Geri Dön

Coherent organization in gene regulatory networks

Gen düzenleme ağlarında uyumlu örgütlenme

  1. Tez No: 414058
  2. Yazar: NEŞE ARAL
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALKAN KABAKÇIOĞLU
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyofizik, Biyoloji, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Biophysics, Biology, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 93

Özet

Biyolojik ağlar hakkındaki bilgiler arttıkça, ağların yapı ve fonksiyonları arasındaki etkileşim aktif bir araştırma alanı haline geldi. Örneğin, biyolojik ve yapay ağlardaki komşu sayısı dağılımının bir kuvvet fonksiyonu ile verilmesi (ölçeksizlik), bu ağların iç ve dış etkilere karşı dayanıklı olmasını sağlamaktadır. Ayrıca ağın içindeki bazı daha küçük altağlar belirli görevlerin yerine getirilmesinde etkilidir. Gen düzenleme ağlarında hücre tiplerine karşılık gelen çekicilerin sayısı da ağın düğüm ve kenar sayılarına bağlı olarak tahmin edilebilmektedir. Bu tezde, dinamik ağlardaki uyum için hem aktive edici hem baskılayıcı etkileşimleri kapsayan yeni bir ölçü tanımlanmaktadır. Biyolojik ağlardaki uyum, aynı anda aktif olan ve ortak bir hedef paylaşan düğümlerin aynı şekilde hareket etmesi olarak tanımlanır. Çalışmada hücre döngüsü ve hücre başkalaşmasından sorumlu altı değişik gen düzenleme ağında uyumluluk derecesi incelenmektedir. Bu ağların rassal ağlarla karşılaştırılması sonucu biyolojik ağların yüksek uyumluluk sağlayacak biçimde sekillendiği gözlemlenmektedir. Bu özelliğin, sinir ağlarındaki Hebb seçilimine benzer şekilde, hücrenin sahip olduğu malzeme ve enerjiyi en ekonomik biçimde kullanılmasını sağlayan evrimsel bir süreç sonucu ortaya çıkmış olduğu düşünülmektedir. Uyumluluğun, bir düğümün ortalama komşu sayısı ve aktive edici ve baskılayıcı etkileşimlerin oranı gibi yapısal parametrelere bağlılığı araştırılmaktadır. Bunun dışında dinamik özelliklerin sonucu olan çekici havuzu ve çekicilerdeki aktif düğüm sayısı oranına bağlılık da incelenmektedir.

Özet (Çeviri)

With mounting information on details of biological networks, the interplay between structure and function has become a fertile field of research. For example, a power-law distribution of neighbor counts (or scale-freeness, an all-pervasive feature across biological and artificial networks) has been shown to promote robustness against internal or external influences, the abundance of certain substructures in intracellular networks can be linked with special tasks, the number of dynamical attractors (in correspondence with the number of cell types) can be predicted from the number of nodes and edges, etc. In this thesis, we introduce a novel measure of coherence for dynamic networks which encompass both activatory and repressory interactions. We investigate the degree of coherence, i.e., the unity of purpose between the simultaneously active regulatory agents with a common target, in gene regulatory networks responsible for cell cycle and cell differentiation in several organisms. Upon comparison with carefully chosen null-model ensembles, we demonstrate that these biological networks are, in fact, biased towards high coherence. We argue that this skewness is selected for by evolutionary pressures (akin to Hebbian selection in neuronal connections), under a demand for economical consumption of materials and energy available to the cell. The dependence of coherence on various structural parameters, such as the mean number of inputs per node and the activatory/repressory interaction ratio, as well as on dynamically determined quantities, such as the basin size and the number of expressed genes, is also investigated.

Benzer Tezler

  1. Local production organization oriented towards global markets: subcontracting relationship in the cloting industry in Türkey

    Küresel pazarlara yönelen yerel üretim örgütlenmeleri: Türkiye'deki giyim sanayinde fason ilişkiler

    SERAP KATASÜ (ERDOĞAN)

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    1995

    Şehircilik ve Bölge PlanlamaOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. TANSI ŞENYAPILI

  2. The analysis of the evolution of the relationship between the Hashemite Regime and the Jordanian Muslim Brotherhood

    Haşimi Rejimi ve Ürdün'deki Müslüman Kardeşler Hareketi arasındaki ilişkinin gelişiminin bir analizi

    BANU TERZİOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    Uluslararası İlişkilerOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Ortadoğu Araştırmaları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MELİHA ALTUNIŞIK

  3. Design and modelling of urban development areas with reference to historical settlements: case of Korça

    Tarihi yerleşme ögeleri referanslı şehir gelişme alanların tasarımı ve modellenmesı: Korça örneği

    EGIN ZEKA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Şehircilik ve Bölge Planlamaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Şehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET ALİ YÜZER

  4. Örgüt kültürünün farklılık yönetimine etkisi: Otel işletmelerinde bir araştırma

    Organizational culture impacts on diversity management: A research on hotels

    HAKAN SEZEREL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    İşletmeAnadolu Üniversitesi

    İşletme Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. H. ZÜMRÜT TONUS

  5. Ortaöğretim öğretmenlerinin örgütsel adanmışlık düzeyleri ile müdürlerin liderlik davranışlarını algılama düzeyleri arasındaki ilişki

    Relationship between secondary education teachers organizational devotion levels and perception level of leadership behaviors of directors

    ÖZLEM AFACAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Eğitim ve ÖğretimYeditepe Üniversitesi

    Eğitim Yönetimi ve Denetimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ADİL ÇAĞLAR