DNA fingerprming of Turkish Durum weelt cultivers using simple seavence repeat DNA markers and triplex affinity capture of repeet seevenees
Türkiye durum buğdayı kültiverlerinde basit dizilim tekrarlar (BDT) molekülar belirleyicileri kullanılarak DNA parmakizi profillerinin...
- Tez No: 68639
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MAHİNUR S. AKKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Buğday, Moleküler Belirleyiciler, Basit Dizilim Tekrarlan DNA Moleküler Belirleyicileri (Mikrosatelit), DNA Parmak İzi, Genotipleme, Genetik İlişki. vu, Wheat, Molecular Markers, Simple Sequence Repeat DNA Markers (Microsatellites), DNA Fingerprinting, Genotyping, Genetic Relationship. IV
- Yıl: 1997
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 107
Özet
oz TÜRKİYE DURUM BUĞDAYI KÜLTİVARLARINDA BASİT DİZİLİM TEKRARLARI (BDT) DNA MOLEKÜLER BELİRLEYİCİLERİ KULLANILARAK DNA PARMAKİZİ PROFİLLERİNİN OLUŞTURULMASI VE BDT DNA'LARININ ÜÇLÜ SARMAL OLUŞUMU İLE ELDE EDİLMESİ Akın, Sibel Yüksek Lisans, Kimya Bolümü Tez Yöneticisi: Y. Doç. Dr. Mahinur S. Akkaya Ağustos 1997, 94 sayfa Bitkilerde BDT (Basit dizilim tekrarlan) belirleyicileri kullanılarak polimorfizm saptanması ilk olarak soya fasulyesinde gerçekleştirilmiştir (Akkaya et al, 1992). Bu belirleyiciler ard arda tekrarlanan di-, tri- ya da tetra-nükleotit DNA dizilimleridir. Tekrar birimleri arasındaki baz farkları bitki çeşitleri arasındaki polimorfizmin saptanmasına olanak tanımaktadır. BDT moleküler belirleyicilerin, buğday genomunda çok düşükseviyede polimorfizm gösteren RFLP (Restriction Length Fragment Polymorphism) belirleyicilerine kıyasla üstünlüğü bilinmektedir. Türkiye'de ıslah edilen buğday kültivarlarınm sınıflandırılmasında, var olan çeşitlerin birbirinden ayırt edilmesinde en etkili yöntem, ilk aşamada DNA parmak izlerinin tayini ve sonra gen haritalarının dökümüdür. Bunu yaparken de en çok bilgi verecek genetik belirleyicileri kullanılmalıdır, BDT'ler gibi. Bu tez çalışmasında, basit tekrar dizi DNA belirleyicileri kullanılarak onaltı durum buğday (Triticum durum) çeşidinin; Ank02-94, Ank03-94, Ank04-95, Ank05-95, Ank06-95, Ank07-95, Ank08-95, Berkmen-469, Çeşit-1252, Çakmak-79, Gökgöl-79, Kızıltan-91, Kunduru-1 149, Tunca-79, Akbaşak 073-44, Kunduru 414-44 'DNA Parmak İzi' profilleri oluşturulmuştur. Durum buğdayı çeşitleri arasındaki polimorfizm ya DNA sekans jelleri üzerinde ayırdıktan sonra otoradyograflarının alınması ile ya da gümüş boyama tekniği kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Ayrıca radyoaktif olmayan başka yöntemler de denenmiştir. Altı adet buğday BDT belirleyicileri kullanılarak, iki kültivar haricinde diğerleri tümüyle ayırt edilmiştir (PIC=0.46). Kültivarlar arasındaki genetik ilişkiyi gösteren bir dendogram oluşturulmuştur. Türkiye'de yetişen durum ve ekmeklik buğday çeşitlerini kullanarak, yeni BDT belirleyicilerinin bulunması amacı ile, buğday genomu bu belirleyicilerle zenginleştirilmiştir. Zenginleştirme yöntemi, tekrar dizileri içeren ikili sarmalın üçüncü bir DNA dizisi ile birleşerek üçlü sarmal oluşturabilme özelliği kullanılarak, sadece mikrosatelit içeren DNA parçalarının saflaştırılmasını içermektedir. Zenginleştirilmiş DNA pBSII^S"^) vektörüne bağlanmış ve bir genomik DNA kütüphanesi oluşturulmuştur. Elde edilen 118 rekombinant koloni daha sonra koloni hibridizasyonu yapmak amacı ile naylon filtreler üzerinde büyütülmüştür. Yapılan bu vıçalışmalar, buğday ve buna ilaveten arpada BDT moleküler belirleyicilerinin bulunmasına yönelik çalışmalar için yönlendirici ve yeni çalışmaların başlatılmasına olanak sağlayacak niteliktedir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT DNA FINGERPRINTING OF TURKISH DURUM WHEAT CULTTVARS USING SIMPLE SEQUENCE REPEAT (SSR) DNA MARKERS AND TRD7LEX AFFINITY CAPTURE OF REPEAT SEQUENCES Akın, Sibel M.S., Department of Chemistry Supervisor: Assist Prof. Mahinur S. Akkaya August 1997, 94 pages In plants, Simple Sequence Repeat (SSR) DNA length polymorphism, has been first demonstrated in soybean (Akkaya et al, 1992). SSRs are short di-, tri-, tetra- nucleotide repeats. The difference in the number of repeat units results in high levels of polymorphism among plant varieties. In an organism such as wheat, which shows very 111low levels of RFLP polymorphism, it is advantageous to use highly polymorphic SSR markers for molecular genotyping and fingerprinting of different cultivars. In this thesis study, sixteen local cultivars of durum wheat (Tiriticum durum); Ankara series; Ank02- 94, Ank03-94, Ank04-95, Ank05-95, Ank06-95, Ank-07-95, Ank08-95, Berkmen-469, Ç-1252, Çakmak-79, Gökgöl-79, Kızıltan-91, Kunduru-1149, Tunca-79, Akbaşak 073- 44, Kunduru 414-44 were genotyped using SSR markers. The polymorphism was detected on DNA denaturing gels either by autoradiography or by silver staining methods. The use of other non-radioactive staining methods were also assessed. All cultivars but two were distinguished with 6 SSRs (PIC=0.46). A dendogram showing the genetic relationship was obtained. In an effort to isolate further SSR markers of our own from a genome as large as wheat, enrichment of genome in terms of SSRs was undertaken. The wheat genome was enriched using an affinity column chromatography which takes an advantage of triple helix formation of repeat sequences. A size-selected and/or otherwise enriched DNA was cloned into pBSII (KS"'*) and 118, and approximately 250 putative positive colonies, respectively, were selected through blue/white colony formation. Selected white colonies were grown on nylon membranes for colony hybridization. These studies initiated further research on the isolation of new SSR markers and both wheat and barley genetic research in the laboratory.
Benzer Tezler
- Tüberkülozlu asker hastalarda mycobacterium tuberculosis genotipinin DNA Parmakizi Yöntemi ile incelenmesi
Investigation of mycobacterium tuberculosis genotype with DNA Fingerprint Method in soldier patients with tuberculosis
HATİCE KAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
Göğüs HastalıklarıGATAGöğüs Hastalıkları ve Tüberküloz Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FARUK ÇİFTÇİ
- Ege denizinden alınan sünger örneklerindeki mikrobiyal çeşitliliğin metagenomik yöntemlerle belirlenmesi
Determination of microbial diversity in two sponges sample from aegean sea by metagenomics methods
GÜRKAN YİĞİTTÜRK
- Rubus L. cinsi glandulosı subseksiyonunun ekolojik genetiği
Ecological genetics of subsection glandulosi belonging to genus Rubus L.
GÜLÇİN IŞIK
- Ftir histo-spectroscopic evaluation and chemometric discrimination of colon cancer
Kolon kanserinin ftır hısto-spectroscopıc değerlendirmesi ve kemometrik ayrıştırımı
SUSAN NAJAH MAHDI AL-KINANI
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. RAMAZAN KIZIL
- Etçi ve yumurtacı saf hatlarda RAPD (random amplified polymorphic DNA) yöntemiyle genetik uzaklığın tahmini
Estimation of genetic distance in meat and layer pure lines using random amplified polymorphic DNA
RAHŞAN İVGİN