenesis
İnsan viral onkogenezisinin hesapsal sistem biyolojisi
MEDİ KORİ
Doktora
İngilizce
2021
BiyoistatistikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Systems biomedicine oriented multi-omics data integration to unveil molecular signatures and repositioned therapeutics in pituitary neuroendocrine tumors
Hipofiz nöroendokrin tümörlerde moleküler işaretçilerin ve yeniden konumlandırılmış terapötiklerin sistem biyotıp odaklı çoklu omik veri entegrasyonu ile araştırılması
BÜŞRA AYDIN
Doktora
İngilizce
2021
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Investigation of the candidate tumor suppressor gene CTCF using multi-omics data mining
CTCF aday tümör süpresör geninin multi-omik veri madenciliği ile araştırılması
ESRA DURSUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Biyoistatistikİstanbul Medipol ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KIVANÇ KÖK