Bioinformatics and statistical analysis of recombinant and non-recombinant omicron sars-cov-2 subvariants for more effective vaccine, anti-viral molecule, and surveillance development
Daha etkili aşı, anti-viral molekül, survilas geliştirilmesi için rekombinant ve rekombinant olmayan omicron-sars-cov2 alt soylarının moleküler evrimlerinin biyoinformatik ve istatistiksel yöntemler ile analiz edilmesi
- Tez No: 958554
- Danışmanlar: PROF. DR. EFE SEZGİN, DOÇ. DR. NUR BAŞAK SÜRMELİ ERALTUĞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 146
Özet
COVID-19'un ortaya çıkmasıyla birlikte SARS-CoV-2 virüsü birçok değişim geçirmiştir ve bunun sonucunda Alfa, Beta, Gama, Delta ve Omikron gibi çeşitli varyantlar ortaya çıkmıştır. Şu anda tespit edilen varyantların hepsi Omikron varyantına aittir ve en yüksek bulaşıcılık ile bildirilen varyant olma özelliğini sürdürmektedir. Bunun yanında, rekombinant suşlar da virüsün evriminde ve genetik çeşitlilik sağlamada önemli bir yere sahiptir. Hipotezimiz, Omikron rekombinant suşlarının ebeveynlerine göre farklı bir evrimsel süreçten geçtiğini popülasyon genetiği ve moleküler evrim analizleri yaparak göstermektir ve bu sayede pandemiye yol açabilecek bu suşlara karşı aşı/ilaç veya sürvilans metotları geliştirilmesine katkıda bulunmaktır. Bu doğrultuda, uygulanan testler ve analizlerden elde edilen bulgulara göre 8 rekombinantın çoğunda negatif seçilimin etkili olduğu görülmüştür. Gözlemlenen mutasyonların çoğu Spike gen bölgesinin RBD kısmındadır ve bunların immün kaçışı sağlayan ve enfeksiyonu etkileyen mutasyonlar olduğu bulunmuştur. Ayrıca, Spike gen bölgesindeki sinonim olmayan değişimlerin ve negatif Tajima, Fu ve Li değerlerinin suşların ortadan kaybolmasına katkıda bulunduğu ortaya çıkarılmıştır. Spike bölgesinin en korunmuş bölgelerden olması ve yapılan analizler sonucunda rekombinant suşlarla ilgili önemli bulgular vermesine dayanarak Spike geninin rekombinant suşlarda aşı/ilaç, sürvilans metotları geliştirmede potansiyel hedef olabileceği öngörülmektedir.
Özet (Çeviri)
With the emergence of COVID-19, the SARS-CoV-2 virus has undergone many changes, resulting in various variants such as Alpha, Beta, Gamma, Delta, and Omicron. Currently, all identified variants belong to the Omicron variant which continues to be reported as the variant with the highest transmissibility. Additionally, recombinant strains play an important role in the evolution of the virus and in providing genetic diversity. Our hypothesis is to demonstrate that Omicron recombinant strains have gone through a different evolutionary process compared to their predecessors by conducting population genetics and molecular evolution analyses, thereby contributing to the development of vaccines/medications or surveillance methods against these strains that could lead to a pandemic. In this regard, according to the findings obtained from the tests and analyses conducted, it has been observed that negative selection is effective in most of the 8 recombinants. Most of the observed mutations are in the RBD part of the Spike gene region, and it has been found that these are mutations that provide immune escape and affect infection. Additionally, it has been revealed that non-synonymous changes in the Spike gene region and negative Tajima's, Fu, and Li's values have contributed to the disappearance of the strains. Since the Spike region is one of the most conserved areas and the significant findings it provides regarding recombinant strains as a result of the analyses, it is anticipated that the Spike gene could be a potential target for developing vaccines/drugs and surveillance methods in recombinant strains.
Benzer Tezler
- Isolation and characterization of a novel tyrosinase enzyme from native bacterial straine, production of the enzyme by cloning, characterization of the recombinant enzyme and analysis of its biotechnological applications such as production of l-dopa and melanin
Doğal bakteri suşlarından tirozinaz enzim izolasyonu, karakterizasyonu, üretici genin klonlanması, rekombinant enzimin karakterizasyonu ve l-dopa ve melanin üretimi gibi biyoteknolojide kullanılabilirliği
EBRAHİM VALİPOUR
Doktora
İngilizce
2015
BiyolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURHAN ARIKAN
- Epetraborole antibiyotiği ve escherichia coli ilişkisinin omik yaklaşımlarla araştırılması
Investigation of the relationship between epetraborole antibiotic and escherichia coli by omics approaches
ANARA BABAYEVA
- Transcriptomic and physiological meta-analysis of multiple stress-resistant Saccharomyces cerevisiae strains
Çoklu streslere dayanıklı Saccharomyces cerevisiae suşlarının transkriptomik ve fizyolojik meta-analizi
ABDULKADİR ÖZEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
DOÇ. DR. MEHMET BAYSAN
- Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde WOX gen ailesi üyelerinin genom düzeyinde tanımlanması ve tuz stresi sırasında ifade profilleri
Genome-wide identification of WOX gene family members in Phaseolus vulgaris L. and their expression profiling during salt stress
SİMAY EZGİ AKBULUT
- İstmoselli olgularda endometrial mikrobiyatada oluşan değişikliklerin araştırılması
Investigation of changes in endometrial microbiota in isthmoseli cases
EMRULLAH SEZER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Kadın Hastalıkları ve DoğumSakarya ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARİF SERHAN CEVRİOĞLU