Geri Dön

Gen ifadesinin şebeke modeli

Network of gene experssion

  1. Tez No: 142764
  2. Yazar: DUYGU BALCAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE ERZAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2003
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Fizik Mühendisliği Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 98

Özet

GEN İFADESİNİN ŞEBEKE MODELİ ÖZET Biyolojik sistemlerde protein üretimi, yani gen ifadesi, birebir olmamakta ve genlerin birbirleriyle olan etkileşimleri sonucu ortaya çıkmaktadır. Bu etkileşimler için, seçilim baskısı olmaksızın mutasyon geçiren basit bir modelde, Monte Carlo simülasyonlarıyla, gen etkileşimlerinin ölçekten bağımsız bir şebeke oluşturduğu ve bir gen tarafından baskılanan gen sayısı (z0) dağılımının (z0) ° (ro=0.47±0.01) gibi bir kuvvet yasasına tabi olduğu ve bu şebekenin bir küçük dünya modeline uygun olarak kümelenme katsayısının C « 0.5 olduğu bulundu. Gen etkileşimi şebekesinin bir kinetik Ising modeli biçiminde betimlenmesi durumunda, sistemin tepkimelerinin zaman içinde ölçekten bağımsız bir sönümlenme zamanı dağılımına sahip olabileceği görüldü. Bu kendiliğinden kritik sistemin dinamik davranışını inceleyebilmek için, dinamik renormalizasyon grubu dönüşümleri rastgele Y- komşuluklu spin sistemlerine genelleştirildi.

Özet (Çeviri)

NETWORK OF GENE EXPRESSION SUMMARY We have studied the regulatory network of gene expression during protein synthesis in biological systems. We have intoduced a simple random bit-string model to represent a chromosome sequence and have only considered the inhibition interactions between the genes. As the result of our Monte Carlo simulations, we have found that this simple model gives rise to a network of gene expression which is of the small-world type, with a clustering coefficient C « 0.5, and is scale-invariant with the distribution of out-going connectivities obeying n(zout) ~ (zout) T. The exponent x is found to be x=0.47±0.01. This result shows that the system is complex and can respond on any scale to the sitimuli coming from the environment. This also shows that the system has a self-organized critical behavior. In order to test ideas regarding the distribution of relaxation times on such a network, we have generalized the dynamical renormalization-group calculations to networks with an arbitrary number of nearest neighbors. This will enable us to compute the dynamical exponent on networks with random connections.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    299165

    Investigation of tRNA-derived small RNAs in Drosophila melenogaster

    Drosophila melanogaster' de tRNA kaynaklı küçük RNA'ların araştırılması

    ÇAĞDAŞ GÖKTAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Genetikİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. BÜNYAMİN AKGÜL

  2. Tez No

    449142

    Cost and benefit analysis of features used in machine learning based pre-miRNA detection

    Makine öğrenimine dayalı öncül miRNA tespitinde kullanılan özelliklerin fayda ve maliyet analizi

    RABİA SULUYAYLA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. JENS ALLMER

  3. Tez No

    434201

    Functional effects of ATAD2 gene expression in breast cancer

    ATAD2 gen ifadesinin meme kanserinde işlevsel etkileri

    BUSE NURTEN ÖZEL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. IŞIK YULUĞ

  4. Tez No

    530502

    Dek gen ifadesinin multıple miyelom hücrelerine etkisinin araştırılması

    Investigating effects of dek gene expression on multiple myeloma cells

    ZİHNİ ONUR ÇALIŞKANER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyolojiGebze Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYTEN KANDİLCİ

  5. Tez No

    269377

    Functional characterization of MicroRNA-125b expression in MCF7 breast cancer cell line

    MikroRNA-125b ifadesinin MCF7 meme kanseri hücrelerinde fonksiyonel karakterizasyonu

    SERKAN TUNA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Bölümü

    YRD. DOÇ. DR. A. ELİF ERSON BENSAN

Geri Dön