Nevşehir bölgesinde satışa sunulan tavuk karkaslarından izole edilen Aliarcobacter spp.'nin moleküler tiplendirilmesi ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Molecular typing and determination of antimicrobial susceptibility of Aliarcobacter spp. isolated from chicken carcasses sold in Nevşehi̇r province
- Tez No: 964340
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HARUN HIZLISOY
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Besin Hijyeni ve Teknolojisi, Halk Sağlığı, Veteriner Hekimliği, Food Hygiene and Technology, Public Health, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Aliarcobacter spp, Genotiplendirme, Tavuk karkas, Tüm genom dizileme, Virülens genler, Aliarcobacter spp, Chicken carcass, Genotyping, Virulence genes, Whole genome sequencing
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Veteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim dalı
- Bilim Dalı: Veterinerlik Besin Hijyeni ve Teknolojisi Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 116
Özet
Bu tezde; Nevşehir bölgesinde farklı satış yerlerinden, 2022 yılı Nisan, Mayıs ve Haziran aylarında toplanan toplamda 100 adet (25 adet tavuk kanat, 25 adet bütün tavuk, 25 adet tavuk but ve 25 adet tavuk göğüs eti) tavuk karkas örneğinde Aliarcobacter spp. izolasyonu ve identifikasyonu, tespit edilen izolatların seçilen antibiyotiklere duyarlılıkları, virülens genlerinin tespiti, izolatların genetik ilişkilerinin belirlenmesi ve belirlenen A. butzleri izolatının genetik yapısının tüm genom dizileme yöntemi ile ortaya konması hedeflenmiştir. Bu çalışmada, tavuk karkaslarından elde edilen Aliarcobacter'lerin tür seviyesinde izolasyonu ve identifikasyonu gerçekleştirilmiştir. Fenotipik tanımlama yöntemleriyle Aliarcobacter spp. olarak belirlenen izolatlar, multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu (mPCR) ile doğrulanmıştır. Antibiyotik duyarlılığı Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle test edilmiş ve izolatların virülens faktörleri PCR yöntemiyle saptanmıştır. İzolatların moleküler tiplendirilmesinde Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR) yöntemi tercih edilmiştir. Ayrıca, seçilen bir A. butzleri izolatının genetik yapısı tüm genom dizileme yöntemi ile incelenmiş olup, kapsamlı bir genetik analiz yapılmıştır. Bu çalışmada, 100 adet tavuk karkası örneğinin 64'ünün (%64), Aliarcobacter spp. ile kontamine olduğu tespit edilmiştir. Tespit edilen 64 izolatın; 57ʼsi (%89) A. butzleri, 7'si (%11) A. cryaerophilus olarak belirlenmiş, A. skirrowii ise tespit edilememiştir. Gerçekleştirilen antibiyotik duyarlılık testlerinde, A. butzleri olarak identifiye edilen izolatların; %38,6 enrofloksasin, %10,5 tetrasiklin, %47,4 florfenikol, %91,2 klindamisin, %14,0 gentamisin ve kanamisin, %50,9 eritromisin, %87,7 aztreonam, %93 rifampin, %57,9 kloramfenikol, %33,3 azitromisin ve %96,5 linezolid direncinin gelişmiş olduğu görülmüştür. A. cryaerophilus olarak identifiye edilen izolatların; %28,6 enrofloksasin, kloramfenikol, azitromisin, tetrasiklin ve florfenikol, %42,9 kanamisin ve gentamisin, %71,4 eritromisin, rifampin ve linezolid, %57,1 klindamisin ve %85,7 aztreonam direncinin gelişmiş olduğu görülmüştür. A. butzleri yönünden pozitif bulunan izolatların virulenslerinde rol oynayan genlerin tespitinde ise, toplam 57 izolatın; 6'sında (%10,5) irgA, 1'inde (%1,5) hecB, 57'sinde (%100) mviN, 49'unda (%89) pldA ve 36'sında (%56,2) tlyA genlerine rastlanmıştır. A. cryaerophilus yönünden pozitif bulunan izolatların virulenslerinde rol oynayan genlerin tespitinde ise, toplam 7 izolatın; 2'sinde (%28,5) irgA, 7'sinde (%100) mviN ve 6'sında (%85,7) pldA genlerine rastlanmıştır. Tüm genom dizileme analizi, Aliarcobacter izolatında çeşitli antibiyotik direnç genlerinin varlığını ortaya koymuştur. Tespit edilen genler arasında; β-laktamaz genleri (CTX-M-151, CARB-45, blaB-28, OXA-296, ADC-128, SGM-4, AIM-1, cphA5 ve GOB-34), tetrasiklin direnç genleri (tet(X3), tet(47) ve tet(E)) ile makrolid-linkozamid-streptogramin direnç genleri (ermB, lsaC ve optrA) yer almaktadır. Buna ek olarak, aminoglikozid direnç genleri olan aac(6'), aadA25, aac(3), ANT(4')-IIB ve arr-2 de tespit edilmiştir. Genom ayrıca glikopeptid direnç genleri (VanI, VanH ve vanTC), florokinolon direnci ile ilişkili genler (patA, acrB, MexB, MexF, smeB) ve kolistin direnç geni olan eptA'yı da içermektedir. Bununla birlikte efluks pompası ile ilişkili genler (sfh-1, fhuE, acnB, smeB, hypF, yhes), fosfomisin direnci (fusC) ve metisilin direnci (mecA) ile ilişkili genler de belirlenmiştir. Bunların yanı sıra, düzenleyici veya metabolik yollarda rol oynayan tamamlayıcı genler olan recD2, secA, priA, carB, GlyS ve mtlD'nin varlığı da saptanmıştır. Bu çalışma, Nevşehir'de satışa sunulan tavuk karkaslarında potansiyel olarak bulunan Aliarcobacter spp. olarak tanımlanan bakterilerin antibiyotik dirençlerinin belirlenmesi, virülensle ilgili genlerinin ve izolatlar arasındaki genetik ilişkilerin tespit edilmesi, ve seçilen A. butzleri izolatının tüm genom dizilemesi yapılarak güncel bilgiler sağlaması açısından önem taşımaktadır.
Özet (Çeviri)
This thesis aimed to isolate and identify Aliarcobacter spp. from a total of 100 chicken carcass samples (25 chicken wings, 25 whole chickens, 25 chicken thighs, and 25 chicken breasts) collected from various retail outlets in the Nevşehir region during April, May, and June 2022. The study further aimed to determine the antibiotic susceptibility of the isolates, detect virulence-associated genes, identify the genetic relationships among isolates, and perform whole genome sequencing (WGS) on a selected A. butzleri isolate to uncover its genetic structure. In this study, species-level isolation and identification of Aliarcobacter strains obtained from chicken carcasses were conducted using phenotypic methods. Isolates phenotypically identified as Aliarcobacter were confirmed by multiplex Polymerase Chain Reaction (mPCR). Antibiotic susceptibility was tested using the Kirby-Bauer disk diffusion method, and the virulence factors of the isolates were detected by PCR. For molecular typing of the isolates, the Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR) method was used. Additionally, the genetic structure of a selected A. butzleri isolate was analyzed through whole genome sequencing, and a comprehensive genetic analysis was performed. As a result, 64 out of 100 chicken carcass samples (64%) were found to be contaminated with Aliarcobacter spp. Among the 64 isolates, 57 (89%) were identified as A. butzleri, and 7 (11%) as A. cryaerophilus. No A. skirrowii was detected. According to the antibiotic susceptibility results, A. butzleri isolates exhibited resistance rates of 38.6% to enrofloxacin, 10.5% to tetracycline, 47.4% to florfenicol, 91.2% to clindamycin, 14.0% to gentamicin and kanamycin, 50.9% to erythromycin, 87.7% to aztreonam, 93% to rifampin, 57.9% to chloramphenicol, 33.3% to azithromycin, and 96.5% to linezolid. A. cryaerophilus isolates demonstrated resistance rates of 28.6% to enrofloxacin, chloramphenicol, azithromycin, tetracycline, and florfenicol; 42.9% to kanamycin and gentamicin; 71.4% to erythromycin, rifampin, and linezolid; 57.1% to clindamycin; and 85.7% to aztreonam. Regarding virulence gene detection in A. butzleri isolates, of the 57 isolates, 6 (10.5%) harbored the irgA gene, 1 (1.5%) harbored hecB, 57 (100%) harbored mviN, 49 (89%) harbored pldA, and 36 (56.2%) harbored tlyA. Among the 7 A. cryaerophilus isolates, 2 (28.5%) carried irgA, all isolates (100%) carried mviN, and 6 (85.7%) carried pldA. WGS analysis revealed the presence of multiple antibiotic resistance genes in the Aliarcobacter isolate. These included β-lactamase genes (CTX-M-151, CARB-45, blaB-28, OXA-296, ADC-128, SGM-4, AIM-1, cphA5, and GOB-34), tetracycline resistance genes (tet(X3), tet(47), and tet(E)), and macrolide-lincosamide-streptogramin resistance genes (ermB, lsaC, and optrA). Additionally, aminoglycoside resistance genes (aac(6'), aadA25, aac(3), ANT(4')-IIB, and arr-2), glycopeptide resistance genes (VanI, VanH, and vanTC), fluoroquinolone resistance-related genes (patA, acrB, MexB, MexF, and smeB), and the colistin resistance gene eptA were also identified. Furthermore, the genome harbored efflux pump-related genes (sfh-1, fhuE, acnB, smeB, hypF, and yhes), fosfomycin resistance (fusC), and methicillin resistance (mecA) genes. Regulatory or metabolic pathway-associated genes (recD2, secA, priA, carB, GlyS, and mtlD) were also detected, indicating a complex genetic architecture potentially contributing to resistance, adaptation, and virulence. This study is significant in providing up-to-date insights into the presence of Aliarcobacter spp. in retail chicken carcasses in the Nevşehir region by identifying their antibiotic resistance profiles, virulence-associated genes, and genetic relatedness among isolates, as well as through whole genome-based characterization of a selected A. butzleri isolate.
Benzer Tezler
- Turizm pazarlaması ve Kapadokya bölgesindeki (Nevşehir yöresi) otel işletmelerinde pazarlama faaliyetleri
Başlık çevirisi yok
SADETTİN PAKSOY
- Hediyelik eşya satın alma davranışının davranışsal niyetler üzerindeki etkisinde algılanan değer ve hatırlanabilirliğin aracılık rolü
The mediating role of perceived value and memorability in the effect of souvenir purchasing behavior on behavioral intentions
AKİF ALAŞHAN
Doktora
Türkçe
2022
TurizmNevşehir Hacı Bektaş Veli ÜniversitesiTurizm İşletmeciliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖMER ÇOBAN
- Çekirdek Kapadokya'da faaliyet gösteren küçük ve orta ölçekli konaklama işletmelerinde dijital pazarlamanın satış etkisi
Sales effect of digital marketing in small and medium-sized accommodation enterprises in core Cappadocia
YAKUP ERDOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
TurizmNevşehir Hacı Bektaş Veli ÜniversitesiTurizm İşletmeciliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EBRU GÜNEREN
- Şer'iyye sicillerine göre Galata Yahudi cemaati (1600-1625)
Jewish community of Galata according to ser'iyye sicils (1600-1625)
İLYAS OZAN KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
TarihNevşehir Hacı Bektaş Veli ÜniversitesiTarih Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. METİN ZİYA KÖSE
- Nevşehir Müzesi sikke koleksiyonunda bulunan Kappadokia Krallığı sikkeleri
Coins of the Cappadocia Kingdom in the Nevşehir Museum collection
EVİN BİLGE