Functional characterization of the intellectual disability-associated RNFT2-C384R variant in neuronal proteostasis
Nöronal proteostazda zihinsel yetersizlik ile ilişkili RNFT2-C384R varyantının fonksiyonel karakterizasyonu
- Tez No: 1007960
- Danışmanlar: PROF. DR. ARZU ÇELİK FUSS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Endoplazmik retikulum (ER) proteostazının bozulması, nörogelişimsel bozukluklarla giderek daha fazla ilişkilendirilmektedir. RNFT2, zarla ilişkili bir E3 ubiquitin ligazı olarak öngörülmektedir ve nadir bir varyant olan C384R mutasyonu zihinsel yetersizlikle ile ilişkilendirilmiştir; ancak RNFT2'nin hücresel rolleri ve bu mutasyonun sonuçları yeterince çalışılmamışır. Bu çalışmada, zihinsel yetersizlikle ilişkili RNFT2-C384R varyantının ve RNFT2 kaybının etkileri araştırılmıştır. C384R mutasyonunun RNFT2 protein stabilitesi veya bazal düzeylerini değiştirmediği ve yabanıl tip ile mutant proteinin kolokalize olduğu gösterilmiştir. MiniTurbo BioID proteomik analizi, RNFT2'nin ER–Golgi trafiği ve proteostaz faktörleri ile ilişkili olduğunu ortaya koymuştur. Bu bulgular, RNFT2'nin tek bir substrat üzerinde etkili olmaktan ziyade ER'den çıkışı protein katlanma denetimi ile koordine eden bir konumda olduğunu düşündürmektedir. Proteazom inhibisyonu ayrıca RNFT2'nin proteazoma duyarlı protein dönüşüm paternini şekillendirdiğini ve hem ortak hem de C384R'a özgü trafik ve stres düzenleyici ağların yeniden modellenmesine yol açtığını göstermiştir. CRISPR–Cas9 ile oluşturulan susturulmuş RNFT2 hücrelerinde RNFT2 proteini saptanamamıştır ve bu hücrelerde yapılan tunikamisin ile indüklenen ER stresi altında, PERK ve IRE1α düzeyleri değişmemesine rağmen BiP ve CHOP indüksiyonunun azaldığı gözlenmiş, bu da UPR algısının kaybından ziyade aşağı akım UPR yanıtının zayıfladığını göstermiştir. Kalneksin düzeylerindeki seçici değişim, RNFT2'yi glikoprotein kalite kontrolü ile ilişkilendirmiştir. Son olarak, retinoik asit ile indüklenen SH SY5Y farklılaşma deneylerinde RNFT2-KO hatlarda nörit uzunluklarında belirgin bir fark izlenmemiş, ancak daha yüksek örneklem gücü ile yeniden değerlendirilmesi gerektiği sonucuna varılmıştır. Bu bulgular, RNFT2'nin kendi stabilitesi veya lokalizasyonundan ziyade ER proteostazı ve trafik ağlarını düzenlediğini göstermektedir. C384R varyantının RNFT2 ekspresyonunu ortadan kaldırmaktan çok proteostaz ayarını değiştirdiği, RNFT2 kaybının ise ER stresine adaptif yanıtı zayıflattığı anlaşılmaktadır. Bu sonuçlar, RNFT2 ile ilişkili nörogelişimsel patolojinin mekanizmalarına ışık tutmaktadır.
Özet (Çeviri)
Disruption of endoplasmic reticulum (ER) proteostasis is increasingly implicated in neurodevelopmental disorders. RNFT2 is a predicted membrane E3 ubiquitin ligase, and rare variants such as the disease-associated C384R mutation have been linked to intellectual disability; however, the cellular roles of RNFT2 and the consequences of this mutation are poorly understood. Here, we investigated the effects of the intellectual-disability–associated RNFT2-C384R variant and examined the consequences of complete RNFT2 loss. The C384R mutation did not alter RNFT2 protein stability or steady-state abundance, and WT and mutant were colocalized. MiniTurbo BioID proteomics revealed that RNFT2 associates with ER–Golgi trafficking and proteostasis factors. These data indicate that RNFT2 is positioned to coordinate ER export with protein-folding surveillance, rather than acting on a single substrate. Proteasome inhibition further showed that RNFT2 shapes the pattern of proteasome-sensitive protein turnover, with both shared and C384R-specific remodeling of trafficking and stress-regulatory factors. CRISPR–Cas9-generated RNFT2 knockout (KO) cells lacked detectable RNFT2 protein. Under tunicamycin-induced ER stress, KO cells showed reduced induction of BiP and CHOP despite unchanged PERK and IRE1α levels, indicating attenuated downstream UPR output rather than loss of UPR sensing. Calnexin levels were selectively altered, linking RNFT2 to glycoprotein quality control. Finally, retinoic-acid-induced differentiation of SH-SY5Y cells revealed no difference on the neurite lengths in RNFT2-KO lines but needs more throughput analysis again. These findings indicate that RNFT2 regulates ER proteostasis and trafficking networks rather than its own stability or localization. The C384R variant likely alters proteostasis tuning rather than abolishing RNFT2 expression, and RNFT2 loss weakens ER stress-adaptive signaling, providing mechanistic insight into RNFT2-related neurodevelopmental pathology.
Benzer Tezler
- Characterization of CG9426 as ortholog of id-causative gene IPP and analysis of its expression pattern in the drosophila nervous system
CG9426'nın zihinsel engellilik ilişkili IPP geninin ortologu olarak karakterizasyonu ve drosophıla sinir sisteminde ifade örüntüsünün analizi
EYMEN ECE ORUÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU ÇELİK FUSS
- Characterization of CkIIα-i1 -a putative ortholog of intellectual disability candidate gene ZBTB11
Zihinsel engellilik aday geni ZBTB11 ortoloğu CkIIα-i1'in karakterizasyonu
BARIŞ CAN MANDACI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU ÇELİK FUSS
- Intellectual disability in William Faulkner's the sound and the fury and John Steinbeck's of Mice and Men
William Faulkner'in ses ve öfke ve John Steinbeck'in Fareler ve İnsanlar eserlerinde zihinsel engellilik
NABAA HAMEED ABED
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Amerikan Kültürü ve Edebiyatıİstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesiİngiliz Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ADNAN BARIŞ AĞI
DR. SELENA ÖZBAŞ
DR. ÖĞR. ÜYESİ SELİN ŞENCAN
- Characterization of the E3 Ubiquitin ligase RNFT2 ortholog CG13605 in Drosophila melanogaster
E3 ubikitin tanıyıcı proteini RNFT2 ortologu CG13605'in Drosophila melanogaster'da karakterizasyonu
AYŞE KAHRAMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. ARZU ÇELİK FUSS
- Türk fikir ve sanat eserleri hukukunda bilgisayar programlarının korunması
Protection of computer programs in Turkish intellectual property law
İDİL DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Hukukİstanbul Bilgi ÜniversitesiÖzel Hukuk Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EDA ÇATAKLAR