Coherent organization in gene regulatory networks
Gen düzenleme ağlarında uyumlu örgütlenme
- Tez No: 414058
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALKAN KABAKÇIOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Biyoloji, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Biophysics, Biology, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 93
Özet
Biyolojik ağlar hakkındaki bilgiler arttıkça, ağların yapı ve fonksiyonları arasındaki etkileşim aktif bir araştırma alanı haline geldi. Örneğin, biyolojik ve yapay ağlardaki komşu sayısı dağılımının bir kuvvet fonksiyonu ile verilmesi (ölçeksizlik), bu ağların iç ve dış etkilere karşı dayanıklı olmasını sağlamaktadır. Ayrıca ağın içindeki bazı daha küçük altağlar belirli görevlerin yerine getirilmesinde etkilidir. Gen düzenleme ağlarında hücre tiplerine karşılık gelen çekicilerin sayısı da ağın düğüm ve kenar sayılarına bağlı olarak tahmin edilebilmektedir. Bu tezde, dinamik ağlardaki uyum için hem aktive edici hem baskılayıcı etkileşimleri kapsayan yeni bir ölçü tanımlanmaktadır. Biyolojik ağlardaki uyum, aynı anda aktif olan ve ortak bir hedef paylaşan düğümlerin aynı şekilde hareket etmesi olarak tanımlanır. Çalışmada hücre döngüsü ve hücre başkalaşmasından sorumlu altı değişik gen düzenleme ağında uyumluluk derecesi incelenmektedir. Bu ağların rassal ağlarla karşılaştırılması sonucu biyolojik ağların yüksek uyumluluk sağlayacak biçimde sekillendiği gözlemlenmektedir. Bu özelliğin, sinir ağlarındaki Hebb seçilimine benzer şekilde, hücrenin sahip olduğu malzeme ve enerjiyi en ekonomik biçimde kullanılmasını sağlayan evrimsel bir süreç sonucu ortaya çıkmış olduğu düşünülmektedir. Uyumluluğun, bir düğümün ortalama komşu sayısı ve aktive edici ve baskılayıcı etkileşimlerin oranı gibi yapısal parametrelere bağlılığı araştırılmaktadır. Bunun dışında dinamik özelliklerin sonucu olan çekici havuzu ve çekicilerdeki aktif düğüm sayısı oranına bağlılık da incelenmektedir.
Özet (Çeviri)
With mounting information on details of biological networks, the interplay between structure and function has become a fertile field of research. For example, a power-law distribution of neighbor counts (or scale-freeness, an all-pervasive feature across biological and artificial networks) has been shown to promote robustness against internal or external influences, the abundance of certain substructures in intracellular networks can be linked with special tasks, the number of dynamical attractors (in correspondence with the number of cell types) can be predicted from the number of nodes and edges, etc. In this thesis, we introduce a novel measure of coherence for dynamic networks which encompass both activatory and repressory interactions. We investigate the degree of coherence, i.e., the unity of purpose between the simultaneously active regulatory agents with a common target, in gene regulatory networks responsible for cell cycle and cell differentiation in several organisms. Upon comparison with carefully chosen null-model ensembles, we demonstrate that these biological networks are, in fact, biased towards high coherence. We argue that this skewness is selected for by evolutionary pressures (akin to Hebbian selection in neuronal connections), under a demand for economical consumption of materials and energy available to the cell. The dependence of coherence on various structural parameters, such as the mean number of inputs per node and the activatory/repressory interaction ratio, as well as on dynamically determined quantities, such as the basin size and the number of expressed genes, is also investigated.
Benzer Tezler
- Lokal ileri ve metastatik küçük hücreli dışı akciğer karsinomlu hastalarda DDR-2, BRAF, PIK3CA mutasyon profilinin tedavi ve klinikopatolojik parametrelerle korelasyonu
DDR-2, BRAF, PıK3CA mutations profile's correlation with response of therapy and clinicopatological parametres in patients with locally advanced and metastatic non-small lung cancer
FURKAN ERTAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
OnkolojiPamukkale Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GAMZE GÖKÖZ DOĞU
- Lokal ileri ve metastatik küçük hücreli dışı akciğer karsinomlu hastalarda P53, pten, LKB-1 mutasyon profilinin tedavi yanıtıyla ve klinikopatolojik parametrelerle korelasyonu
P53, PTEN, IKP-1 mutations profile's correlation with response of therapy and clinicopathological parametres in patients with locally advanced and metastatic non-small lung cancer
PAŞA AKSOY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
OnkolojiPamukkale Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GAMZE GÖKÖZ DOĞU
- Bazı Türk linyitlerinin akışkan yatak gazlaştırıcıda gazlaştırılması
Gasification of some Turkish lignites in a fludized bed gasifier
AYŞE TARAKÇIOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Kimya MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEDRİYE TÜLAY DURUSOY
- AİHM kararlarında ülke dışı yargı yetkisi kavramının uygulanması ve dönüşümü
Application and transition of extraterritorial jurisdiction notion of the ECtHR decisions, application and transition of extraterritoail jurisdiction notion in the ecthr decisions
YASEMİN KARADAĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
HukukAnkara ÜniversitesiUluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BİLAL ERDEM DENK
- İlk üç asır kelamî tartışmalar bağlamında Taberî(224-310/839-923)'nin konumu
Tabarî(224-310/839-923)'s position in the context of the kalām discussions in the first three centuries
NAİF YAŞAR
Doktora
Türkçe
2015
DinAnkara ÜniversitesiTemel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET AKİF KOÇ