Hepatopankreatikobiliyer malign neoplazmlarda DNA/RNA hibrid (R-loop) profili
DNA/RNA hybrid (R-loop) profile in malignant hepatopancreaticobiliary neoplasms
- Tez No: 959428
- Danışmanlar: PROF. DR. SERPİL TAHERİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: R-loop, DNA/RNA hibridleri, Kolanjiyokarsinom, Pankreatik adenokarsinom, R-loop, DNA/RNA hybrids, Cholangiocarcinoma, Pancreatic adenocarcinoma
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Gevher Nesibe Genom ve Kök Hücre Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 119
Özet
Pankreas ve biliyer sistem kanserleri sağkalımı düşük agresiv tümörlerdir. Kanser moleküler biyolojisindeki gelişmelere rağmen günümüze kadar tespit edilen genetik değişikliklerin çoğu pankreatikobiliyer kanserlerin tedavi ve tanısında önemli gelişme sağlayamamıştır. Son yıllarda yapılan çalışmalar, DNA/RNA hibridlerinin karsinogenezde önemli rolüne işaret etmektedir ve bu konuda pankreatikobiliyer kanserler ile ilgi sınırlı veriler bulunmaktadır. Literatürdeki genomik değişikliklerin pankreatikobiliyer tümör alttiplerini kapsamadığı göz önüne alındığında, çalışmamızın temelini oluşturan DNA/RNA hidrid temelli epigenetik düzenlenme önem arz etmektedir. Bu çalışmada pankreatikobiliyer tümörlerde DNA/RNA hibrid profili değişiklikleri incelenmiş ve bu tümörler için önemi araştırılmıştır. Erciyes Üniversitesi Patoloji Anabilim Dalında bulunan altı adet pankreas duktal adenokarsinomu ve bu hastalara ait normal pankreas dokuları ile birlikle dört adet intrahepatik kolanjiyokarsinom olgusuna ait taze donmuş doku örneklerinden DNA/RNA hibrid elde edilmiştir. Bu örneklere RNA sekanslama işlemi yapılmıştır. Ham dizi verilerine biyoinformatik analizler yapılarak transkriptom profili çıkarılmıştır. Tümör histolojik tipi ve sağkalım verileri ile ilişkisi araştırılmıştır. Pankreas duktal adenokarsinomu dokularında, RNASE1, ECHS1, ABHD17A, INAFM1, CEP170 B, AP5B1, DAD1, DNAJC5 EDDM3A, TUBA1B, OBI1-AS1, XXYLT1-AS1 hibrid genlerinin; intrahepatik kolanjiyokarsinom dokularında, FCGFR3B (CD16B), VSIG4, CD53, RNASE6 (RAD1), CYP1B1, RGS1, CAVIN2, CSGALNACT2 (GALNT2), FGL2, CLTRN, IGFBP1, CYP3A7, SLC2A2 (GLUT2), DEFB1, NR0B2 hibrid genlerinin artmış ekspresyonu tespit edilmiştir. Bu gen analizleri sonucunda; morfolojik benzerliklere rağmen, pankreas duktal adenokarsinomu ve intrahepatik kolanjiyokarsinom dokularında farklı hibrid gen profilleri bulunmuştur. Pankreas duktal adenokarsinomlu hastaların hibrid gen ekspresyon profilinde kümelenme eğilimi olmasına rağmen, tümör heterojenliği mevcuttur. İntrahepatik kolanjiyokarsinomların büyük duktus ve küçük duktus alt tipleri benzer hibrid gen ekspresyon paternleri göstermiştir. İntrahepatik kolanjiyokarsinomlar, inflamasyon ve metabolik yolaklar ile ilişkili yüksek düzeyde hibrid gen ekspresyon paterni göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Pancreatic and biliary system cancers are aggressive tumors with low survival rates. Despite advances in the molecular biology of cancer, most of the genetic changes detected to date has not yet made significant progress in the diagnosis and treatment of pancreaticobiliary cancers. Recent studies have highlighted the important role of DNA/RNA hybrids in carcinogenesis, however there is limited data regarding pancreaticobiliary cancers. Considering that the genomic alterations in the literature do not cover pancreaticobiliary tumor subtypes, DNA/RNA hydrid-based epigenetic regulation, which forms the basis of our study, is of importance. In this study, we investigated DNA/RNA hybrid profile changes and its significance in pancreaticobiliary tumors. Increased expression of RNASE1, ECHS1, ABHD17A, INAFM1, CEP170 B, AP5B1, DAD1, DNAJC5 EDDM3A, TUBA1B, OBI1-AS1, XXYLT1-AS1 hybrid genes was detected in pancreatic ductal adenocarcinoma tissues; and increased expression of FCGFR3B (CD16B), VSIG4, CD53, RNASE6 (RAD1), CYP1B1, RGS1, CAVIN2, CSGALNACT2 (GALNT2), FGL2, CLTRN, IGFBP1, CYP3A7, SLC2A2 (GLUT2), DEFB1, NR0B2 hybrid genes was detected in intrahepatic cholangiocarcinoma tissues. DNA/RNA hybrids were obtained from fresh-frozen tissue samples from six pancreatic ductal adenocarcinomas, their corresponding normal pancreatic tissues, and four intrahepatic cholangiocarcinomas at the Department of Pathology at Erciyes University. These samples were subjected to DNA/RNA hybrid isolation. RNA sequence was done to extract transcriptome profile. The performance of bioinformatic analyses and raw sequence data were analyzed to determine transcriptome profiles. The correlation with tumor histologic type and survival data was evaluated. This gene analysis revealed distinct hybrid gene profiles in pancreatic ductal adenocarcinoma and intrahepatic cholangiocarcinoma tissues, despite their morphological similarities. Although there was a tendency for clustering in the hybrid gene expression profile of patients with pancreatic ductal adenocarcinoma, tumor heterogeneity was present. Large duct and small duct subtypes of intrahepatic cholangiocarcinoma showed similar hybrid gene expression patterns. Intrahepatic cholangiocarcinomas exhibited high levels of hybrid gene expression patterns associated with inflammation and metabolic pathways.
Benzer Tezler
- Manyetik rezonans kolanjiopankreatografide izlenen biliyer morfolojik değişikliklerin pankreatikobiliyer hastalıklar ile ilişkisi
The relationship between the biliary morphological changes observed in magnetic resonance cholangiopancreatography and pancreaticobiliary diseases
ESRA EYİCE KORKMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Radyoloji ve Nükleer TıpAfyonkarahisar Sağlık Bilimleri ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜSEYİN ÇOŞKUN
- Hepatopankreatobiliyer cerrahi uygulamalarında anestezi deneyimlerimiz: Retrospektif çalışma
Our anesthetic experiences in hepatopancreatobiliary surgery: A retrospective study
MERVE GÖKÇE
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Anestezi ve ReanimasyonSağlık Bilimleri ÜniversitesiAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE SURHAN ÇINAR
- Sistemik tedavi uygulanan hepatopankreatikobiliyer sistem kanserli hastalarda kombine sistemik inflamasyon skorunun tedavi yanıtı ve prognoz üzerine etkisi
Effect of combined systemic inflammatory score on the treatment response and prognosis in hepatopancreatobiliary system cancer patients who applied systemic therapy
CİVANMERT BAYRAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
İç HastalıklarıDokuz Eylül Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLHAN ÖZTOP
- Hepatopankreatikobiliyer kanserli hastaların serumlarında TFPI2 gen metilasyon profilinin araştırılması
TFPİ2 methylation profile in serum of hepatopancreaticobiliary cancer patients
NESLİHAN ERDEM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
GastroenterolojiCelal Bayar Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELMAS KASAP
- Sevofluran, desfluran veya propofol ile genel anestezi uygulamasının yaşlı hastalarda postoperatif deliryum üzerine etkisinin karşılaştırılması
Comparison of postoperative delirium effect of general anesthesia with sevoflurane, desflurane or propofol in elderly patients
ELİF BEYZA BASKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Anestezi ve ReanimasyonAnkara ÜniversitesiAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YEŞİM BATİSLAM
ÖĞR. GÖR. SÜHEYLA KARADAĞ ERKOÇ
ÖĞR. GÖR. VOLKAN BAYTAŞ