SH-SY5Y nöroblastoma hücresinde soğuk stresin transkriptomik etkilerinin araştırılması
Investigation of the transcriptomic effects of cold stress in SH-SY5Y neuroblastoma cells
- Tez No: 996662
- Danışmanlar: PROF. DR. ŞENGÜL YÜKSEL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Kanser, Mikroçevre, Soğuk stresi, SH-SY5Y, Cancer, Microenvironment, Cold stress, SH-SY5Y
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İnönü Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Bu çalışmanın amacı soğuk stresinin nöroblastoma hücreleri üzerine etkilerinin transkriptomik ve protein seviyeleri düzeyinde araştırmaktır. Materyal ve Metot: Çalışmada SH-SY5Y nöroblastoma hücre hattı kullanıldı. Soğuk stres modelinde kullanılan hücreler 37°C (Kontrol), 31°C ve 25°C sıcaklıklarında ve 3, 6, 12, 24 saat sürelerinde inkübe edildi. Her sürenin sonunda RNA sekans verileri ve gen ekpresyonu için RNA izolasyonu, western blot için protein ekspresyonu, apoptoz düzeyleri için Annexin-V FITC yöntemi, hücre döngüsü için PI analizi yapıldı. İstatistiksel veriler için tek yönlü ANOVA testi uygulanıp sonuçlar değerlendirildi. Bulgular: SH-SY5Y hücrelerinde düşük sıcaklığın etkileri değerlendirildi ve özellikle 25 °C'de hücre morfolojisinin belirgin şekilde bozulduğu görüldü. RNA-seq analizleri, soğuk stresinin özellikle 31 °C 3 saat ve 25 °C 24 saat koşullarında anlamlı gen baskılanmasına neden olduğu saptandı. qPCR ve Western blot seviyeleri ATF6, HSP90 ve LIN28A'nın bazı koşullarda arttığını, CARHSP1, TP53, UBA52 ve XBP1'in ise çoğunlukla azaldığı saptandı. 25 °C'de inkübasyon süresi uzadıkça apoptoz oranlarının arttığı ve hücre döngüsü fazlarında belirgin değişimler meydana geldiği belirlendi. Sonuç: Çalışmamız da düşük sıcaklık stresinin SH-SY5Y hücrelerinde morfoloji, gen/protein ifadesi, apoptoz ve hücre döngüsü üzerinde belirgin etkiler oluşturduğunu özellikle 25 °C'de hem hücresel bütünlük bozulmuş hem de genetik yanıtlar güçlü şekilde değişmiş olup soğuk stresinin SH-SY5Y hücrelerinde hem moleküler hem de fonksiyonel düzeyde yeniden programladığını ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
Aim: The aim of this study is to investigate the effects of cold stress on neuroblastoma cells at the transcriptomic and protein levels. Materials and Methods: The SH-SY5Y neuroblastoma cell line was used in this study. Cells were incubated at 37°C (Control), 31°C, and 25°C for 3, 6, 12, and 24 hours under a cold stress model. At the end of each time point, RNA isolation was performed for sequencing and gene expression analysis, protein expression was evaluated by Western blot, apoptosis levels were measured using the Annexin-V FITC method, and cell cycle distribution was assessed using PI analysis. Statistical evaluation was conducted using one-way ANOVA. Results: The effects of low temperature on SH-SY5Y cells were evaluated, and cell morphology was found to be markedly impaired, particularly at 25 °C. RNA-seq analyses revealed that cold stress led to large-scale, significant gene suppression, especially under the conditions of 31 °C for 3 hours and 25 °C for 24 hours. qPCR and Western blot results showed that ATF6, HSP90, and LIN28A increased under certain conditions, whereas CARHSP1, TP53, UBA52, and XBP1 mostly decreased. It was determined that the rate of apoptosis increased and significant alterations occurred in cell cycle phases as the incubation time at 25 °C was extended. Conclusion: This study demonstrates that cold stress induces notable changes in morphology, gene/protein expression, apoptosis, and cell cycle dynamics in SH-SY5Y cells. Particularly at 25°C, both cellular integrity and genetic responses were markedly affected, indicating that cold stress leads to molecular and functional reprogramming in SH-SY5Y cells.
Benzer Tezler
- Mikrosistin-LR (MC-LR) ve B-N-Metilamino-L-Alanin (BMAA) toksinlerinin SH-SY5Y nöroblastoma hücre hattında nörodejeneratif etkilerinin araştırılması
Investigation of the neurodegenerative effects of Microcystin-LR (MC-LR) and B-N-Methylamino-L-Alanine (BMAA) toxins on the SH-SY5Y neuroblastoma cell line
SELİM SOYDAN
- Glikoz ve aspartam metabolizmasının SHSY5Y nöroblastoma hücresinde karşılaştırmalı analizi
Comparative analysis of glucose and aspartame metabolism in SHSY5Y neuroblastoma cell
AYSEL ŞEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Beslenme ve Diyetetikİstanbul Sabahattin Zaim ÜniversitesiBeslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜSEYİN ABDİK
- Nöroblastoma kanser hücre hatlarında rottlerin ve genistein'in hücre proliferasyonu, invazyonu ve hücre ölümü/siklusu üzerine etkileri
The effects of rottlerin and genistein on cell proliferation, invasion and cell death/cycle in neuroblastoma cancer cell lines
MÜMİN ALPER ERDOĞAN
- The effect of gold nanoparticles synthesized by green synthesis method on GSK-3 beta mRNA expression in human neuroblastoma cell line
Yeşil sentez yöntemiyle sentezlenen altın nanopartiküllerin insan nöroblastoma hücre hattında GSK-3 beta mRNA ekspresyonuna etkisi
FAWZI AL BAJOURY
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyomühendislikBahçeşehir ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CANAN BAĞCI
- Vapreotid'in tau ilişkili nörodejenerasyona etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of vapreotide on tau related neurodegeneration
EBRU UZUNHİSARCIKLI
Doktora
Türkçe
2019
Eczacılık ve FarmakolojiErciyes ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜKERREM BETÜL AYCAN