Gastroenterit semptomu olan hastaların dışkılarında enterik adenovirüslerin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu
Determination and molecular characterization of enteric adenoviruses in the stool samples of patients with gastroenteritis symptoms
- Tez No: 941959
- Danışmanlar: PROF. DR. SEDA TEZCAN ÜLGER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Mersin Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 57
Özet
Viral gastroenteritlerin başlıca kaynakları: rotavirüs, enterik adenovirüs, norovirüs ve astrovirüslerdir. Rotavirüsler ve enterik adenovirüsler viral patojen kaynaklı akut gastroenterit etiyolojisinde ön sıralarda bulunurken bunları diğer viral patojen olan norovirüsler ve astrovirüsler takip etmektedir. Bugüne kadar adenovirüsler için 100'den fazla serotip tanımlanmıştır. Bu serotiplerden en az 52 tanesi insanlarda hastalık oluşturmaktadır. İnsan adenovirüsleri (HAdV) arasında, HAdV-F40/41, gastroenterit ile ilişkilendirilmiştir. Bu tez çalışmasında, Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'ne gastroenterit semptomları ile başvuran veya akut gastroenterit tanısı ile yatışı yapılmış hastalara ait dışkı örneklerinde HAdV'lerin hexon gen bölgesi hedeflenerek moleküler olarak saptanması ve sonrasında filogenetik analiz ile moleküler karakterizasyonu yapılarak tiplendirilmesi amaçlandı. Çalışmaya, Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Bakteriyoloji ve Parazitoloji Laborotuvarına gelen ishalli hastalara ait 259 sulu dışkı örneği dahil edildi. Dışkı örneklerinden innuPREP Virus DNA/RNA Kit (IST Innuscreen GmbH, Almanya) kullanılarak nükleik asit izolasyonu gerçekleştirildi. HAdV genomununun hekzon gen bölgesini hedefleyen spesifik primer dizileri kullanılarak PCR amplifikasyonu gerçekleştirildi. Elde edilen PCR ürünleri, işaretli dideoksinükleotidleri içeren“Bigdye Terminator v3.1 Cycle Sequencing kit”(Applied Biosystems, ABD) kullanarak, sense ve antisense zinciri“Cycle Sequence”PCR'ı yapıldı. Reaksiyon ürünlerinin elektroforez işlemi“ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer”(Applied Biosystems, ABD) otomatize DNA dizi analizi cihazında gerçekleştirildi. Dizisi çıkarılan örnekler, NCBI (National Center for Biotechnology Information)-BLAST (the Basic Local Alignment Search Tool) programına yüklendi ve Gen-Bankası veri tabanında yayınlanmış referans dizi verileri ile karşılaştırılarak olası HAdV tiplendirilmesi yapıldı. PCR sonucunda toplam 259 örneğin 6'sında (%2,31) pozitif kontrol hizasında bant elde edildi. Düzenlemesi yapılan dizi analizi verilerinin BLAST, NCBI veritabanında karşılaştırılması ile 4 örneğin HAdV-F41 ve 1 örneğin HAdV-B3 olduğu belirlendi. Elde edilen veriler ile gastrointestinal semptomu olan hastaların dışkı örneğinde HAdV görülme sıklığı belirlendi. Enterik kanalda da HAdV-F41 ve HAdV-B3'ün sirküle olan genotipler arasında olduğu gösterildi. Dizi analizi ile genotipleri belirlenen HAdV izolatları, gastroenterit olgularında HAdV'lerin moleküler epidemiyolojisine önemli katkı sağlamıştır.
Özet (Çeviri)
The main sources of viral gastroenteritis are rotavirus, enteric adenovirus, norovirus and astrovirus. Rotaviruses and enteric adenoviruses are at the forefront in the etiology of acute gastroenteritis caused by viral pathogens, while other viral pathogens such as norovirus and astroviruses follow them. To date, more than 100 serotypes of adenoviruses have been identified. At least 52 of these serotypes cause disease in humans. Among human adenoviruses (HAdV), HAdV-F40/41 have been associated with gastroenteritis. In this thesis study, it was aimed to molecular detection of HAdVs by targeting the hexon gene region in stool samples of patients who applied to Mersin University Faculty of Medicine Hospital with gastroenteritis symptoms or were hospitalized with a diagnosis of acute gastroenteritis, and then to typing them by molecular characterization with phylogenetic analysis. Totally, 259 watery stool samples of diarrheal patients who came to Mersin University Faculty of Medicine Hospital, Department of Medical Microbiology, Bacteriology and Parasitology Laboratory were included in the study. Nucleic acid isolation was performed from stool samples using the innuPREP Virus DNA/RNA Kit (IST Innuscreen GmbH, Germany). PCR amplification was performed using specific primer sequences targeting the hexon gene region of the HAdV genome. Sense and antisense strand“Cycle Sequence”PCR was performed on the obtained PCR products using the“Bigdye Terminator v3.1 Cycle Sequencing kit”(Applied Biosystems, USA) containing labeled dideoxynucleotides. Electrophoresis of the reaction products was performed on the“ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer”(Applied Biosystems, USA) automated DNA sequence analysis device. The sequenced samples were loaded into the NCBI (National Center for Biotechnology Information)-BLAST (the Basic Local Alignment Search Tool) program and compared with the reference sequence data published in the GenBank database to perform possible HAdV typing. As a result of PCR, a band was obtained in the positive control alignment in 6 out of 259 samples (2.31%). By comparing the edited sequence analysis data with BLAST and NCBI database, it was determined that 4 samples were HAdV-F41 and 1 sample was HAdV-B3. The obtained data showed the frequency of HAdV in stool samples of patients with gastrointestinal symptoms. HAdV-F41 and HAdV-B3 were also determined as circulating genotypes in the enteric tract. HAdV isolates whose genotypes were determined by sequence analysis made a significant contribution to the molecular epidemiology of HAdVs in gastroenteritis cases.
Benzer Tezler
- Gastroenterit semptomu olan hastaların dışkılarında koronavirüslerin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu
Detection and molecular characterization of coronaviruses in the stools of patients with gastroenteritis symptom
ŞEYMA AKBULUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
MikrobiyolojiMersin ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEDA TEZCAN ÜLGER
- Gebeliğin intrahepatik kolestazında ursodeoksikolik asit tedavisinin maternal serumdaki inflamasyon parametreleri üzerine etkisi
The effect of ursodeoxycholic acid treatment on inflammation parameters in maternal serum in intrahepatic cholestasis of pregnancy
MELİS ECE MEN PEKER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Kadın Hastalıkları ve DoğumSağlık Bilimleri ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK ŞAHİN
- Miyokardit tanısı almış hastaların klinik, etyolojik ve diagnostik özelliklerinin restrospektif değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of clinical, etiological and diagnostic features of patients diagnosed with myocarditis
HİLAL YILMAZCAN BOZKURT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıDokuz Eylül ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA KIR
- Kliniğimizde takip edilen intrahepatik kolestazlı gebelerin ve sağlıklı gebelerin ilk trimester hemogram parametrelerinden inflamatuar belirteçlerin karşılaştırılması
A comparison of inflammatory markers from the first trimester hemogram parameters of pregnancy with intrahepatic cholestas and healthy pregnancy followed in our clinic
OKTAY ŞAHİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Kadın Hastalıkları ve DoğumSağlık BakanlığıKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ARZU YAVUZ
- Ultrasonografide mezenterik lenfadenit saptanan hastaların değerlendirilmesi
Evaluation of patients determined to have mesenteric lymphadenitis by ultrasonography
OĞUZHAN DOĞAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
ÖĞR. GÖR. MELAHAT MELEK OĞUZ