Akut ishalli beş yaş altı çocuklarda diyarejenik escherichia coli izolatlarının sıklığı
The frequency of diarrheagenic escherichia coli isolates in children with acute diarrhea under five years
- Tez No: 648387
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HATİCE TÜRK DAĞI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Akut ishal, Diyarejenik Escherichia coli, Diarrheagenic Escherichia coli, Acute diarrhea, Diarrheagenic Escherichia coli, Multiplex Polymerase chain reaction
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 97
Özet
Amaç: Akut ishalli beş yaş altı çocuklarda, izole edilen Escherichia coli tiplerinin tespiti, hastalığın tanısı ve tedavisi açısından önemlidir. Türkiye'de çocuklarda diyarejenik E. coli patotiplerinin sıklığı hakkında çalışma ve veri bulunmamaktadır. Bu çalışmanın amacı Konya/Türkiye'de, beş yaş altı çocuklarda 2019 yılında, akut ishale yol açan diyarejenik E. coli patotiplerinin [enteropatojenik E. coli (EPEC), enterotoksijenik E. coli (ETEC), enteroinvazif E. coli (EIEC), Shiga toksin üreten E. coli, enterohemorajik E. coli (EHEC), enteroagregatif E. coli (EAEC) ve diffüz aderan E. coli (DAEC)] sıklığının araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na 1 Ocak-31 Aralık 2019 tarihleri arasında gönderilen akut ishalli beş yaş altı çocuklardan alınan 3064 dışkı örneği tarandı. Salmonella, Shigella, Campylobacter üremeyen, rotavirus ve adenovirus pozitifliği saptanmayan ve parazit görülmeyen 312 çocuğun dışkısında baskın üreyen E.coli izolatları çalışmaya alındı. E. coli konvansiyonel yöntemler ve Vitek 2 compact otomatize sistemi ile tanımlandı. DNA izolasyonu, ticari bir kitle yapıldı. eae, pEAF, daaC, aatA, elt, est, ipaH, stx1 ve stx2 primerleri gerçek zamanlı multipleks PZR yöntemi ile çalışıldı. Bir izolatta eae genin saptanması aEPEC, eae ve pEAF genlerinin saptanması tEPEC, stx1 ve/veya stx2 genlerinin saptanması STEC, eae, stx1 ve/veya stx2 genlerinin saptanması EHEC, elt ve/veya est genlerinin saptanması ETEC, ipaH genin saptanması EIEC, aatA genin saptanması EAEC ve daaC geninin saptanması DAEC olarak tanımlandı. Gerçek zamanlı multipleks PZR, monopleks PZR ve jel elektroforezi ile doğrulandı. Bulgular: Toplam 312 E. coli izolatının 56'sında tek, 254'ünde miks patotip saptanırken iki izolat tiplendirilemedi. 310 örnekte 281 DAEC, 187 EPEC, 159 EAEC, 43 EIEC, 31 EHEC, dört ETEC ve iki STEC saptandı. En sık tespit edilen tekli patotipler DAEC (47) ve EAEC (7) iken miks patotipler DAEC + EPEC + EAEC (108), DAEC + EPEC (58) ve DAEC + EIEC (24) olarak belirlendi. Sonuç: Konya/Türkiye'de beş yaş altı akut ishalli çocuklarda DAEC'in baskın patotip olduğu ve miksenfeksiyonlar da ise en sık DAEC+EPEC+EAEC birlikteliği saptanmıştır. Bu çalışma Türkiye'de tüm diyarejenik E.coli patotiplerinin araştırıldığı ilk çalışmadır. Çalışmamızın en önemli kısıtlılığı tek merkezli olmasıdır. Türkiye'de hangi patotiplerin yaygın olduğunun belirlenmesi için çok merkezli çalışmalara ihtiyaç vardır.
Özet (Çeviri)
Aim: The detection of diarrheagenic Escherichia coli isolates from normal intestinal microbiota is important for the diagnosis and treatment of acute diarrhea. There is no research and data about the frequency of diarrheagenic E. coli pathotypes in Turkey. This study aims to detect the frequency of diarrheagenic E. coli pathotypes [enteropathogenic E. coli (EPEC), enterotoxigenic E. coli (ETEC), enteroinvasive E. coli (EIEC) Shiga toxin-producing E. coli, enterohemorrhagic E. coli (EHEC), enteroaggregative E. coli (EAEC) and diffuse adherence E. coli (DAEC)] in children with acute diarrhea under five years in Konya/Turkey. Material and Method: 3064 stool samples taken from children with acute diarrhea under the age of five years sent to the Medical Microbiology Laboratory of the Medical Faculty Hospital, Selcuk University between 1 January and 31 December 2019 were scanned. E.coli isolates were included in the study that predominantly growing in the feces of 312 children whose Salmonella, Shigella, Campylobacter were not grow, rotavirus and adenovirus positivity was not detected and no parasites were observed. E. coli was defined by conventional methods and Vitek 2 compact automated system. DNA isolation was performed with a commercial kit. The primers of eae, pEAF, daaC, aatA, elt, est, ipaH, stx1 and stx2 genes were studied by real-time multiplex PCR method. Detection of eae plus pEAF genes was accepted typical EPEC (tEPEC), only eae atypical EPEC (aEPEC), stx1 and/or stx2 genes STEC, eae plus stx1 and/or stx2 genes EHEC, elt and/or est genes ETEC, ipaH gene EIEC, aatA gene EAEC and daaC gene DAEC. Results were confirmed by monoplex PCR and gel electrophoresis. Results: Of the 312 E.coli isolates, 56 had single pathotype, 254 had mixed pathotypes and two isolates could not be typed. 281 DAEC, 187 EPEC, 159 EAEC, 43 EIEC, 31 EHEC, four ETEC and two STEC were detected in 312 samples. The most frequently detected single pathotypes were DAEC (47) and EAEC (7), while mixed pathotypes were DAEC + EPEC + EAEC (108), DAEC + EPEC (58) and DAEC + EIEC (24) respectively. Conclusion: DAEC was single and also DAEC plus tEPEC/aEPEC plus EAEC were mixed predominant pathotypes in the diarrheagenic E. coli isolates in children with acute diarrhea under five years in Konya/Turkey. This is the first study to investigate all diarrheagenic E. coli pathotypes in Turkey. The most important limitation of our study is that single-centered. Multicentre studies are needed to determine which pathotypes are common in Turkey.
Benzer Tezler
- Malnutrisyonu olan ve malnutrisyonu olmayan 3-36 ay arası akut ishalli çocuklarda glutamin tedavisinin etkinliği
Effectiveness of glutamine treatment in 3 to 36 month old infants with and without malnutrition and acute diarrhea
BAHRİ ÜNAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıAtatürk ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HANDAN ALP
- Akut ishalli çocuklarda nörovirüs,rotavirüs ve adenovirüs sıklığı
The incidence of norovirus,rotavirus and adenovirus in children with acute gastroenteritis
İLKER YILMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURAN SALMAN
- Bir ay - beş yaş arası rotavirüs gastroenteriti tanısı alan hastaların hastane yatışlarını etkileyen faktörlerin değerlendirilmesi
Rotavirus gastroenteritis between one month and five year hospitalization of diagnosed patients evaluation of affecting factors
HAKAN KESKİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEDİNE AYŞİN TAŞAR
UZMAN BURCU CEYLAN CURA YAYLA
- Rotavirüs ishali nedeni ile hastaneye yatırılan 1-60 ay arası çocuklarda ishal gelişimine etki eden faktörlerin belirlenmesi, rotavirüs ishalinin klinik ve laboratuvar verilerinin değerlendirilmesi
Determination of factors affecting the development of diarrhea in children between 1-60 months admitted to the hospital with the cause of rotavirus diarrhea, evaluation of clinical and laboratory data of rotavirus diarrhea
EKİN SOYDAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SÜLEYMAN NURİ BAYRAM
- Akut gastroenteritli hastaların klinik örneklerinde salmonella, shigella ve campylobacter türlerinin kültür ve PCR yöntemi ile tespit edilmesi ve antibiyogram duyarlılığının saptanması
Determination of salmonella, shigella and campylobacter species by culture and PCR method in clinical samples of patients with acute gastroenteritis and determination of antibiotic sensitivity
GAMZE AVCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
GastroenterolojiTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURİ KİRAZ