Yenidoğanların hızlı tanısında tüm genom dizileme testinin kullanımının araştırılması
Investigation of the use of whole genome sequencing test in rapid diagnosis of newborns
- Tez No: 993196
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ARDA ÇETİNKAYA
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Genetik analiz, Makine öğrenmesi, Yeni nesil dizileme, Yenidoğanlar, Genetic analysis, Machine learning, High throughput sequencing
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Akçin, Ö.Ç., Yenidoğanların Hızlı Tanısında Tüm Genom Dizileme Testinin Kullanımının Araştırılması, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı, Tıpta Uzmanlık Tezi, Ankara 2025 Yenidoğan yoğun bakım ünitelerinde morbidite ve mortalitenin önemli nedenlerinden biri genetik hastalıklardır. Bu hastalıklar yenidoğan döneminde çoğu zaman silik veya atipik klinik bulgularla ortaya çıkmakta, bu durum tanı sürecini uzatarak tedavi ve klinik yönetimi olumsuz etkilemektedir. Bu durumu çözmek için oluşturulan yenidoğan tarama programları, metabolik ve genetik hastalıkların erken dönemde saptanmasında önemli rol oynamaktadır. Ancak bu testler büyük ölçüde biyokimyasal yöntemlere dayanmakta olup yalnızca sınırlı sayıda hastalığı kapsamaktadır. Yeni nesil dizileme yöntemlerinin yaygınlaşmasıyla tüm tek gen hastalıklarının tek bir genom dizileme ile analiz edilebilmesi gündeme gelmeye başlamış ve bu yaklaşımın yenidoğanlarda hızlı tanı amacıyla uygulanması araştırılmaya başlanmıştır. Bu tez kapsamında, Hacettepe Üniversitesi'nde genetik hastalık şüphesi bulunan 10 yenidoğanda hızlı genom dizileme yöntemi ebeveyn–çocuk üçlülerinde uygulanmıştır. Verinin kısa varyant, tekrar dizisi artışı, mitokondriyal varyantlar ve CNV tespitini kapsayacak şekilde kapsamlı, hızlı, sistematik ve bütüncül analizi için trioWGS adı verilen iş akışı oluşturulmuştur. Ayrıca, çalışma sırasında CNV tespitini iyileştirmek için geliştirilen makine öğrenmesi tabanlı CNVToolNet aracı, >10 kbp uzunluğundaki CNV'lerin tespitinde yaygın kullanılan araçlara kıyasla daha yüksek başarı göstererek WGS verisinden CNV analizinde yeni bir yaklaşım ortaya koymuştur. Çalışma sonucunda, yenidoğanların %50'sinde genetik tanı elde edilmiş, %80'inde yapılan işlemin klinik yönetim için faydalı olduğu düşünülmüştür. Hız testinde tanı süresinin yaklaşık 6 güne kadar inebildiği gösterilmiştir. Çalışmada kullanılan üçlü analizin ve kalıtıma dayalı filtreleme stratejisinin tanısal başarıyı artırdığı görülmüştür.
Özet (Çeviri)
Akçin, Ö.Ç., Investigation of the Use of Whole Genome Sequencing Test in Rapid Diagnosis of Newborns, Department of Medical Genetics, Faculty of Medicine, Hacettepe University, Medical Specialty Thesis, Ankara, 2025. Genetic disorders are among the major causes of morbidity and mortality in neonatal intensive care units. These conditions often present with subtle or atypical findings in the neonatal period, which prolongs the diagnostic process and adversely affects treatment and clinical management. Newborn screening programs were developed to address this problem and play an important role in the early detection of metabolic and genetic diseases. However, these tests rely largely on biochemical methods and therefore cover only a limited number of disorders. With the widespread use of nextgeneration sequencing, analyzing all single-gene diseases with a single genome test has become feasible, and the use of this approach for rapid diagnosis in newborns has begun to be explored. In this thesis, rapid genome sequencing was applied to 10 newborns with suspected genetic disease at Hacettepe University using mother– father–child trios. To enable a comprehensive, fast, systematic, and integrated analysis of short variants, short tandem repeat expansions, mitochondrial variants, and copy number variants, we developed a workflow called trioWGS. In addition, to improve CNV detection, we developed a machine-learning–based tool, CNVToolNet, which showed higher performance than commonly used tools for CNVs larger than 10 kbp, introducing a new approach to CNV analysis from WGS data. As a result, a genetic diagnosis was achieved in 50% of newborns, and the procedure was considered clinically useful in 70%. In a rapid-turnaround test, the time to diagnosis could be reduced to approximately six days. The trio analysis and the inheritance-based filtering strategy increased the diagnostic yield.
Benzer Tezler
- Genetik nedenli olduğu düşünülen ve ağır hastalık bulguları gösteren yenidoğanlarda hızlı tüm ekzom dizilemenin tanıdaki yeri
Role of rapid whole exome sequencing in critically ill newbornswith a preliminary diagnosis of genetic syndrome
DURDUGÜL AYYILDIZ EMECEN
Doktora
Türkçe
2025
GenetikEge ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAHİR ATİK
- Umbilikal ven iskemi modifiye albümin seviyelerinin intrauterin gelişme geriliği ile ilişkisi
Relationship of levels of the umbilical vein ischemia modified albumin between intrauterine growth restriction
OSMAN KARADENİZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
Kadın Hastalıkları ve DoğumAkdeniz ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İNANÇ MENDİLCİOĞLU
- Akridin oranj lökosit sitospin test ile neonatal nozokomiyal pnömonilerin erken tanısı
Rapid diagnosis of neonatal nosocomial pneumonia with acridine-orange leukocyte cytospin test
HANDE GÜLCAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2001
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıDokuz Eylül ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF.DR. HASAN ÖZKAN
- EEG sinyalleri kullanarak yeni doğanlarda nöbet tespiti için derin öğrenme yöntemlerinin kullanılması
Using deep learning methods for seizure detection in newborns by using EEG signals
MERVE AÇIKOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Bilim ve TeknolojiFırat ÜniversitesiYazılım Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEDA ARSLAN TUNCER
- Yenidoğanlardaki solunumsal morbiditelerinin erken tanısında doğumhanede kullanılan akciğer ultrason skorunun yeri ve önemi
The place and importance of pulmonary ultrasound used in the delivery room in the early diagnosis of respiratory diseases in newborns
ÜMRAN KORAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıKırıkkale ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERDAR ALAN