Kandidemi Etkeni Olan Candida parapsilosis İzolatlarının Tüm Genom Analizi ile Klonal İlişkilerinin ve Direnç Genlerinin Değerlendirilmesi
Whole-Genome Analysis of Candida parapsilosis Isolates Causing Candidemia: Assessment of Clonal Relatedness, Antifungal Resistance Genes and Virulence Factors
- Tez No: 1017952
- Danışmanlar: PROF. DR. İPEK MUMCUOĞLU
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Ankara Dr. Abdurrahman Yurtaslan Onkoloji Eğitim ve Araştırma Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Giriş ve Amaç Candida parapsilosis, özellikle yoğun bakım ünitelerinde uzun süre yatan, kateter kullanan ve immünsüprese hastalarda kandidemiye yol açabilen önemli bir fırsatçı patojendir. Hastane ortamında klonal yayılım gösterebilmesi ve invaziv enfeksiyonlara neden olması nedeniyle önem taşımaktadır. Son yıllarda artan azol direnci, C. parapsilosis enfeksiyonlarının yönetiminde önemli bir sorun haline gelmiştir. Bu çalışmada, kandidemi etkeni olarak izole edilen C. parapsilosis izolatlarının antifungal duyarlılık profilleri, klonal ilişkileri ve azol direncinin olası moleküler mekanizmalarının Tüm Genom Dizileme (WGS) yöntemiyle araştırılması amaçlanmıştır. Yöntem Çalışmaya, üçüncü basamak bir eğitim ve araştırma hastanesinde kandidemi tanısı alan hastalardan izole edilen 26 C. parapsilosis izolatı dahil edilmiştir. Antifungal duyarlılıkları Sensititre YeastOne ve VITEK 2 sistemleriyle belirlenmiştir. Klonal ilişki AP-PCR ve Oxford Nanopore Teknolojisi kullanılarak gerçekleştirilen WGS/SNP analizi ile değerlendirilmiştir. Direnç mekanizmalarının araştırılmasında ERG11, TAC1 ve MRR1 genleri hedefe yönelik biyoinformatik analizlerle incelenmiştir. Bulgular Sensititre YeastOne ile izolatların %88,5'i (n=23) flukonazole dirençli, tamamı ise ekinokandinlere duyarlı bulunmuştur. VITEK 2 sistemi flukonazol direncini saptamada %82,6 oranında çok büyük hata (VME) göstermiştir. AP-PCR analizinde tüm izolatlar tek bir ana genotip altında toplanırken, WGS/SNP analizi bu klonun yüksek genomik benzerlik gösteren iki alt örüntüden oluştuğunu ortaya koymuştur. Literatürde sık bildirilen ERG11, Y132F ve K143R mutasyonları saptanmamıştır. Dirençli izolatların %69,6'sında (n=16), ERG11 geninin C-terminal bölgesinde 22 SNP, iki ardışık prolin değişimi (E511P, W514P) ve bir stop-loss (*523H) mutasyonundan oluşan, daha önce tanımlanmamış özgün bir varyant bloğu belirlenmiştir. Mutasyon saptanmayan dirençli izolatlarda ise ERG11 dışı mekanizmaların rol oynadığı düşünülmüştür. TAC1 ve MRR1 genlerinde dirençle ilişkili protein değiştirici varyant saptanmamıştır. Sonuç Merkezimizde flukonazole yüksek düzey dirençli bir C. parapsilosis klonunun hastane ortamında horizontal bulaşla yayıldığı gösterilmiştir. İlk kez tanımlanan ERG11 C-terminal mutasyon bloğu, azol direnci açısından güçlü bir aday moleküler belirteçtir. Bulgularımız, ampirik tedavi yaklaşımlarının yerel epidemiyolojik verilere göre güncellenmesi, kandidemi yönetiminde yalnızca otomatize sistemlere güvenilmemesi ve genomik sürveyans destekli enfeksiyon kontrol önlemlerinin önemini ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
Background and Aim Candida parapsilosis is an important opportunistic pathogen causing candidemia, especially in critically ill patients with prolonged ICU stay, intravascular catheters, and immunosuppression. Its ability for clonal spread in hospitals and association with invasive infections makes it clinically significant. Increasing global azole resistance has become a major challenge in management. This study aimed to determine antifungal susceptibility profiles of C. parapsilosis isolates, evaluate clonal relationships, and investigate molecular mechanisms of azole resistance using Whole Genome Sequencing (WGS). Methods A total of 26 C. parapsilosis isolates recovered from patients diagnosed with candidemia at a tertiary care training and research hospital were included. Antifungal susceptibility testing was performed using the Sensititre YeastOne and VITEK 2 systems. Clonal relatedness was assessed by Arbitrarily Primed PCR (AP-PCR) and WGS/SNP analysis using Oxford Nanopore Technology. The ERG11, TAC1, and MRR1 genes were analyzed using targeted bioinformatic workflows. Results Using Sensititre YeastOne, 88.5% (n=23) of the isolates were resistant to fluconazole, whereas all isolates remained susceptible to echinocandins. The VITEK 2 system showed a very major error (VME) rate of 82.6% in detecting fluconazole resistance. AP-PCR grouped all isolates into a single major genotype, while WGS/SNP analysis demonstrated that this clone consisted of two closely related genomic subclusters. The well-known ERG11 Y132F and K143R mutations were not detected. Instead, a previously undescribed variant block in the C-terminal region of ERG11, comprising 22 SNPs, two consecutive proline substitutions (E511P, W514P), and one stop-loss mutation (*523H), was identified in 69.6% (n=16) of the resistant isolates. Alternative ERG11-independent resistance mechanisms were suspected in resistant isolates lacking detectable mutations. No resistance-associated protein-altering variants were identified in TAC1 or MRR1. Conclusion A highly fluconazole-resistant C. parapsilosis clone has become established in our center and appears to have spread through horizontal transmission within the hospital. The novel ERG11 C-terminal mutation block identified in this study represents a strong candidate molecular marker for azole resistance. These findings emphasize the need to revise empirical treatment strategies according to local epidemiological data, avoid reliance solely on automated susceptibility testing systems, and implement strict infection control policies supported by genomic surveillance.
Benzer Tezler
- Kan dolaşım enfeksiyon etkeni olan candida türlerinin dağılımı, antifungal duyarlılıklarının değerlendirilmesi, biyofilm özelliklerinin saptanması ve klinik ile ilişkilendirilmesi
Distribution of candida species isolated from bloodstream infections, evaluation of antifungal susceptibility, determination of biofilm characteristics, and correlation with clinical findings
BETÜL CEYHUNİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DUYGU ÖCAL
- Kandidemi olgularından izole edilen candida'larda antifungal direnç varlığının ve risk faktörlerinin araştırılması
Investigation of antifungal resistance and risk factors in candida isolated from candidaemia cases
İPEK KUZUCUOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SENİHA ŞENBAYRAK
- Yoğun bakımda takip edilen kandidemili hastaların değerlendirilmesi
Evaluation of patients with candidemia monitored in the intensive care unit
ÖZLEM BAYRAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELİF DOYUK KARTAL
- Kan akımı enfeksiyonu ile ilişkili candida türlerinin antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi
Determination of antifungal susceptibility of candida species associated with bloodstream infection
ELİF OĞUZMAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EBRU EVREN YURTCU
- Hastene enfeksiyonu etkeni Candida türlerinin epidemiyolojisi ve antifungal duyarlılık sonuçları
The epidemiology and antifungal sensitivity results of nosocomial infections caused by Candida species
BEHİCE KURTARAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiKlinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. SEZA İNAL