Epilepsi tanılı çocuk hastalarda genetik etiyolojinin hedeflenmiş yeni nesil dizi analizi verilerine dayanarak retrospektif olarak araştırılması
Retrospective investigation of genetic etiology in pediatric epilepsy patients based on targeted next generation sequence analysis datas
- Tez No: 731214
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM TEKEDERELİ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Nöroloji, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Genetics, Neurology, Child Health and Diseases
- Anahtar Kelimeler: Epilepsi, gen paneli, yeni nesil dizileme, Epilepsy, gene panel, next generation sequencing
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İnönü Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 166
Özet
Amaç: Epilepsi çocukların %0,5 ile %1'ini etkileyen tekrarlayan nöbetlerle karakterize multifaktöriyel bir hastalıktır. Etiyolojisinde çeşitli faktörler bulunmakla birlikte genetik faktörler etiyolojinin %40-50'sinde yer almaktadır. Son zamanlarda yeni nesil dizileme teknolojilerindeki gelişmeler sayesinde, epilepsili hastalarda etiyolojide çok sayıda moleküler değişik saptanmıştır. Bu da epilepsi hastalarında kesin etiyolojinin belirlenerek kişiselleştirilmiş tedavilerin önünü açmıştır. Bu tez çalışmasında epilepsi tanılı çocuk hastalarda hedeflenmiş NGS verileri retrospektif olarak incelenerek, epilepsi panelinin klinik karar verme üzerindeki etkisinin incelenmesi ve NGS sisteminin pediatrik epilepsi hastalarındaki tanı değerinin saptanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu tez çalışmasına İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Polikliniği'nde 2018-2021 tarihleri arasında epilepsi tanısı ile değerlendirilen ve tanı testi olarak hedefli NGS analizleri yapılmış 107 çocuk hasta(0-18 yaş) dahil edildi. Çalışmada patojenik, muhtemel patojenik ve VUS varyantlar yer aldı. Elde edilen nedensel varyantlar ile NGS panelinin tanı değeri hesaplandı. Bulgular: Çalışmada 20 patojenik, 5 muhtemel patojenik ve 49 klinik önemi bilinmeyen olmak üzere 74 varyant saptandı. VUS varyantlar yeniden analiz edildikten sonra 15'i benign, 15'i muhtemel benign, 5'i muhtemel patojenik, 1'i patojenik olmak üzere 36 varyantın ACMG sınıflandırması tekrar belirlendi. Buna göre toplamda 31 patojenik-muhtemel patojenik (P, LP) ve 13 VUS varyant tespit edildi. Bu çalışmada, 110 epilepsi geni içeren NGS panelinin prediktif değeri %28 olarak hesaplandı. Sonuç: Çalışmamızda, epilepsi hastalarındaki hedefli yeni NGS analizinin tanısal değeri güncel literatür verileriyle uyumlu olarak tespit edilmiştir. Olgularda NGS ile genetik etiyolojinin belirlenmesi prognozun tahmin edilmesi ve uygun tedavinin seçilmesine olanak sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Aim: Epilepsy is a multifactorial disease which affects 0.5% to 1% of children and is characterized with recurrent seizures. Although various factors are shown to be responsible in its etiology; genetic factors are involved in 40-50% of the etiology. Numerous molecular changes have been identified in the etiology in patients with epilepsy by means of recent advances in NGS technologies. This paved the way for personalized treatments by determining the exact etiology in epilepsy patients. In this thesis study, it was aimed to examine the effect of the epilepsy panel on clinical decision making and to determine the diagnostic value of the NGS system in pediatric epilepsy patients by retrospectively examining the data of the targeted NGS panel in pediatric patients with epilepsy. Material and Method: In this thesis study, 107 pediatric patients(0-18 years old), who were evaluated with the diagnosis of epilepsy in İnönü University Faculty of Medicine Medical Genetics Polyclinic between 2018-2021 and to whom targeted NGS analyzes was performed for diagnosis, were included. The study included variants that are pathogenic, LP, and of VUS. The diagnostic value of the NGS panel was calculated with the obtained causal variants. Findings: In the study, 74 variants were detected, of which 20 were pathogenic, 5 were LP, and 49 were of VUS. After reanalysis of VUS variants, the ACMG classification of 36 variants, including 15 benign, 15 likely benign, 5 LP, and 1 pathogenic, were redefined. Accordingly, a total of 31 P, LP and 13 VUS variants were detected. In this study, the predictive value of the NGS panel containing 110 epilepsy genes was calculated as 28%. Conclusion: In our study, the diagnostic value of targeted NGS analysis in epilepsy patients was determined in accordance with current literature data. Identification of genetic etiology with NGS in cases allows prediction of prognosis and selection of appropriate treatment.
Benzer Tezler
- Ailesel idiyopatik jeneralize ve fokal epilepsili olgularda genetik, klinik, nöbet ve elektroensefalografi özelliklerinin değerlendirilmesi
Evaluation of genetic, clinical, seizure and electroencefalographic features in family idiopatic generalized and focal epilepsy patients
ASIM ORUJOV
- Helikobakter Pylori enfeksiyonu ile çocukluk çağı epilepsileri arasındaki ilişki
The relation between helicobacter pylori infection and pediatric epilepsy
BİROL HERDEM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEBAHATTİN VURUCU
- Epilepsi tanısı ile takip edilen hastaların ılae-2017 sınıflamasına göre etiyolojik olarak sınıflandırılması
Başlık çevirisi yok
BENSU KOÇYİĞİTOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DENİZ YILMAZ
- Mikrosefali etiyolojisi: 5 yıllık deneyim
Etiology of microcephaly: 5 years experience
ŞULE SELİN SOYDAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLEN EDA ÜTİNE
- Tuberoskleroz kompleks tanılı çocuk hastalarda epileptogenezis
Epileptogenesis in pediatric patients with tuberous sclerosis complex
MELTEM ORBAY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEge ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HEPSEN MİNE SERİN