Coherent organization in gene regulatory networks
Gen düzenleme ağlarında uyumlu örgütlenme
- Tez No: 414058
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALKAN KABAKÇIOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Biyoloji, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Biophysics, Biology, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 93
Özet
Biyolojik ağlar hakkındaki bilgiler arttıkça, ağların yapı ve fonksiyonları arasındaki etkileşim aktif bir araştırma alanı haline geldi. Örneğin, biyolojik ve yapay ağlardaki komşu sayısı dağılımının bir kuvvet fonksiyonu ile verilmesi (ölçeksizlik), bu ağların iç ve dış etkilere karşı dayanıklı olmasını sağlamaktadır. Ayrıca ağın içindeki bazı daha küçük altağlar belirli görevlerin yerine getirilmesinde etkilidir. Gen düzenleme ağlarında hücre tiplerine karşılık gelen çekicilerin sayısı da ağın düğüm ve kenar sayılarına bağlı olarak tahmin edilebilmektedir. Bu tezde, dinamik ağlardaki uyum için hem aktive edici hem baskılayıcı etkileşimleri kapsayan yeni bir ölçü tanımlanmaktadır. Biyolojik ağlardaki uyum, aynı anda aktif olan ve ortak bir hedef paylaşan düğümlerin aynı şekilde hareket etmesi olarak tanımlanır. Çalışmada hücre döngüsü ve hücre başkalaşmasından sorumlu altı değişik gen düzenleme ağında uyumluluk derecesi incelenmektedir. Bu ağların rassal ağlarla karşılaştırılması sonucu biyolojik ağların yüksek uyumluluk sağlayacak biçimde sekillendiği gözlemlenmektedir. Bu özelliğin, sinir ağlarındaki Hebb seçilimine benzer şekilde, hücrenin sahip olduğu malzeme ve enerjiyi en ekonomik biçimde kullanılmasını sağlayan evrimsel bir süreç sonucu ortaya çıkmış olduğu düşünülmektedir. Uyumluluğun, bir düğümün ortalama komşu sayısı ve aktive edici ve baskılayıcı etkileşimlerin oranı gibi yapısal parametrelere bağlılığı araştırılmaktadır. Bunun dışında dinamik özelliklerin sonucu olan çekici havuzu ve çekicilerdeki aktif düğüm sayısı oranına bağlılık da incelenmektedir.
Özet (Çeviri)
With mounting information on details of biological networks, the interplay between structure and function has become a fertile field of research. For example, a power-law distribution of neighbor counts (or scale-freeness, an all-pervasive feature across biological and artificial networks) has been shown to promote robustness against internal or external influences, the abundance of certain substructures in intracellular networks can be linked with special tasks, the number of dynamical attractors (in correspondence with the number of cell types) can be predicted from the number of nodes and edges, etc. In this thesis, we introduce a novel measure of coherence for dynamic networks which encompass both activatory and repressory interactions. We investigate the degree of coherence, i.e., the unity of purpose between the simultaneously active regulatory agents with a common target, in gene regulatory networks responsible for cell cycle and cell differentiation in several organisms. Upon comparison with carefully chosen null-model ensembles, we demonstrate that these biological networks are, in fact, biased towards high coherence. We argue that this skewness is selected for by evolutionary pressures (akin to Hebbian selection in neuronal connections), under a demand for economical consumption of materials and energy available to the cell. The dependence of coherence on various structural parameters, such as the mean number of inputs per node and the activatory/repressory interaction ratio, as well as on dynamically determined quantities, such as the basin size and the number of expressed genes, is also investigated.
Benzer Tezler
- Local production organization oriented towards global markets: subcontracting relationship in the cloting industry in Türkey
Küresel pazarlara yönelen yerel üretim örgütlenmeleri: Türkiye'deki giyim sanayinde fason ilişkiler
SERAP KATASÜ (ERDOĞAN)
Doktora
İngilizce
1995
Şehircilik ve Bölge PlanlamaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiPROF.DR. TANSI ŞENYAPILI
- The analysis of the evolution of the relationship between the Hashemite Regime and the Jordanian Muslim Brotherhood
Haşimi Rejimi ve Ürdün'deki Müslüman Kardeşler Hareketi arasındaki ilişkinin gelişiminin bir analizi
BANU TERZİOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
Uluslararası İlişkilerOrta Doğu Teknik ÜniversitesiOrtadoğu Araştırmaları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELİHA ALTUNIŞIK
- Design and modelling of urban development areas with reference to historical settlements: case of Korça
Tarihi yerleşme ögeleri referanslı şehir gelişme alanların tasarımı ve modellenmesı: Korça örneği
EGIN ZEKA
Doktora
İngilizce
2020
Şehircilik ve Bölge Planlamaİstanbul Teknik ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET ALİ YÜZER
- Örgüt kültürünün farklılık yönetimine etkisi: Otel işletmelerinde bir araştırma
Organizational culture impacts on diversity management: A research on hotels
HAKAN SEZEREL
- Ortaöğretim öğretmenlerinin örgütsel adanmışlık düzeyleri ile müdürlerin liderlik davranışlarını algılama düzeyleri arasındaki ilişki
Relationship between secondary education teachers organizational devotion levels and perception level of leadership behaviors of directors
ÖZLEM AFACAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Eğitim ve ÖğretimYeditepe ÜniversitesiEğitim Yönetimi ve Denetimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ADİL ÇAĞLAR