Neoadjuvan kemoterapi alan meme kanseri hastalarında tedavi öncesi ve sonrası DNA metilasyon seviyelerinin araştırılması
Investigation of DNA methylation levels before and after treatment in breast cancer patients receiving neoadjuvant chemotherapy
- Tez No: 972956
- Danışmanlar: PROF. DR. ENDER MEHMET ÇOŞKUNPINAR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Genetik, Medical Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, Kemoterapötik Direnç, Metilasyon, Epigenetik, Neoadjuvan Kemoterapi, DNA metilasyonu, Genetik, Breast Cancer, Chemotherapeutic Resistance, Methylation, Epigenetics, Neoadjuvant Chemotherapy, DNA methylation, Epigenetic, Genetics
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Hamidiye Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Çeşitli kanser türlerinde neoadjuvan tedavi cerrahi başarıyı arttırma açısından büyük öneme sahiptir. Özellikle lokal ileri evre meme kanseri hastalarında meme korunumunun sağlanmasında etkili olduğu bilinmektedir. Kemoterapötik ajanların etkinliğini değiştiren genler, metilasyon yoluyla ekspresyon düzenlemesine uğrar. Neoadjuvan ajanların etkisini modifiye eden gen promotörlerinde artan metilasyon, gen ifadesini baskılayarak tedaviye yanıtı değiştirebilir. Çalışmamızda tedavi öncesi ve sonrası hastalarda KDM5 gen ailesi ve ilişkili genlerin metilasyon seviyelerini araştırmayı, bununla birlikte KDM5A, KDM5B ve KDM5C gen bölgelerindeki olası varyasyonları incelemeyi amaçladık. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya meme kanseri tanısı almış 20 hasta ve 30 sağlıklı birey dahil edildi. Hastalardan neoadjuvan kemoterapi (NAK) öncesi ve sonrası olmak üzere iki defa kan örneği alındı. Elde edilen DNA'larla Metilasyon-spesifik PCR (MSP) ile KDM5A, KDM5B, KDM5C, EZH2, TFAP2C, ZMYND8 ve SIN3B (Ekzon 19-20 ve 1-2) gen bölgelerinin metilasyon seviyesi, sanger dizileme ile de KDM5A, KDM5B, KDM5C gen bölgelerinin nükleotid dizileri incelendi. Proje sonucunda bir araya getirilen klinik ve moleküler veriler birleştirilerek istatistik ve biyoinformatik analizler yapıldı. Bulgular: Kısmi ve tam yanıt veren hastalarda ilgili genlerin metilasyon seviyelerindeki değişimler incelendiğinde, kısmi yanıt veren hastalarda SIN3B (ekzon 19-20), KDM5C, EZH2 ve TFAP2C genleri, tam yanıt verenlerde ise KDM5A, KDM5B, KDM5C, EZH2, TFAP2C ve SIN3B (ekzon 19-20) genleri öne çıkmıştır. Dizileme verilerinin analizi sonucunda KDM5C gen bölgesinde iki hastada sırasıyla rs41308616 ve rs971896841 varyantları heterozigot olarak tespit edildi. Sonuç: Meme kanseri hastalarında gen bölgelerine ait metilasyon düzeyleri ve genetik varyasyonların incelenmesinin hem tanı koyma sürecinde hem de tedaviye yönelik stratejilerin belirlenmesinde kullanılabilecek potansiyel biyobelirteçler olarak değerlendirilebileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Aim: Neoadjuvant therapy is crucial for improving surgical success in various cancer types. It is known to be particularly effective in achieving breast preservation in patients with locally advanced breast cancer. Genes that modulate the effectiveness of chemotherapeutic agents undergo expression regulation through methylation. Increased methylation in gene promoters that modifies the effects of neoadjuvant agents can alter treatment response by suppressing gene expression. In our study, we aimed to investigate the methylation levels of the KDM5 gene family and related genes in patients before and after treatment, as well as to examine potential variations in the KDM5A, KDM5B, and KDM5C gene regions. Materials and Methods: The study included 20 patients diagnosed with breast cancer and 30 healthy individuals. Blood samples were taken from the patients twice, before and after neoadjuvant chemotherapy (NAC). The obtained DNA samples were analyzed using methylation-specific PCR (MSP) to determine the methylation levels of the KDM5A, KDM5B, KDM5C, EZH2, TFAP2C, ZMYND8, and SIN3B (Exons 19-20 and 1-2) genes. The nucleotide sequences of the KDM5A, KDM5B, and KDM5C genes were analyzed using Sanger sequencing. The clinical and molecular data gathered as a result of the project were combined, and statistical and bioinformatic analyses were performed. Results: When changes in methylation levels of relevant genes were examined in patients with partial and complete responses, SIN3B (exon 19-20), KDM5C, EZH2, and TFAP2C genes were prominent in patients with partial responses, while KDM5A, KDM5B, KDM5C, EZH2, TFAP2C, and SIN3B (exon 19-20) genes were prominent in patients with complete responses. Analysis of sequencing data revealed heterozygous variants at rs41308616 and rs971896841 in the KDM5C gene region in two patients, respectively. Conclusion: Examining the methylation levels and genetic variations of these gene regions, which exhibit significant differences in breast cancer patients, may be considered as potential biomarkers for both diagnostic purposes and treatment strategy determination.
Benzer Tezler
- Neoadjuvan kemoterapi alan meme kanseri hastalarında Prognostik Beslenme Indeksi (PNI) ve PNI değişiminin prognostik önemi
Prognostic Nutritional Index (PNI) and prognostic significance of PNI change in breast cancer patients receiving neoadjuvant chemotherapy
CEMRE ÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
OnkolojiAkdeniz Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ MURAT TATLI
- Neoadjuvan kemoterapi alan aksilla pozitif meme kanseri hastalarında platelet/lenfosit ve nötrofil/lenfosit oranlarının aksiller tam yanıtı öngörmedeki prediktif değeri
Predictive value of platelet/lymphocyte and neutrophil/lymphocyte ratios in prediction of complete axillary response in axilla-positive breast cancer patients receiving neoadjuvant chemotherapy
SALİH YILMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Genel CerrahiTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NAMIK ÖZKAN
- Neoadjuvan kemoterapi tedavisi alan lokal ileri meme kanserlerinde tedavi yanıtını değerlendirmede difüzyon ağırlıklı manyetik rezonans görüntüleme ve adc değeri
Diffusion-weighted magnetic resonance imaging and adc values in assessing treatment response in locally advanced breast cancers receiving neoadjuvant chemotherapy
LEYLA TURGUT ÇOBAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Radyoloji ve Nükleer TıpVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURŞEN TOPRAK
- Neoadjuvan kemoterapi alan meme kanseri hastalarında makine öğrenim modelleri kullanılarak patolojik yanıt öngörülebilir mi?
Can pathological response be predicted using machine learning models in breast cancer patients receiving neoadjuvant chemotherapy?
SELEN ÖZTÜRK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Genel CerrahiSağlık Bilimleri ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
DR. OZAN BARIŞ NAMDAROĞLU
DR. ÖĞR. ÜYESİ MELİKE KARATAY
- Lokal ileri neoadjuvan tedavi alan meme kanserli hastalarda radyolojik olarak ölçülen sarkopeninin tedavi yanıtına olan etkisi
In breast cancer patients receiving locally advanced neoadjuvant therapy the effect of radiologically measured sarcopenia on treatment response
ÖZGE DENİZ KARACA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
OnkolojiSağlık Bilimleri Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA YILDIZ