Deciphering the structural stability and oligomeric state of the HERC5 HECT domain by saxs
HERC5 hect alaninin yapisal kararliliğinin ve oligomerik durumunun SAXS ile çözülmesi
- Tez No: 935236
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖNDER METİN, DR. ÇAĞDAŞ DAĞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Biyokimya, Biyofizik, Chemistry, Biochemistry, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ISG15, interferonla uyarılan gen 15, tip I interferon (IFN) tarafından indüklenen ubikitin benzeri bir proteindir. ISG15'in hücre içindeki işlevleri ve etkileşimleri iki ubikitin benzeri alan tarafından belirlenir. Ubikitine benzer şekilde ISG15, ISGilasyon olarak bilinen E1-E2-E3 enzim kompleksinin etkisiyle hücresel proteinlere bağlanır. HERC5 (E3 Ubiquitin Protein Ligaz 5 İçeren HECT ve RLD Alanı) , ISG15'in konjugasyonunda kritik bir rol oynayan ve viral replikasyonu inhibe ederek antiviral yanıtı artıran bir E3 ubikitin ligazdır. HECT (E6-AP Karboksil Sonuna Homolog) alanı, HERC5'in 944. pozisyonda sisteinin katalitik bağlanması yoluyla konjugasyon sürecini katalize eden alanlarından biridir. Başlangıç bölgesi ve HECT bölgesinin uzunluğu konusunda bir fikir birliği yoktur. Bazı araştırmacılar bu bölgeye ek bir N-terminal alfa heliks yapısının dahil edilmesini önermişlerdir. Bölüm 2'de, HERC5 HECT alanının sınırlarının kararlılığı etkileyen faktörleri araştırmak için farklı ifade plazmidleri (pQE-60, pET42), füzyon etiketleri (SUMO,GST), ifade konakçıları (pQE-60 ve pET42 için E. coli Rosetta 2 suşu ve pQE-60 için Gami suşu), bir dizi sıcaklık (30°C, 25°C, 21°C ve 16°C) ve değişen IPTG konsantrasyonları (0,2 μM ve 0,04 μM) kullanılarak üretilmiş ve saflaştırılmıştır. Proteinler, Ni-NTA reçineli yerçekimi akışlı kolon olan afinite kromatografisi ile saflaştırılmıştır. Tüm örnekler %15'lik jellerle sodium dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi ile analiz edilmiştir. HERC5'in HECT alanına özgü oligomerizasyon kapasitesi tam olarak açıklığa kavuşturulmamıştır. Bölüm 3'te, HERC5 HECT afinite kromatografisi ve boyut dışlama kromatografisi (SEC) saflaştırılmış, ardından çözeltideki moleküler organizasyonu ve oligomeric durumu, küçük açılı X-ışını saçılma (SAXS) ile karakterize edilmiştir. Sürdürülebilir enerji üretimi ve çevre korumanın yaygınlaşmasıyla birlikte, metal içermeyen fotokatalizörlerin kullanımı birçok kimyasal dönüşümde giderek daha önemli hale gelmiştir. Grafit karbon nitrür (g-CN), 2,7 eV civarında bant aralığına sahip, metal içermeyen, kimyasal ve fiziksel kararlılığa sahip bir yarı iletken fotokatalizördür. Tüm bu özelliklerinin yanı sıra, g-CN'nin hızlı yük foto-indüklenmiş taşıyıcı rekombinasyonu, zayıf görünür ışık absorbsiyonu gibi bazı eksiklikleri vardır. Bunu ele almak için, kusur mühendisliği kullanılarak elde edilen azot boşlukları modifiye edilmiş grafitik karbon nitrür (Nk-gCN) sentezi ortaya çıkmıştır. Bölüm 4'te, g-CN ve Nk g-CN'nin morfolojik, yapısal ve optik özellikleri X-Işını Kırınımı (XRD), Geçirimli Elektron Mikroskobu (TEM), Yüksek Açılı Açısal Karanlık Alan (HAADF)-Taramalı Tem, Element haritalama, X-ışını Fotoelektron Spektroskopisi (XPS), UV-Vis-NIR Dağınık Yansıma Spektroskopisi (DRS) ve Fotolüminesans (PL) ile karakterize edilmiş ve karşılaştırılmıştır. Benzil alkolün benzaldehite seçici oksidasyonu gCN ve Nv-gCN fotokatalizörü kullanılarak başarıyla gerçekleştirilmiştir. GC-MS (Gaz Kromatografisi- Kütle Spektroskopisi) ile yapılan kalitatif analiz kullanılarak oksidasyon reaksiyonları için gCN ve N-vacancy g-CN'nin verimliliğini ve seçiciliğini karşılaştırmıştır.
Özet (Çeviri)
ISG15, interferon-stimulated gene 15, is a ubiquitin-like protein induced by type I interferon (IFN). The functions and interactions of ISG15 within the cell are determined by two tandem ubiquitin-like domains. Similar to ubiquitin, ISG15 binds to cellular proteins via the action of the E1-E2-E3 enzyme complex, known as ISGylation. HERC5 (HECT And RLD Domain Containing E3 Ubiquitin Protein Ligase 5) is an E3 ubiquitin ligase that plays a critical role in the conjugation of ISG15 and enhances the antiviral response by inhibiting viral replication. The HECT (Homologous to the E6-AP Carboxyl Terminus) domain is the one of the domains of HERC5 that catalyzes the conjugation process via catalytic binding of cysteine at the 944th position. There is no consensus regarding the initiation site and the length of the HECT region. Some researchers have proposed the inclusion of an additional N-terminal alpha helix structure within this region. In Chapter 2, HERC5 HECT domain were produced and purified using different expression plasmids (pQE-60, pET42), fusion tags (SUMO, GST), expression hosts (E. coli Rosetta 2 strain for both pQE-60 and pET42, and Gami strain for pQE-60), a range of temperatures (30°C, 25°C, 21°C, and 16°C), and varying IPTG concentrations (0.2 μMand 0.04 μM) to investigate factors affecting the stability of the boundaries of the HECT domain. Proteins were purified by affinity chromatography, the gravity-flow column with Ni-NTA resin. All samples were visualized by sodium dodecyl-sulfate polyacrylamide gel electrophoresis with 15% gels.
Benzer Tezler
- Biointerfacial mechanical modulation of model lipid membranes by gramicidin D: A quartz crystal microbalance with dissipation analysis
Gramisidin D'nin model lipid membranlarda biyoarayüzeysel mekanik modülasyonunun disipasyonlu kuvars kristal mikroterazi analizi
ŞEBNEM SEHERLER
Doktora
İngilizce
2026
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DR. ÖĞR. ÜYESİ ABDULHALİM KILIÇ
- Total synthesis of biologically active fungal natural products daldiquinone and bulgarien, and intramolecular diels-alder reactions for fluoranthene synthesis
Biyolojik aktiviteye sahip daldikinon ve bulgarein mantar doğal ürünlerinin total sentezi ve intramoleküler diels-alder tepkimeleri kullanarak floranten türevlerinin sentezi
DILGAM AHMADLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Kimyaİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YUNUS EMRE TÜRKMEN
- Türkiye üzerinde rüzgar şiddetinin ekstrem değer analizi ve sinoptik paternlerle ilişkisi
Analyzing extreme winds over Turkey and their relationships with synoptic patterns using cluster analysis
UMUT GÜL BAŞAR GÖRGÜN
Doktora
Türkçe
2024
Meteorolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMeteoroloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞÜKRAN SİBEL MENTEŞ
- A robust framework covering measures developed using EVM metric against jamming attacks in next-generation communication systems
Yeni nesil haberleşme sistemlerinde karıştırma saldırılarına karşı EVM metriği kullanılarak geliştirilen önlemleri kapsayan güçlü bir çerçeve
CEM ÖRNEK
Doktora
İngilizce
2024
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT KARTAL
- Deciphering the structure, localization and interaction partners of DNF2 in symbiotic nitrogen fixation
Simbiyotik azot fiksasyonunda DNF2'nin yapısı, lokalizasyonu ve etkileşim ortaklarının çözülmesi
HELİN SU METE
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Bilim ve TeknolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR ÖZTAŞ