Geri Dön

Are Inter-Simple Sequence repeats (ISSR) PCR a reliable identification method for entomological samples?

Inter-Simple Sequence tekrarları (ISSR) PCR, adli-entomolojik numuneler için güvenilir bir tanımlama yöntemi midir?

PDF İndir

  1. Tez No: 975289
  2. Yazar: FATİH TIRAŞ
  3. Danışmanlar: DR. JONATHAN PARROTT
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Adli Tıp, Forensic Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Adli bilimler, Forensic sciences
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Unıversıty Of Strathclyde
  10. Enstitü: Yurtdışı Enstitü
  11. Ana Bilim Dalı: Adli Bilimler Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Adli Tıp Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Ceset yiyen sinekler, Adli Entomologlar için önemli dedillerdir. Bu sineklerle ilişkili gelişimsel veriler, Ölüm Sonrası Aralığı (PMI) hesaplamak için kullanılır. Bu ölüm ile cesetin bulunması arasındaki geçen zamanı gösterir. Buyüzden, bu sinek türlerinin teşhisi, PMI doğru hesaplanması için kritiktir. İki ana teşhis method vardır. Bunlar morfolojik ve moleküler teşhis yöntemleridir. Morfolojik tanımlama, taksonomik anahtar kullanılarak anatomik temel özelliklere dayanır. Bu yöntem eskidir, zaman alıcıdır ve birçok dezavantajı vardır. Moleküler tanımlama yöntemleri daha doğrudur ve türleri tanımlamanın hızlı bir yoludur. Bu yöntem, türlerin genetik analizine dayanmaktadır. Genetik analiz, mitokondriyal veya nükleer genom gibi farklı kaynaklardan elde edilebilir. ISSR, genomik DNA tabanlı belirteç analizlerinden biridir. Bu teknik, adli entomolojide nispeten yenidir ve bazı türler üzerinde test edilmiştir. Bu teknik, ISSR işaretçilerinin ortak kuşatılmış bölgeleri aracılığıyla türe özgü bant desenleri üretir. Bu belirteçler çoğu organizmada mevcuttur, ancak her tür kendi bant modelini üretir ve bu tür tanımlaması için kullanılabilir. Bu amaçla İngiltere, Portsmouth'da 4 cesetçil sinek seçildi. Bunlar, Calliphora vicina, Lucilia sericata, Calliphora vomitoria and Prootophormia terranovae'dır. Sinekler yetişkin formda olup daha önceden sınıflandırılmaları yapılmıştır. Bu çalışmanın ilk amacı, türlere göre ekstrakte edilen DNA miktarındaki farklılıkların analiz edilmesidir. Bu istatistiksel analizi yapmak için istatistiksel program (Minitab 17) Nanodrop verileri üzerinde uygulandı. Bu çalışmanın temel amacı, türler için hızlı tanımlama sağlayabilecek bant örüntülerini ve türlerin yanlış yorumlanmasına neden olabilecek tür içi bantları belirlemektir. İki farklı ISSR primeri seçildi ve ISSR 2 ve ISSR 3 olarak adlandırıldı. Calliphora vicina ISSR 2 için bir potansiyel bant üretirken ISSR 3 için herhangi bir bant üretilmemiştir. Prootophormia terranovae ISSR 2 ile en potansiyel bant modelini üretti ancak ISSR 3 işaretçisi için herhangi bir potansiyel bant üretmedi. ISSR 2 ile tanımlama için 7 potansiyel bant vardı. Bu bantlar, küçük örneklemde ve az popülasyon ile analiz edildi. Artan numune ve popülasyon sayısı ile ISSR tanımlaması daha karmaşık hale gelebilir.

Özet (Çeviri)

Necrophagous flies are key pieces of evidence for forensic entomologists. The developmental data that are associated with these flies is used to calculate Post Mortem Interval (PMI). This shows time between dead and finding a corpse. Therefore identification of these flies is crucial to correct calculation of PMI. There are 2 main identification methods. These are morphologic and molecular identification methods. The morphologic identification is based on anatomic key features using taxonomic key. This method is old, time consuming and has lots of drawbacks. The molecular identification methods are more accurate and are a quick way to identify the species. This method is based on genetic analysis of species. Genetic analysis can be sourced from different source like mitochondrial or nuclear genome. ISSR is one of genomic DNA based marker analysis. This technique is relatively new in forensic entomology and it is tested on some species. This technique produces species specific band pattern via common flanked region of ISSR markers. These markers are available in most organisms however each species produce its own band pattern and this can be used for species identification. For this purpose, 4 necrophagous flies were selected in Portsmouth, UK. These are Calliphora vicina, Lucilia sericata, Calliphora vomitoria and Prootophormia terranovae. Flies were adult form and previously classified. The first aim of this study was analysed any differences on the quantity of extracted DNA according to species. In order to do this statistical analysis was implemented on Nanodrop results via statistical program (Minitab 17). The main aims of this study were identify any bands pattern which may provide quick identification for species and determine any intraspecific bands which may cause misinterpretation of species. Two different ISSR primers were selected and called ISSR 2 and ISSR 3.Calliphora vicina produced one potential band for ISSR 2 and any for ISSR 3. Lucilia sericata has 5 potential bands for species identification. 4 of these bands were for ISSR 2 and one of them was for ISSR 3. Calliphora vomitoria produces 2 possible bands for each ISSR markers. Prootophormia terranovae produced the most potential band pattern with ISSR 2 but ISSR 3 marker did not produce any potential band. There were 7 potential bands for identification with ISSR 2.These bands analysed with small sample size and population. The ISSR identification with increased the number of sample and population may become more complex.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    394376

    Molecular characterisation and association mapping with morphological data of Colchicum L. species in the flora of turkey

    Türkiye florasında bulunan Colchicum L. türlerinin moleküler karakterizasyonu ve morfolojik veriler ile genom düzeyinde ilişkilendirme haritalaması

    ABDURRAHMAN UMUT TÜYEL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    GenetikMarmara Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU

  2. Tez No

    954459

    Suriye ve türkiye'de yetiştirilen bazı buğday çeşit ve genotiplerinin ıssr markör tekniği ile moleküler karakterizasyonu

    Molecular characterization of some wheat varieties and genotypes grown in syria and turkey using issr marker technique

    MHAMMED ANWR JATAL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    ZiraatIsparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YAŞAR KARAKURT

  3. Tez No

    238927

    Bazı kışlık ekmeklik buğday (Triticum aestivum L.) çeşitlerinde sarı pas (Puccinia striiformis f. sp. tritici) hastalığına karşı dayanıklılığın moleküler markörler ile araştırılması

    Investigations of the resistance to yellow rust (Puccinia striiformis f. sp. tritici) disease in some Turkish winter bread wheat varieties by molecular markers

    SEVAL ERCAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    BiyolojiMarmara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU

    YRD. DOÇ. DR. YILDIZ AYDIN

  4. Tez No

    559563

    DNA tabanlı moleküler yöntemler kullanılarak Türkiye'de yetiştirilen farklı fasulye (Phaseolus vulgaris) genotiplerinin genetik çeşitlilik analizi

    The genetic diversity analysis of different bean (Phaseolus vulgaris) cultivated genotypes in Turkey using DNA-based moleculer methods

    BERRU ŞAHİN HÜNDÜREL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyolojiBilecik Şeyh Edebali Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İSMAİL POYRAZ

  5. Tez No

    944873

    Bodur paşa kılıcı (sansevieria trifasciata hahnii) bitkisinde kadmiyum stresine bağlı fizyolojik ve genotoksik etkilerin araştırılması

    Determination of physiological and genotoxic effects of cadmium stress in dwarf snake plant (sansevieria trifasciata hahnii)

    FATİH AKTÜRK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    BiyolojiMarmara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. İBRAHİM İLKER ÖZYİĞİT

    PROF. DR. SONER ÇUBUK

Geri Dön