Geri Dön

Bioinformatics and statistical analysis of recombinant and non-recombinant omicron sars-cov-2 subvariants for more effective vaccine, anti-viral molecule, and surveillance development

Daha etkili aşı, anti-viral molekül, survilas geliştirilmesi için rekombinant ve rekombinant olmayan omicron-sars-cov2 alt soylarının moleküler evrimlerinin biyoinformatik ve istatistiksel yöntemler ile analiz edilmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 958554
  2. Yazar: MELİSCAN ARLI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. EFE SEZGİN, DOÇ. DR. NUR BAŞAK SÜRMELİ ERALTUĞ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: COVID 19, COVID 19
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

COVID-19'un ortaya çıkmasıyla birlikte SARS-CoV-2 virüsü birçok değişim geçirmiştir ve bunun sonucunda Alfa, Beta, Gama, Delta ve Omikron gibi çeşitli varyantlar ortaya çıkmıştır. Şu anda tespit edilen varyantların hepsi Omikron varyantına aittir ve en yüksek bulaşıcılık ile bildirilen varyant olma özelliğini sürdürmektedir. Bunun yanında, rekombinant suşlar da virüsün evriminde ve genetik çeşitlilik sağlamada önemli bir yere sahiptir. Hipotezimiz, Omikron rekombinant suşlarının ebeveynlerine göre farklı bir evrimsel süreçten geçtiğini popülasyon genetiği ve moleküler evrim analizleri yaparak göstermektir ve bu sayede pandemiye yol açabilecek bu suşlara karşı aşı/ilaç veya sürvilans metotları geliştirilmesine katkıda bulunmaktır. Bu doğrultuda, uygulanan testler ve analizlerden elde edilen bulgulara göre 8 rekombinantın çoğunda negatif seçilimin etkili olduğu görülmüştür. Gözlemlenen mutasyonların çoğu Spike gen bölgesinin RBD kısmındadır ve bunların immün kaçışı sağlayan ve enfeksiyonu etkileyen mutasyonlar olduğu bulunmuştur. Ayrıca, Spike gen bölgesindeki sinonim olmayan değişimlerin ve negatif Tajima, Fu ve Li değerlerinin suşların ortadan kaybolmasına katkıda bulunduğu ortaya çıkarılmıştır. Spike bölgesinin en korunmuş bölgelerden olması ve yapılan analizler sonucunda rekombinant suşlarla ilgili önemli bulgular vermesine dayanarak Spike geninin rekombinant suşlarda aşı/ilaç, sürvilans metotları geliştirmede potansiyel hedef olabileceği öngörülmektedir.

Özet (Çeviri)

With the emergence of COVID-19, the SARS-CoV-2 virus has undergone many changes, resulting in various variants such as Alpha, Beta, Gamma, Delta, and Omicron. Currently, all identified variants belong to the Omicron variant which continues to be reported as the variant with the highest transmissibility. Additionally, recombinant strains play an important role in the evolution of the virus and in providing genetic diversity. Our hypothesis is to demonstrate that Omicron recombinant strains have gone through a different evolutionary process compared to their predecessors by conducting population genetics and molecular evolution analyses, thereby contributing to the development of vaccines/medications or surveillance methods against these strains that could lead to a pandemic. In this regard, according to the findings obtained from the tests and analyses conducted, it has been observed that negative selection is effective in most of the 8 recombinants. Most of the observed mutations are in the RBD part of the Spike gene region, and it has been found that these are mutations that provide immune escape and affect infection. Additionally, it has been revealed that non-synonymous changes in the Spike gene region and negative Tajima's, Fu, and Li's values have contributed to the disappearance of the strains. Since the Spike region is one of the most conserved areas and the significant findings it provides regarding recombinant strains as a result of the analyses, it is anticipated that the Spike gene could be a potential target for developing vaccines/drugs and surveillance methods in recombinant strains.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    112545

    Modeling cellular processes with patika

    Patika ile hücresel olayların incelenmesi

    EMEK DEMİR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2001

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. RENGÜL ÇETİN ATALAY

  2. Tez No

    123972

    “Subtractive”hibridizasyon kütüphanesinden izole edilen ve kalp gelişiminde önemli rolü olduğu düşünülen genlerin analizi

    Analysis of the genes from a subtractive hybridization library that are suspected to have a role in cardiogenesis

    BİLGE ŞADAN ÖZSAİT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    Tıbbi Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NİHAN ÜNALTUNA

  3. Tez No

    128510

    Structure prediction A. thaliana G protein alpha subunit using bioinformatics tools based on sequence alignments

    Dizi eşleşmelerine bağlı biyoinformatik araçlar kullanılarak A. thaliana G protein alfa alt biriminin yapısının belirlenmesi

    MERT ŞAHİN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    BiyolojiSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ZEHRA SAYERS

    YRD. DOÇ. DR. UĞUR SEZERMAN

  4. Tez No

    129429

    Native state dynamics and recognition/bending processes in globular proteins

    Globüler proteinlerde doğal hal dinamiği ve tanıma/bağlanma süreçleri

    NEŞE KURT

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    KimyaBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU

  5. Tez No

    129385

    Analysis of genetic network using graph matching

    Genetik ağların öznitelikli çizge eşleme kullanılarak çözümlemesi

    YASEMİN TÜRKELİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBoğaziçi Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FİKRET GÜRGEN

    YRD. DOÇ. DR. UĞUR SEZERMAN

Geri Dön