Identification of theranostic gene markers in cancers and prognostic validation in colorectal cancer
Kanserde prognoz ve kemoterapi faydası tahmini yapabilen gen belirteçlerinin belirlenmesi ve kolorektal kanserde prognoz belirteçlerinin doğrulama çalışması
- Tez No: 377426
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Genetik, Biostatistics, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 83
Özet
Kolorektal kanser (KRK) dünyada en yaygın olan dördüncü kanser türüdür. KRK için 5 yıllık hayatta kalma oranı diğer kanser türlerinden daha yüksek olmasına rağmen prognoz tahmini ve yüksek tahmin gücü olan biyobelirteçlerin belirlenmesi hastaların tedavilerden faydalanabilmeleri ve hayatta kalabilmeleri için hala önemini korumaktadır. Klinikte kullanılacak biyobelirteçlerin belirlenmesi için günümüzde kullanılan teknikler çok genli listeler ile model oluşturmak üzerine kuruludur. Fakat, bu tür modeler hücre hatlarını güzelce ayırabilirken, tümördeki çeşitlilik ve gen ifadesini ölçen tekniklerin düşük duyarlılığı yüzünden tümör örneklerinde doğru tahmin oranları yeteri kadar yüksek değildir. Daha önceki yayınlanmış çalışmalar da gösteriyor ki, çok genli listeler eşit sayıda gen içeren rastgele gen listelerinden daha iyi ayrımlar yapamıyorlar. Bu sebeple, biz bu çalışmada, kemoterapi faydasını tespit edebilen tek gen prognoz belirteçleri belirlemek için, iki adet R tabanlı istatistiksel analiz programı (SSAT ve USAT) geliştirmeyi hedefledik. SSAT ile ULBP2 ve SEMA5A genlerini kolon kanseri için ve USAT ile PTRF, TGFB1I1, DUSP10, KLF9, CLCN7 ve CLDN3 genlerini KRK için aday prognoz belirteçleri olarak tespit ettik. ULBP2 ve SEMA5A genlerini bağımsız bir hasta grubunda diğer klinik parametrelerden bağımsız prognoz belirteçleri olarak doğruladık. Fakat, USAT ile belirlediğimiz aday genlerden sadece CLCN7 genini doğrulayabildik. Bu sonuçlar bize SSAT'ın aday prognoz belirteçleri belirlemek için daha iyi bir program olabileceğini ve USAT'ın daha iyi prognoz belirteçlerini tespit edebilmesi için geliştirilmesi gerektiğini gösterdi. Ayrıca CCLE ve CGP ilaç veritabanlarında ULBP2 ve SEMA5A genlerinin kemoterapi faydası tahmini yapabildiklerini de gösterdik. Fakat bu sonuçlar in vitro deneyler ile doğrulanmalıdır. Bu çalışmada kullandığımız yöntemlerin, klinikte kullanılabilecek, prognoz ve kemoterapi faydası tahmini yapabilen ürünlerin geliştirilmesi için yapılacak çalışmalara katkı sağlayacağına inanıyoruz.
Özet (Çeviri)
Colorectal cancer (CRC) is the fourth most prevalent cancer type worldwide. Although the 5-year survival rate of CRC is higher than many cancer types, prediction of prognosis and identification of accurate biomarkers still maintain their importance for chemotherapy benefits, thus survival of the patients. Current techniques to identify biomarkers for clinical use are based on building models with multi-gene signatures. However, the accuracy rates of such signatures are not high enough due to heterogeneity of the tumors and low sensitivity of gene expression measurement techniques, although cell lines can be predicted very well with such signatures. There has also been sufficient evidence that multi-gene signatures may not be better predictors than random signatures with the same size. Therefore, in this study, we aimed to develop two R-based statistical analysis tools, SSAT and USAT, to identify single-gene expression markers for prognosis with chemotherapy benefit prediction power. We identified two genes, ULBP2 and SEMA5A, with SSAT and 6 genes, PTRF, TGFB1I1, DUSP10, KLF9, CLCN7 and CLDN3, with USAT for colon cancer and CRC, respectively. We were able to validate independent prognostic power of ULBP2 and SEMA5A in an independent cohort. However, we could only validate CLCN7 among 6 genes that we identified by USAT. Those results showed that SSAT may be a better tool to identify prognostic gene markers and USAT needs to be improved to identify better candidate genes. We could also reveal the chemotherapy benefit prediction power of ULBP2 and SEMA5A in CCLE and CGP drug databases, although these in silico results should be validated by in vitro experiments. We believe that the approach that we used in this study may pioneer the studies to develop commercial theranostic tools for clinical use in various types of cancer.
Benzer Tezler
- Mezenkimal kök hücre kaynaklı eksozomların L-NAME sıçan preeklampsi modelinde tedavi edici etkilerinin araştırılması
Investigating of Therapotic Effects of Mesenchymal Stem Cell Derived Exosomes in L-NAME Rat Model of Preeclampsia
NEFSUN DANIŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiFırat ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EBRU ÖNALAN
- Kanser teşhis ve tedavisinde kullanılma potansiyeli olan aza-BODIPY içerikli poli(β-amino ester)'lerin hazırlanması ve biyolojik özelliklerinin araştırılması
Preparation and evaluation of biological properties of poly(β-amino ester)s that have potential in cancer therapy and diagnosis
ŞEYMA SARI
Doktora
Türkçe
2024
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMET ÜBEYDULLAH KAHVECİ
- Identification of by products in hydrogen producing bacteria Rhodobascter sphaeradies OU 001 grown in waste water of a sugar refinery
Şeker fabrikası atık suyundan hidrojen üretebilen Rhadobacter sphaeradies OU 001'in yan ürünlerinin karakterizasyonu
DENİZ ÖZGÜR YİĞİT
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ
- Lactococcus cinsine ait suşlarda faj dirençlilik sistemlerinin tanımlanması
Identification of phage resistance in genus: Lactococcus
PINAR ŞANLIBABA
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA AKÇELİK
- Türkiye'de izole edilen lactococcus lactis subsp. lactis suşlarında laktoz fermentasyon yeteneğinin genetik determinantlarının, konjugal aktarımının ve stabilitesinin tanımlanması
Identification of genetic determinants, conjugal transfer and stability of lactose fermentation ability in lactococcus lactis subsp. lactis strains isolated from Turkey
ÇAĞLA TÜKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA AKÇELİK