Rhodobacter Capsulatus bakterisinde ubikinol oksidazın inaktivasyonu
Inactivation of ubiniquinol in Rhodobacter Capsulatus
- Tez No: 140051
- Danışmanlar: PROF. DR. ABDULKADİR AKÇİN, DR. SEVNUR MANDACI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2003
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 129
Özet
ÖZET Gram-negatif fakültatif fotosentetik bakteri Rhodobacter capsuîatus ki&ojı^ havuzundan sonra dallanan iki farklı metabolik yolu kullanarak solunumla büyüyebilmektedir. Temel metabolik solunum yolunda elektronlar sitokrom bc\ kompleksi, sitokrom C2İ£y ve son elektron alıcısı olarak sitokrom cbb3 oksidaza iletilmektedir. Diğer metabolik yol ise elektronların kinon havuzundan sonra herhangi bir aracı olmaksızın ubikinol oksidaza (Qox) transfer edildiği alternatif solunum yoludur. Bu çalışmada alternatif ubikinol oksidaz solunum yolunun işlevselliği bozulduğunda; yeni tipteki elektron taşıyıcılarının sitokrom cbb$ oksidaz solunum yolundaki işlevselliğinin incelenebileceği, farklı Qox kromozomal knockout mutant soyları elde edildi. Bu kromozomal knockout mutantlann eldesi, ubikinol oksidazı kodlayan cydAB yapısal genlerinin inaktivasyonu ile başarıldı. Ubikinol oksidaz yapısal genlerinin (cydAB) inaktivasyonunda gentamisin markırından yaralanıldı. Oluşan inaktif cydAB genini içeren pOZİ plazmitinden 2.7-kb büyüklüğündeki cydAB ::GmR fragmenti, pRK vektörüne klonlanarak pYOZİ elde edildi. Konjugasyonla pYOZİ plazmiti E. coli soyundan Gen Transfer Ajanı (GTA)'nı üreten R. capsuîatus Y262 soyuna verildi ve pYOZl/Y262 susu oluşturuldu. GTA kros aracılığı ile cydAB::GmR fragmenti homolog rekombinasyonla değişik elektron taşıyıcılarına sahip R. capsuîatus soylarının kromozomuna aktarılarak ubikinol oksidaz kromozomal knockout mutantlar elde edildi. Elde edilen Qox“ mutantlardan yabani soya ait olanlar hem solunum hem fotosentez ile iyi büyüdü. Yeni tipte elektron taşıyıcıları bulunan, cydAB delesyonu içeren mutantlar da solunumla büyüyebilmekte ancak fotosentetik büyümeleri üzerine Qox”mutasyonu olumsuz bir etki yaratmaktadır.
Özet (Çeviri)
SUMMARY Gram-negative facultative photosynthetic bacterium Rhodobacter capsulatus* can grow through respiration using two different metabolic pathways that are branched after the quinon pool. In the main respiratory chain, electrons are first transported to cytochrome bc\ complex, then to cytochrome c2/cy and finally to cytochrome cbfa oxidase, the last electron acceptor. The other metabolic pathway is an alternative respiration pathway in which electrons are transported from the quinon pool to the ubiquinol oxidase (Qox) irrespective of any electron carrier. In order to characterize respiratory function of the novel electron carriers, several chromosomal knockout Qox“ mutants which eliminated the alternative respiratory pathway were obtained in this bacterium. To construct ubiquinol oxidase chromosomal knockout mutants, inactivation of cydAB genes encoding ubiquinol oxidase was achieved. Structural cydAB genes were inactivated using a gentamicin marker. Cloning 2.7-kb cydAB::GmR fragment from pOZl plasmid containing inactive cydAB::GmR on pRK vector, yielded pYOZl. pYOZl was Conjugally transferred from E. coli strain into the Gen Transfer Agent (GTA) producing R capsulatus Y262 strain and resulted in pYOZl/Y262. The cydAB::GmR fragment was introduced into the various different electron carrier bearing R. capsulatus strains by homologous recombination via GTA cross, and yielded ubiquinol oxidase chromosomal knockout mutants. Of the Qox”mutants obtained, those which were wild type could grow well by respiration and photosynthesis. However, while Qox" strains that containing novel type electron carriers can also grow by respiration but the Qox mutation has a negative effect on their photosynthetic growth features.
Benzer Tezler
- Rhodobacter capsulatus bakterisinde sitokrom c oksidaz mutantlarının eldesi ve karakterizasyonu
Isolation and characterization of cytochrome c oxidase mutants from rhodobacter capsulatus
SEMRA AYGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Eğitimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLENDAM TÜMEN
- Rhodobacter capsulatus bakterisinde Sitokrom C oksidaz biyogenesiz'inde rol alan genlerin belirlenmesi ve fonksiyonlarının tanımlanması
Identification of genes involved in biogenesis of Cytochrome C oxidase from rhodobacter capsulatus and determination of their functions
SEMRA AYGÜN SUNAR
Doktora
Türkçe
2006
BiyokimyaUludağ ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEVNUR MANDACI
PROF. DR. RAHMİ BİLALOĞLU
- Characterisation of the genetically modified cytochrome systems and their application to biohydrogen production in Rhodobacter capsulatus
Rhodobacter capsulatus bakterisinde genetik olarak değiştirilmiş sitokrom sistemlerinin karakterize edilmesi ve bu suşların hidrojen gazı üretiminde kullanılması
YAVUZ ÖZTÜRK
Doktora
İngilizce
2005
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
DOÇ.DR. SEVNUR MANDACI
PROF.DR. MERAL YÜCEL
- Microarray analysis of the effects of heat and cold stress on hydrogen production metabolism of Rhodobacter capsulatus
Sıcak ve soğuk stresinin Rhodobacter capsulatus bakterisinin hidrojen üretim metabolizması üzerine etkilerinin mikrodizin yöntemi ile incelenmesi
MUAZZEZ GÜRGAN DOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Bölümü
DR. EBRU ÖZGÜR
PROF. DR. MERAL YÜCEL
- Proteomic analysis of heat and cold stress response of Rhodobacter capsulatus and evolutionary engineering of its heat resistant mutants
Rhodobacter capsulatus bakterisinin sicak ve soğuk stresi tepkilerinin proteomik analizleri ve sıcağa dayanıklı mutantlarının evrimsel mühendisliği
ABDULMECİT GÖKÇE
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
DR. YAVUZ ÖZTÜRK