Geri Dön

Investigation of complexes of casein kinase II (CKII) enzyme with polyamines, oncoproteins and oligonucleotides by capillary electrophoresis and MALDI-MS

Kazein kinaz II (CKII) enziminin poliaminler, onkoproteinler ve olligonükleotitlerle yaptığı komplekslerin kapiler elektroforez ve MALDI-MS

  1. Tez No: 169099
  2. Yazar: ÖMÜR ÇELİKBIÇAK
  3. Danışmanlar: PROF.DR. BEKİR SALİH
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Kazein Kinaz 2, p53, MALDI-MS, kovalent olmayan kompleksler, Matriks seçimi, Kanserli Hücre, poliamin, heparin, Casein Kinase 2, p53, MALDI-MS, noncovalent complexes, Matrix selection, Cancer Cell, polyamine, heparin
  7. Yıl: 2005
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizikokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

KAZEİN KİNAZ I! (CKII) ENZİMİNİN, POLİAMİNLER, ONKOPROTEİNLER VE OLİGONÜKLEOTİTLERLE YAPTIĞI KOMPLEKSLERİN KAPİLER ELEKTROFOREZ VE MALDI-MS İLE İNCELENMESİ Ömür Çelikbıçak ÖZ Bu çalışmada Kasein kinaz II (Casein Kinase 2) enziminin a ve 3 alt birimlerinin, poliamin, heparin, poliguanilik asit ve substuratlarından 'RRADDSDDDDD' peptid ve p53 onkoproteini ile oluşturduğu kovalent olmayan komplekslerinin, ayrıca Kazein Kinaz 2 (CK2) enziminin a ve p alt birimlerinin birbirleriyle oluşturdukları kovalent olmayan komplekslerinin ve yine polilisin ve heparininin kendi aralarında oluşturdukları kovalent olmayan komplekslerinin analizleri Matriks-hazırlamalı lazer desorpsiyon/iyonlaşmalı (Matrix-Assisted Laser Desorption/lonization) uçuş zamanlı (Time-of-flight) kütle spektrometresi (MALDI-MS) ile yapılmıştır. Bu çalışma sonucunda, uygun matriks ve örnek hazırlama koşulları sağlandığında biyomoleküller arasındaki bu tür komplekslerin, kompleks kararlılıklarının ve stokiyometrilerinin incelenebileceği görülmüştür. Bu çalışma esnasında kullanılan analitlerin; özellikle CK2 enzimi (aaŞP veya acf(3|3), alt birimleri ve p53 yapılarının kesin molekül ağırlıkları da bazı çarpıcı sonuçlarla elde edilmiştir. Kovalent olmayan komplekslerin MALDI-MS yöntemiyle net olarak incelenebilmesi için matriks seçimi en önemli parametrelerden bir tanesidir. Bu sebeple çalışmanın ilk aşamasında kazein kinaz 2 enziminin a alt biriminin analizi, Sinapinik asit (SA), 2,5-Dihidroksibenzoik asit (DHB), 2',6'- Dihidroksiasetofenon (2,6-DHAP), 6-aza-2-tiyotimin (ATT), 2'-(4-Hidroksifenilazo) benzoik asit (HABA) matriksleri kullanılarak yapılmıştır. İkinci basamakta kazein kinaz 2 enziminin p alt biriminin MALDI-MS analizi hem pozitif hem de negatif iyon modu kullanılarak yapılmıştır. Çünkü bir maddenin hangi mod ile daha kuvvetli molekül iyon pik şiddeti verebileceğini önceden tahmin etmek oldukça güçtür. Bütün bunlardan sonra farklı örnek hazırlama yöntemleri, matriks ve analit çözeltileri mikro tüpte (1:10 hacimce) ve MALDI-MS sisteminin örnek plakası üzerinde (1:2 hacimce) karıştırılarak test edilmiştir. Polilisin ve heparinin MALDI-MS spektrumlarında bu maddelere ait farklı molekül ağırlığına sahip bir çok tür gözlendiği için bu maddeler kapiler elektroforez yöntemiyle ayırılmaya çalışılmıştır.

Özet (Çeviri)

INVESTIGATION OF COMPLEXES OF CASEIN KINASE II (CKII) ENZYME WITH POLYAMINES, ONCOPROTEINS AND OLIGONUCLEOTIDES BY CAPILLARY ELECTROPHORESIS AND MALDI-MS Ömür Çelikbıçak ABSTRACT Matrix-Assisted Laser Desorption/lonization Time-of-Flight (MALDI/TOF) mass spectrometer was used to study the noncovalent complexes of a-subunit and p- subunits of Casein Kinase II (Casein Kinase 2) enzyme with polyamine, heparin, polyguanylic acid and substrates of the enzyme which are; peptide substrate 'RRADDSDDDDD', p53 oncoprotein, and also noncovalent complexes between subunits of Casein Kinase 2 (CK2) enzyme and in between heparin and polylysine. It was found that these types of biomolecule complexes could be followed by MALDI-MS and complex stabilities along with complex stoichiometries could be examined adjusting the suitable matrix and sample preparation conditions. During the study, also exact molecular weights of these analytes, especially CK2 tetramer (CI2P2 and a'2P2) enzyme, subunits of CK2 and p53 were obtained by MALDI-MS with impressive results. For the exact observation of noncovalent complexes in MALDI-MS, choosing the MALDI matrices is one of the most important parameter in these types of studies. For this reason, matrix selection experiments were carried out by using Sinapinic acid (SA), 2,5-Dihydroxybenzoic acid (DHB), 2',6'-Dihydroxy acetophenone (2,6-DHAP), 6- aza-2-thiothymine (ATT), 2'-(4-Hydroxyphenylazo) benzoic acid (HABA) matrices, during analysis of â-subunit of CK2 by MALDI MS in the first step. Since it is difficult to predict which mode gives intense molecular ion peak in the MALDI MS, in the second step, both positive and negative modes of MALDI MS were tested during the analysis of â-subunits of Casein Kinase 2 (CK2) enzyme. Afterwards the effect of different sample preparation conditions; mixing the analyte and the matrix solution in micro tube (1:10 v/v) and mixing on the sample plate (1:2 v/v), were tested. In the MALDI MS spectra of heparin and polylysine that was observed they have many fractions having different molecular weights in their trading forms. For this reason, heparin and polylysine were examined to separate by using Capillary Electrophoresis.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    730195

    Investigation of the effect of valproic acid, an hdac inhibitor, on the relationship between oxidative stress and autophagy in human eosinophil

    İnsan eosinofillerinde valproik asit ile oluşturulan oksidatif stres ve otofaji sonrası bağışık yanıtların incelenmesi

    GÖKSU ÜZEL TURAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI

  2. Tez No

    739589

    Investigating the targets and biological roles of IRE1's two enzymatic activities

    IRE1'nin iki farklı enzimatik aktivitelerinin biyolojik hedeflerinin ve rollerinin incelenmesi

    ASLI DİLBER YILDIRIM

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Tıbbi Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. EBRU ERBAY

  3. Tez No

    745802

    Die Suche nach einer terminologischen Äquivalenz zum Begriff Der Metapher im Türkischen durch Vergleich von Rhetorik und belâgat

    Metafor Kavramına Retorik- Belâgat Mukayesesi İçinde ve Belâgat Terminolojisinde Kavramsal Karşılık Arayışları

    MEHMET AKİF DUMAN

    Doktora

    Almanca

    Almanca

    2018

    FelsefeJohannes Gutenberg-Unıversıtat Maınz

    Türkoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HENDRİK BOESCHOTEN

  4. Tez No

    513333

    Investigation of the localization pattern and the role of anti apoptotic BAG-1 in healthy and tumor tissues from patients with breast carcinoma

    Meme kanserli hastalardan alınan sağlıklı ve tümörlü dokularda anti-apoptotik BAG-1 proteininin rolü ve lokalizasyonunun incelenmesi

    JALE YILDIZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

  5. Tez No

    622846

    Behçet hastalığında serum elafin düzeylerinin hastalık aktivitesi ve sistemik tutulum ile ilişkisinin kontrollü bir çalışması

    The relationship of serum elafin levels with disease activity and systemic involvement in behçet's disease

    ARMAĞAN KUTLAY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Dermatolojiİstanbul Üniversitesi

    Deri ve Zührevi Hastalıklar Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AFET AKDAĞ KÖSE

Geri Dön