Sporadik meme kanseri hastalarında sıvı (likit) biyopsi ile elde edilen tümör DNA'sında meme kanseri ilişkili genetik varyantların dijital PCR yöntemi ile araştırılarak, erken tanıya katkısının değerlendirilmesi
Evaluation of the contribution of breast cancer-related genetic variants in tumor DNA obtained by liquid biopsy to early diagnosis in sporadic breast cancer patients by investigating with digital PCR method
- Tez No: 1022400
- Danışmanlar: PROF. DR. HAKAN GÜRKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Trakya Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Meme kanseri, tüm dünyada kadınlar arasında en sık görülen malignite olup, yüksek moleküler heterojeniteye sahiptir. Hastalığın tanı ve takibinde altın standart olarak kabul edilen doku biyopsisi, invaziv bir işlem olması, tümör heterojenitesini tam yansıtamaması ve seri örnekleme zorluğu gibi çeşitli kısıtlılıklar içermektedir. Son yıllarda geliştirilen sıvı biyopsi yaklaşımı, dolaşımdaki tümör DNA'sının (ctDNA) analizi ile bu kısıtlılıklara invaziv olmayan bir alternatif sunmaktadır. Bu tez çalışmasında; yeni tanı almış ve henüz tedavi görmemiş sporadik meme kanseri olgularında, belirlenen genetik varyantların varlığının yeni nesil dijital PCR (dPCR) teknolojisi ile araştırılması amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında, histopatolojik olarak meme kanseri tanısı almış 29 hastadan elde edilen plazma örnekleri kullanılmıştır. cfDNA izolasyonunu takiben; BRCA1, BRCA2, CHEK2 ve PMS2 genlerinde belirlenen spesifik 6 mutasyonu hedefleyen özgül primer setleri ile QIAcuity dPCR platformunda mutlak kantifikasyon analizleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen bulgulara göre; analiz edilen kohortun bir kısmında hedef mutasyon pozitifliği saptanmıştır. En yüksek pozitiflik oranı BRCA2 geni mutasyonunda (n=4) izlenirken, bunu BRCA1 (n=2) ve CHEK2 (n=2) genleri üzerinde araştırılan mutasyonlar takip etmiştir. Kantitatif analizlerde, dPCR teknolojisinin saptama limiti sınırındaki düşük varyant allel frekanslarını (%0,1 altı) dahi yüksek hassasiyetle tespit edebildiği ve geniş bir dinamik aralıkta çalıştığı gösterilmiştir. Sonuç olarak; tedavi görmemiş meme kanseri hastalarında dPCR tabanlı sıvı biyopsi analizlerinin, tümörün moleküler profillemesinde doku biyopsisine güçlü bir tamamlayıcı araç olduğu belirlenmiştir. Çalışmamız, invaziv olmayan yöntemlerle erken tanı, tedavi yönlendirmesi ve minimal kalıntı hastalık takibi süreçlerinde dPCR teknolojisinin klinik uygulanabilirliğini destekleyen önemli veriler sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Breast cancer is the most frequently diagnosed malignancy among women worldwide and is characterized by high molecular heterogeneity. Tissue biopsy, considered the gold standard in the diagnosis and monitoring of the disease, presents several limitations, including its invasive nature, inability to fully reflect tumor heterogeneity, and challenges regarding serial sampling. The liquid biopsy approach, developed in recent years, offers a non-invasive alternative to these limitations through the analysis of circulating tumor DNA (ctDNA). This thesis study aimed to investigate the presence of specific genetic variants using next-generation digital PCR (dPCR) technology in newly diagnosed and treatment-naive sporadic breast cancer cases. Within the scope of the study, plasma samples obtained from 29 patients with a histopathologically confirmed diagnosis of breast cancer were utilized. Following cfDNA isolation, absolute quantification analyses were performed on the QIAcuity dPCR platform using specific primer sets targeting 6 specific mutations identified in the BRCA1, BRCA2, CHEK2, and PMS2 genes. Based on the findings obtained, target mutation positivity was detected in a portion of the analyzed cohort. The highest positivity rate was observed in BRCA2 gene mutations (n=4), followed by the mutations investigated in the BRCA1 (n=2) and CHEK2 (n=2) genes. Quantitative analyses (below 0.1%) at the limit of detection with high sensitivity and operated within a wide dynamic range. In conclusion, it was determined that dPCR-based liquid biopsy analyses in treatment-naive breast cancer patients serve as a strong complementary tool to tissue biopsy in the molecular profiling of the tumor. Our study provides significant data supporting the clinical applicability of dPCR technology in early diagnosis, treatment guidance, and minimal residual disease monitoring via non-invasive methods.
Benzer Tezler
- Evre-4 kolon kanseri hastalarında nötrofil/albümin oranının prognostik değeri
Stage-4 in patients with colon cancerprognostic value of neutrophil/ albumin ratio
OZAN BURAK KURT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
İç HastalıklarıSakarya Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEYHUN VARIM
- Over kanserlerinde MİR-1260 mikrorna ailesinin araştırılması
Investigation of MIR-1260 microrna family in ovarian cancers
ARASH ADAMNEJAD GHAFOUR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Onkolojiİstanbul ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜLYA YAZICI
- Molecular investigation of CHEK2 variants of unknown significance (VUS) found by genetic screening of breast and colorectal cancer patients and healthy individuals in Turkish population
Türk popülasyonunda meme ve kolorektal kanser hastaları ile sağlıklı bireylerde genetik tarama ile saptanan klinik önemi bilinmeyen CHEK2 varyantlarının moleküler incelemesi
NİSAN DENİZCE CAN
Doktora
İngilizce
2026
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Kolorektal kanserlerde mikrosatellit stabil ve instabil hastaların klinikopatolojik özellikleri; preoperatif hematolojik parametreleri ve sistemik inflamatuar skorlama sistemleri ile ilişkisinin incelenmesi
Clinicopathological characteristics of microsatellite stable and instable colorectal cancers; investigation of preoperative hematological parameters and their relationship with systemic inflammatory scoring systems
ATİLLA BADEM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Genel CerrahiAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜREL NEŞŞAR
- Çeşitli kanser hastalarında glutatyon s transferaz gen polimerfizmi
Glutathione s-transpherus gene polymerphism in various cancer patients
MANAR HASAN MAHDI ALCHAABAWI
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Moleküler TıpÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKAY ÇORAK ÖCAL
DR. MAHER MOHAMMED KHADAİRİ