Molecular and clonal characterization of oxaliplatin-resistant hct116 and cetuximab-resistant lim1215 colorectal cancer cell lines under continuous and intermittent drug exposure using cellular dna barcoding technology
Hücresel dna barkodlama teknolojisiyle sürekli ve aralıklı ilaç muamelesi altında oksaliplatin dirençli hct116 ve setuksimab dirençli lim1215 kolorektal kanser hücrelerinin moleküler ve klonal karakterizasyonu
- Tez No: 973728
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AHMET ACAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Toplumda en sık görülen kanser türlerinden biri olan kolorektal kanser (KRK), uygulanan tedavi yöntemlerinin gelişmişliğine rağmen, zaman içinde bu tedavilere karşı gelişen direnç sebebiyle ölümcül vakalarla sonuçlanmaktadır. Kolorektal kanser hastalarında gözlenen ilaç direnci mekanizmalarının aydınlatılması, hastalığın daha agresif hale gelmesini ve ilerlemesini önlemede büyük önem taşımaktadır. Sürekli ilaç uygulanması gibi mevcut tedavi stratejilerinin yanı sıra, aralıklı tedavi olarak bilinen yeni bir terapi yaklaşımı, tümör hücrelerinin ilaç altındaki büyüme dinamiklerini göz önünde bulundurarak oluşabilecek ilaç direncinin geciktirilmesini ve tümörün büyümesinin kontrol altına alınmasını amaçlar. Aynı zamanda, kanser hastalığının heterojen yapısı göz önüne alındığında, ilaç direncinin kökenini anlayabilmek için direnç süreci boyunca değişen klonal dinamikleri ortaya çıkarmak oldukça önemlidir. Bu projenin odak noktası, sürekli ve aralıklı olarak sırasıyla oksaliplatin ve setuksimab ilaçlarıyla muamele gören HCT116 ve LIM1215 kolorektal kanser hücre hatlarındaki zaman içerisinde direnç gelişimi süresince meydana gelen moleküler ilaç direnç mekanizmalarını aydınlatmak ve değişen klonal dinamikleri araştırmaktır. Klonal dinamiklerdeki değişiklikleri gözlemleyebilmek için yeni bir yaklaşım olan hücresel DNA barkodlama teknolojisi, ilaç direnci mekanizmalarını ortaya çıkarmak için hücreleri barkodlamak amacıyla kullanıldı. HCT116 ve LIM1215 hücrelerinde ilaç direncinin gelişmesinin ardından, ilaca dirençli hücrelerin mutasyon profilleri Tüm Ekzon Dizileme (WES) yöntemi kullanılarak karakterize edildi ve transkriptomik değişiklikler RNA dizileme analizi ile belirlendi. Bunların yanı sıra, birinci basamak ilaç dirençli hücrelerin ikincil ilaçlara karşı kazanılmış duyarlılığı kapsamlı bir ilaç tarama testi ile değerlendirildi.
Özet (Çeviri)
Colorectal cancer (CRC), one of the most common types of cancer in society, results in fatal cases due to treatment resistances that develop over time, despite the advancements in treatment strategies. Elucidating the mechanisms of drug resistance observed in colorectal cancer patients holds significant importance in preventing the disease from becoming more aggressive and progressing. In addition to existing treatment strategies such as continuous drug administration, a new therapy approach known as intermittent therapy aims to delay the onset of potential drug resistance and control tumour growth by considering the growth dynamics of tumour cells under drug exposure. Furthermore, considering the heterogeneous nature of cancer disease, it is important to uncover the clonal dynamics evolving throughout the resistance process for revealing the mechanisms of drug resistance. The focus of this project is to shed light on the molecular drug resistance mechanisms and to investigate the changing clonal dynamics during resistance development over time in HCT116 and LIM1215 colorectal cancer cell lines treated with oxaliplatin and cetuximab, respectively, through the implementation of continuous and intermittent treatment regimens. Cellular DNA barcoding technology, a novel approach to monitor the alterations of clonal dynamics, was employed to barcode these cells to reveal the drug resistance mechanisms. Following the development of drug resistance in HCT116 and LIM1215 cell lines, mutational profiles of drug-resistant cells were characterised using Whole Exome Sequencing (WES), and transcriptomic changes were determined through RNA sequencing analysis. Additionally, acquired sensitivity of first-line drug-resistant cells to secondary drugs were assessed by a comprehensive drug screening assay.
Benzer Tezler
- Hacıhaliloğlu kayısı çeşidinin klon seleksiyonu ve moleküler karekterizasyonu
Clonal selection and molecular characterization of hacihaliloğlu apricot variety
ÇİĞDEM YAVUZ
Doktora
Türkçe
2025
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BURHANETTİN İMRAK
- Çataloğlu kayısı çeşidinin klon seleksiyonu ve moleküler karekterizasyonu
Clonal selection and molecular characterization of çataloğlu apricot variety
DİDEM KOŞAR
Doktora
Türkçe
2025
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BURHANETTİN İMRAK
- Türkiye'de yaygın olarak yetiştiriciliği yapılan farklı sarımsak genotiplerinin morfolojik ve moleküler karakterizasyonu
Morphological and molecular characterization of commonly cultivated different garlic genotypes in Turkey
HAYRETTİN KIRAÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatErciyes ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN GÜLŞEN
- İnvaziv enfeksiyonlardan izole edilen çoklu ilaç dirençli asinetobakter suşlarında, direncin moleküler karakterizasyonu, suşlar arası klonal ilişkinin PFGE (Pulse field gel elektrophoresis) ve MLST (Multi locus sequencing typing ) ile karşılaştırılması
Molecular characterization resistance in MDR (Multi drug resistance) acinetobacter strains isolated from invasive infections, comparison of the relationship between strains with karakterizasyonu, suşlar arası klonal ilişkinin PFGE (Pulse field gel elektrophoresis) and MLST (Multi locus sequencing typing )
FERİDE AKIŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Trabzon ili foşa fındık popülasyonunda (Corylus avellana L.) klon seleksiyonu ve genetik çeşitliliğin belirlenmesi
Clonal selection and determination of genetic diversity in Trabzon province fosa hazelnut population (Corylus avellana L.)
YUSUF BİLGEN
Doktora
Türkçe
2023
ZiraatTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAŞAR AKÇA