Investigation of complexes of casein kinase II (CKII) enzyme with polyamines, oncoproteins and oligonucleotides by capillary electrophoresis and MALDI-MS
Kazein kinaz II (CKII) enziminin poliaminler, onkoproteinler ve olligonükleotitlerle yaptığı komplekslerin kapiler elektroforez ve MALDI-MS
- Tez No: 169099
- Danışmanlar: PROF.DR. BEKİR SALİH
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Kazein Kinaz 2, p53, MALDI-MS, kovalent olmayan kompleksler, Matriks seçimi, Kanserli Hücre, poliamin, heparin, Casein Kinase 2, p53, MALDI-MS, noncovalent complexes, Matrix selection, Cancer Cell, polyamine, heparin
- Yıl: 2005
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizikokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 140
Özet
KAZEİN KİNAZ I! (CKII) ENZİMİNİN, POLİAMİNLER, ONKOPROTEİNLER VE OLİGONÜKLEOTİTLERLE YAPTIĞI KOMPLEKSLERİN KAPİLER ELEKTROFOREZ VE MALDI-MS İLE İNCELENMESİ Ömür Çelikbıçak ÖZ Bu çalışmada Kasein kinaz II (Casein Kinase 2) enziminin a ve 3 alt birimlerinin, poliamin, heparin, poliguanilik asit ve substuratlarından 'RRADDSDDDDD' peptid ve p53 onkoproteini ile oluşturduğu kovalent olmayan komplekslerinin, ayrıca Kazein Kinaz 2 (CK2) enziminin a ve p alt birimlerinin birbirleriyle oluşturdukları kovalent olmayan komplekslerinin ve yine polilisin ve heparininin kendi aralarında oluşturdukları kovalent olmayan komplekslerinin analizleri Matriks-hazırlamalı lazer desorpsiyon/iyonlaşmalı (Matrix-Assisted Laser Desorption/lonization) uçuş zamanlı (Time-of-flight) kütle spektrometresi (MALDI-MS) ile yapılmıştır. Bu çalışma sonucunda, uygun matriks ve örnek hazırlama koşulları sağlandığında biyomoleküller arasındaki bu tür komplekslerin, kompleks kararlılıklarının ve stokiyometrilerinin incelenebileceği görülmüştür. Bu çalışma esnasında kullanılan analitlerin; özellikle CK2 enzimi (aaŞP veya acf(3|3), alt birimleri ve p53 yapılarının kesin molekül ağırlıkları da bazı çarpıcı sonuçlarla elde edilmiştir. Kovalent olmayan komplekslerin MALDI-MS yöntemiyle net olarak incelenebilmesi için matriks seçimi en önemli parametrelerden bir tanesidir. Bu sebeple çalışmanın ilk aşamasında kazein kinaz 2 enziminin a alt biriminin analizi, Sinapinik asit (SA), 2,5-Dihidroksibenzoik asit (DHB), 2',6'- Dihidroksiasetofenon (2,6-DHAP), 6-aza-2-tiyotimin (ATT), 2'-(4-Hidroksifenilazo) benzoik asit (HABA) matriksleri kullanılarak yapılmıştır. İkinci basamakta kazein kinaz 2 enziminin p alt biriminin MALDI-MS analizi hem pozitif hem de negatif iyon modu kullanılarak yapılmıştır. Çünkü bir maddenin hangi mod ile daha kuvvetli molekül iyon pik şiddeti verebileceğini önceden tahmin etmek oldukça güçtür. Bütün bunlardan sonra farklı örnek hazırlama yöntemleri, matriks ve analit çözeltileri mikro tüpte (1:10 hacimce) ve MALDI-MS sisteminin örnek plakası üzerinde (1:2 hacimce) karıştırılarak test edilmiştir. Polilisin ve heparinin MALDI-MS spektrumlarında bu maddelere ait farklı molekül ağırlığına sahip bir çok tür gözlendiği için bu maddeler kapiler elektroforez yöntemiyle ayırılmaya çalışılmıştır.
Özet (Çeviri)
INVESTIGATION OF COMPLEXES OF CASEIN KINASE II (CKII) ENZYME WITH POLYAMINES, ONCOPROTEINS AND OLIGONUCLEOTIDES BY CAPILLARY ELECTROPHORESIS AND MALDI-MS Ömür Çelikbıçak ABSTRACT Matrix-Assisted Laser Desorption/lonization Time-of-Flight (MALDI/TOF) mass spectrometer was used to study the noncovalent complexes of a-subunit and p- subunits of Casein Kinase II (Casein Kinase 2) enzyme with polyamine, heparin, polyguanylic acid and substrates of the enzyme which are; peptide substrate 'RRADDSDDDDD', p53 oncoprotein, and also noncovalent complexes between subunits of Casein Kinase 2 (CK2) enzyme and in between heparin and polylysine. It was found that these types of biomolecule complexes could be followed by MALDI-MS and complex stabilities along with complex stoichiometries could be examined adjusting the suitable matrix and sample preparation conditions. During the study, also exact molecular weights of these analytes, especially CK2 tetramer (CI2P2 and a'2P2) enzyme, subunits of CK2 and p53 were obtained by MALDI-MS with impressive results. For the exact observation of noncovalent complexes in MALDI-MS, choosing the MALDI matrices is one of the most important parameter in these types of studies. For this reason, matrix selection experiments were carried out by using Sinapinic acid (SA), 2,5-Dihydroxybenzoic acid (DHB), 2',6'-Dihydroxy acetophenone (2,6-DHAP), 6- aza-2-thiothymine (ATT), 2'-(4-Hydroxyphenylazo) benzoic acid (HABA) matrices, during analysis of â-subunit of CK2 by MALDI MS in the first step. Since it is difficult to predict which mode gives intense molecular ion peak in the MALDI MS, in the second step, both positive and negative modes of MALDI MS were tested during the analysis of â-subunits of Casein Kinase 2 (CK2) enzyme. Afterwards the effect of different sample preparation conditions; mixing the analyte and the matrix solution in micro tube (1:10 v/v) and mixing on the sample plate (1:2 v/v), were tested. In the MALDI MS spectra of heparin and polylysine that was observed they have many fractions having different molecular weights in their trading forms. For this reason, heparin and polylysine were examined to separate by using Capillary Electrophoresis.
Benzer Tezler
- Investigating the targets and biological roles of IRE1's two enzymatic activities
IRE1'nin iki farklı enzimatik aktivitelerinin biyolojik hedeflerinin ve rollerinin incelenmesi
ASLI DİLBER YILDIRIM
Doktora
İngilizce
2022
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. EBRU ERBAY
- Investigation of controlled modifications on glycation tendency of proteins
Kontrollü modifikasyonların proteinlerin glikasyon davranışı üzerine etkilerinin incelenmesi
HALİSE GÜL AKILLIOĞLU
Doktora
İngilizce
2016
Gıda MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VURAL GÖKMEN
- Sulfametoksazol (ilaç maddesi) ve metal bileşiklerinin kırmızı-altı spektroskopisi ile incelenmesi
Investigation on sulfamethoxazole (drug substance) and its metal complexes by infrared spectroscpoy
NİGAR BERNA KESİMLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
Fizik ve Fizik MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. ARZU TOPAÇLI
- Sulfadimetoksin (ilaç maddesi) ve metal bileşiklerinin kırmızı-altıspektroskopisi ile incelenmesi
Investigation on sulfadimethoxine (Drug substance) and its metal complexes by infrared spectroscopy
TÜLAY TIRAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Fizik ve Fizik MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARZU TOPAÇLI
- Development of selective iron-based fischer-tropsch catalysts to light olefins
Hafif olefinler için seçici demir bazli fischer-tropsch katalizörlerinin geliştirilmesi
YASEMİN FATİH AGHDAEI
Doktora
İngilizce
2023
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSNÜ ATAKÜL
DOÇ. DR. ALPER SARIOĞLAN