Identification of theranostic gene markers in cancers and prognostic validation in colorectal cancer
Kanserde prognoz ve kemoterapi faydası tahmini yapabilen gen belirteçlerinin belirlenmesi ve kolorektal kanserde prognoz belirteçlerinin doğrulama çalışması
- Tez No: 377426
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Genetik, Biostatistics, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 83
Özet
Kolorektal kanser (KRK) dünyada en yaygın olan dördüncü kanser türüdür. KRK için 5 yıllık hayatta kalma oranı diğer kanser türlerinden daha yüksek olmasına rağmen prognoz tahmini ve yüksek tahmin gücü olan biyobelirteçlerin belirlenmesi hastaların tedavilerden faydalanabilmeleri ve hayatta kalabilmeleri için hala önemini korumaktadır. Klinikte kullanılacak biyobelirteçlerin belirlenmesi için günümüzde kullanılan teknikler çok genli listeler ile model oluşturmak üzerine kuruludur. Fakat, bu tür modeler hücre hatlarını güzelce ayırabilirken, tümördeki çeşitlilik ve gen ifadesini ölçen tekniklerin düşük duyarlılığı yüzünden tümör örneklerinde doğru tahmin oranları yeteri kadar yüksek değildir. Daha önceki yayınlanmış çalışmalar da gösteriyor ki, çok genli listeler eşit sayıda gen içeren rastgele gen listelerinden daha iyi ayrımlar yapamıyorlar. Bu sebeple, biz bu çalışmada, kemoterapi faydasını tespit edebilen tek gen prognoz belirteçleri belirlemek için, iki adet R tabanlı istatistiksel analiz programı (SSAT ve USAT) geliştirmeyi hedefledik. SSAT ile ULBP2 ve SEMA5A genlerini kolon kanseri için ve USAT ile PTRF, TGFB1I1, DUSP10, KLF9, CLCN7 ve CLDN3 genlerini KRK için aday prognoz belirteçleri olarak tespit ettik. ULBP2 ve SEMA5A genlerini bağımsız bir hasta grubunda diğer klinik parametrelerden bağımsız prognoz belirteçleri olarak doğruladık. Fakat, USAT ile belirlediğimiz aday genlerden sadece CLCN7 genini doğrulayabildik. Bu sonuçlar bize SSAT'ın aday prognoz belirteçleri belirlemek için daha iyi bir program olabileceğini ve USAT'ın daha iyi prognoz belirteçlerini tespit edebilmesi için geliştirilmesi gerektiğini gösterdi. Ayrıca CCLE ve CGP ilaç veritabanlarında ULBP2 ve SEMA5A genlerinin kemoterapi faydası tahmini yapabildiklerini de gösterdik. Fakat bu sonuçlar in vitro deneyler ile doğrulanmalıdır. Bu çalışmada kullandığımız yöntemlerin, klinikte kullanılabilecek, prognoz ve kemoterapi faydası tahmini yapabilen ürünlerin geliştirilmesi için yapılacak çalışmalara katkı sağlayacağına inanıyoruz.
Özet (Çeviri)
Colorectal cancer (CRC) is the fourth most prevalent cancer type worldwide. Although the 5-year survival rate of CRC is higher than many cancer types, prediction of prognosis and identification of accurate biomarkers still maintain their importance for chemotherapy benefits, thus survival of the patients. Current techniques to identify biomarkers for clinical use are based on building models with multi-gene signatures. However, the accuracy rates of such signatures are not high enough due to heterogeneity of the tumors and low sensitivity of gene expression measurement techniques, although cell lines can be predicted very well with such signatures. There has also been sufficient evidence that multi-gene signatures may not be better predictors than random signatures with the same size. Therefore, in this study, we aimed to develop two R-based statistical analysis tools, SSAT and USAT, to identify single-gene expression markers for prognosis with chemotherapy benefit prediction power. We identified two genes, ULBP2 and SEMA5A, with SSAT and 6 genes, PTRF, TGFB1I1, DUSP10, KLF9, CLCN7 and CLDN3, with USAT for colon cancer and CRC, respectively. We were able to validate independent prognostic power of ULBP2 and SEMA5A in an independent cohort. However, we could only validate CLCN7 among 6 genes that we identified by USAT. Those results showed that SSAT may be a better tool to identify prognostic gene markers and USAT needs to be improved to identify better candidate genes. We could also reveal the chemotherapy benefit prediction power of ULBP2 and SEMA5A in CCLE and CGP drug databases, although these in silico results should be validated by in vitro experiments. We believe that the approach that we used in this study may pioneer the studies to develop commercial theranostic tools for clinical use in various types of cancer.
Benzer Tezler
- Mezenkimal kök hücre kaynaklı eksozomların L-NAME sıçan preeklampsi modelinde tedavi edici etkilerinin araştırılması
Investigating of Therapotic Effects of Mesenchymal Stem Cell Derived Exosomes in L-NAME Rat Model of Preeclampsia
NEFSUN DANIŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiFırat ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EBRU ÖNALAN
- Kanser teşhis ve tedavisinde kullanılma potansiyeli olan aza-BODIPY içerikli poli(β-amino ester)'lerin hazırlanması ve biyolojik özelliklerinin araştırılması
Preparation and evaluation of biological properties of poly(β-amino ester)s that have potential in cancer therapy and diagnosis
ŞEYMA SARI
Doktora
Türkçe
2024
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMET ÜBEYDULLAH KAHVECİ
- Doğu karadeniz bölgesinde osteoporoz için risk faktörlerinin tespiti
Identification of risk factors for osteoporosis in the region of east black sea
MÜNEVVER SERDAROĞLU BEYAZAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2007
Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonKaradeniz Teknik ÜniversitesiFiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET TOSUN
- İntrakranial meningiomlardaMGMT, CDKN2A, GSTP1 ve THBS1 genlerinin promotor bölge metilasyon kalıplarının belirlenmesi
Identification of promoter region methylation patterns seen at the MGMT, CDKN2A, GSTP1 and THBS1 genes of intrakranial meningiom patients
FATİH AYDEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
GenetikBaşkent ÜniversitesiNöroşirürji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET NUR ALTINÖRS
- Identification of Colchicum L. species of Turkey's flora by sequence analysis of nrDNA its region
Türki̇ye florasına ai̇t Colchi̇cum L. türleri̇ni̇n nrDNA its bölgesi̇ di̇zi̇ anali̇zleri̇ i̇le beli̇rlenmesi̇
SEREN METE
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU